中醫(yī)藥學(xué)的理論框架成型于2500年前，由于技術(shù)手段的限制，其思辨的成分遠(yuǎn)大于實(shí)驗(yàn)的成分。它把人放在一個(gè)非線性復(fù)雜系統(tǒng)之中，這一復(fù)雜系統(tǒng)包括社會(huì)環(huán)境、自然環(huán)境以及對(duì)機(jī)體的影響，考慮多因素致病，通過中醫(yī)藥復(fù)方配伍，多組分、多靶點(diǎn)、多途徑地整體調(diào)節(jié)以達(dá)到防病治病的目的。

    中醫(yī)藥學(xué)重視整體的人，以整體的、動(dòng)態(tài)的、辨證的觀點(diǎn)把握健康與疾病。強(qiáng)調(diào)“天人合一”，重視治未病，追求動(dòng)態(tài)平衡與協(xié)調(diào)的醫(yī)療思想以及辨證論治，個(gè)體化治療的鮮明特征。

    中醫(yī)理論主要以東方的哲學(xué)思想與豐富的中醫(yī)臨床實(shí)踐為其理論源泉，將陰陽、五行等哲學(xué)概念引入其體系，用來說明人體組織結(jié)構(gòu)的相對(duì)關(guān)系，功能活動(dòng)的產(chǎn)生機(jī)制和疾病的發(fā)生發(fā)展規(guī)律，藥物性味、配伍等，從而指導(dǎo)臨床的診斷和治療，具有整體性、宏觀性、系統(tǒng)性、辨證性和全息性的特征。

    中醫(yī)學(xué)具有浩瀚的古典醫(yī)籍文獻(xiàn)信息資源等優(yōu)勢(shì)，同時(shí)存在缺乏現(xiàn)代社會(huì)可以接受的評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)、診療技術(shù)手段落后、尚無系統(tǒng)的技術(shù)規(guī)范、臨床療效優(yōu)勢(shì)顯示度不夠等，制約中醫(yī)優(yōu)勢(shì)發(fā)揮的關(guān)鍵問題。

    中醫(yī)藥科學(xué)研究與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)科學(xué)的研究程序應(yīng)該有所不同。

    中醫(yī)藥科學(xué)研究首先應(yīng)從臨床研究入手，運(yùn)用現(xiàn)代科學(xué)方法觀察病例，肯定療效，總結(jié)經(jīng)驗(yàn)，掌握規(guī)律，然后再做實(shí)驗(yàn)研究，以闡明其原理、機(jī)制，這樣比較符合實(shí)際，應(yīng)該成為中醫(yī)藥科學(xué)研究的一大特點(diǎn)。

    另一個(gè)特點(diǎn)是對(duì)名老中醫(yī)的經(jīng)驗(yàn)及中醫(yī)文獻(xiàn)的發(fā)掘、整理、提高的研究。但是中醫(yī)藥理論不能停留在這一水平。近幾十年來，生命科學(xué)進(jìn)展非常迅速，人們對(duì)錯(cuò)綜復(fù)雜的生命活動(dòng)的探索，已從外表整體觀察，深入到器官、組織、細(xì)胞、細(xì)胞器，直至基因、分子水平，來解析機(jī)體內(nèi)部的精微結(jié)構(gòu)和巧妙的功能，為人類認(rèn)識(shí)生命科學(xué)的奧秘，指導(dǎo)醫(yī)學(xué)實(shí)踐顯示出美好的前景。

    生命科學(xué)已成為當(dāng)代世界科學(xué)研究的熱點(diǎn)、前沿，基因科學(xué)將導(dǎo)致醫(yī)學(xué)革命。面臨這種形勢(shì)，必須考慮如何根據(jù)中醫(yī)藥的特點(diǎn)把這些寶貴的財(cái)富，有選擇地引入中醫(yī)藥領(lǐng)域的問題。

    因此，在開展科研工作時(shí)一定要突出中醫(yī)特色。中醫(yī)特色在基礎(chǔ)理論方面，是以陰陽五行體系為指導(dǎo)的臟腑經(jīng)絡(luò)學(xué)說、精氣神學(xué)說和天人相應(yīng)學(xué)說為依據(jù)；在臨床實(shí)踐方面，是以辨證辨病論治為核心的理、法、方、藥(或穴)體系為原則。所謂在臨床中突出中醫(yī)特色，是指不管用什么方法來研究，其思路必須是以中醫(yī)理論邏輯推理為指導(dǎo)，其結(jié)局必須反饋到中醫(yī)理論和中醫(yī)臨床命題上來，把中醫(yī)認(rèn)識(shí)水平向前推進(jìn)一步。 

    必須注意，盡管中醫(yī)學(xué)內(nèi)容博大精深，其整體性、統(tǒng)一性、復(fù)雜性確實(shí)與現(xiàn)代科研設(shè)計(jì)方案具有不兼容性，但總是會(huì)有部分內(nèi)容可以運(yùn)用現(xiàn)代的科研設(shè)計(jì)方案進(jìn)行研究。過分強(qiáng)調(diào)中醫(yī)藥學(xué)的特殊性而拒絕采用現(xiàn)代科研設(shè)計(jì)方案，無疑將束縛中醫(yī)學(xué)的發(fā)展。

    現(xiàn)代中醫(yī)學(xué)的研究完全是在西醫(yī)的框架下進(jìn)行，有時(shí)候就像是包辦婚姻一樣，大多數(shù)時(shí)候并不幸福。

    單味中藥尚且可以在特定條件下進(jìn)行科學(xué)研究，一旦涉及到復(fù)方就會(huì)很麻煩，很多中藥復(fù)方，比如六味地黃丸、云南白藥等等，只知道功效，而不能用現(xiàn)代科學(xué)理論去闡明具體機(jī)理，如果名方尚且如此，那些所謂的名醫(yī)經(jīng)驗(yàn)方之類的就更顯得附庸風(fēng)雅了。