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?序列比較是生物信息學中最基本、最重要的操作，通過序列比對可以發(fā)現(xiàn)生物序列中的功能、結構和進化的信息。序列比較的根本任務是：通過比較生物分子序列，發(fā)現(xiàn)它們的相似性，找出序列之間共同的區(qū)域，同時辨別序列之間的差異。在分子生物學中，DNA或蛋白質的相似性是多方面的，可能是核酸或氨基酸序列的相似，可能是結構的相似，也可能是功能的相似。一個普遍的規(guī)律是序列決定結構，結構決定功能。研究序列相似性的目的之一是，通過相似的序列得到相似的結構或相似的功能。這種方法在大多數(shù)情況下是成功的，當然，也存在著這樣的情況，即兩條序列幾乎沒有相似之處，但分子卻折疊成相同的空間形狀，并具有相同的功能。這里先不考慮空間結構或功能的相似性，僅研究序列的相似性。研究序列相似性的另一個目的是通過序列的相似性，判別序列之間的同源性，推測序列之間的進化關系。這里，將序列看成由基本字符組成的字符串，無論核酸序列還是蛋白質序列，都是特殊的字符串.
BLAST全稱Basic Local Alignment Search Tool [1] ，即基于局部序列比對算法的搜索工具。是由美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)開發(fā)和管理的一套生物大分子一級結構序列比對程序。"BLAST"是美國國立醫(yī)學圖書館（U.S. National Library of Medicine）的注冊商標。 程序可將輸入的核酸堿基或蛋白質氨基酸序列與數(shù)據(jù)庫中的已知來源序列進行比對，輸出序列之間的同源性信息，從而輔助判斷輸入的序列來源或與已知序列的進化關系。目前這套軟件包含五種基本功能： 核酸序列對核酸序列庫比對（blastn）：直接將輸入的核酸序列與數(shù)據(jù)庫中的核酸序列進行比對。 核酸序列對蛋白質序列庫比對（blastx）：自動將輸入的核酸序列翻譯為蛋白質氨基酸序列后（根據(jù)可能的讀碼框和編碼鏈的差別，一段核酸序列可能翻譯為六種氨基酸序列），比對數(shù)據(jù)庫中的蛋白質序列。 蛋白質序列對蛋白質序列庫比對（blastp）：直接將輸入的蛋白質氨基酸序列與數(shù)據(jù)庫中的氨基酸序列進行比對。 蛋白序列對核酸序列庫比對（tblastn）：將輸入的蛋白質氨基酸序列，與由核酸數(shù)據(jù)庫中的序列翻譯而來的潛在的蛋白質氨基酸序列進行比對。 核酸序列的翻譯序列對核酸序列庫的翻譯序列的比對（tblastx）：自動將輸入的核酸序列翻譯為蛋白質氨基酸序列后，與由核酸數(shù)據(jù)庫中的序列翻譯而來的潛在的蛋白質氨基酸序列進行比對。 BLAST程序有在線版亦有本地版。在線版可將輸入序列與龐大的已知來源序列信息庫進行比對，一般用于確定未知序列的來源，以及尋找不同物種中的同源基因；本地版是將輸入序列與本地自行構建的序列信息庫進行比對，比對的針對性更強，常用于在未發(fā)表基因組數(shù)據(jù)庫中尋找同源基因信息，不依賴于網(wǎng)絡，安全性和可靠性更高。
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