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FiJi的Tracker化之路(4):ImageJ中的軌跡追蹤

 新用戶5228KeDY 2022-01-21

有一年的諾貝爾醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)給了一個(gè)捕獲癌細(xì)胞運(yùn)動(dòng)的研究——我對(duì)醫(yī)學(xué)一點(diǎn)兒不懂的,只是不準(zhǔn)確的類似八卦似的道聽途說,好像是、大概是吧,這樣的模糊記憶——記得是有文章介紹過,這些活躍的細(xì)胞特別愛運(yùn)動(dòng),也比其他細(xì)胞跑的快。

ImageJ中有個(gè)最基本的功能,分析細(xì)胞的運(yùn)動(dòng)。我當(dāng)初看ImageJ的時(shí)候就看到過這篇教程,沒練習(xí)過。后來有同好問:有沒有這樣一種工具軟件,能夠得到飛在空中的高爾夫球軌跡?這恰恰是ImageJ的強(qiáng)項(xiàng)。而且,在看過ImageJ分析細(xì)胞運(yùn)動(dòng)的文章后,我還專門去知網(wǎng)查找過它分析物理或化學(xué)的有關(guān)運(yùn)動(dòng)的研究文獻(xiàn),沒有。但確實(shí)找到一篇和物理有關(guān)的,但是并不是運(yùn)動(dòng),而是用靜止來分析運(yùn)動(dòng):“ImageJ軟件在泥石流固體顆粒分析中的應(yīng)用”,一伙蘭州大學(xué)的研究者做的。我沒有接觸過地質(zhì)研究,但我想搞地質(zhì)研究的人,是不是可以從這個(gè)關(guān)節(jié)點(diǎn)繼續(xù)挖下去,做一做ImageJ分析泥石流固體顆粒的運(yùn)動(dòng)和災(zāi)害的問題?

還是回到物理問題來。我們還是從細(xì)胞運(yùn)動(dòng)教程入手。

1、自制一個(gè)細(xì)胞運(yùn)動(dòng)圖片序列。我們用3DMAX制作一個(gè)101幀的小球運(yùn)動(dòng)的動(dòng)畫,渲染成圖片序列,然后再引入到ImageJ里面去。之后轉(zhuǎn)8 bit,Threshold二值化。

                           

2、開始追蹤軌跡。軌跡追蹤在FiJi里面是以Plugins插件形式提供的,即Plugins/Tracking/Mtrack2。打開之后會(huì)提問追蹤的細(xì)胞的大小范圍、最大速度、隔多少幀畫連線、顯示這個(gè)顯示那個(gè)等等。咱們就追蹤一個(gè)東西,所以只需要特別注意最大速度就可以了。ImageJ是可以同時(shí)追蹤一大批對(duì)象的。

3、得到追蹤軌跡。此時(shí)ImageJ同時(shí)為我們提供了3種東西:帶有位置標(biāo)簽的Stacks堆棧、paths軌跡和results結(jié)果表。

中間的省略……接著……

注意result結(jié)果表中的最后兩行:Length表示軌跡長度820.38,Distance traveled表示物體初末位置間的直線距離,即位移的大小。這里distancetraveled萬萬不可照著字面去看,不少英語-物理的材料把distance traveled直譯為“路程”,以示與displacement位移之區(qū)別。實(shí)際上似乎老外也并沒有鉆牛角尖兒到這個(gè)程度,當(dāng)談到位移大小不考慮方向時(shí),distance這個(gè)詞并不被強(qiáng)調(diào)區(qū)別,反而是path、lenth甚至journey才是被強(qiáng)調(diào)出來的。

當(dāng)然,如果使用在物理實(shí)驗(yàn)的計(jì)算中,需要Set Scale設(shè)置標(biāo)尺,才能和真正的自然世界對(duì)應(yīng)上,結(jié)合幀數(shù)和幀率,就可以隨心所欲了。

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  1.中學(xué)物理實(shí)驗(yàn)教學(xué)研討

  2.學(xué)生自主創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)

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