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GATK是一款強(qiáng)大的數(shù)據(jù)處理軟件，最近在優(yōu)化GWAS流程時遇到一個麻煩事，就是要將各樣品的VCF文件進(jìn)行合并，本來GATK里面有一個可以合并VCF數(shù)據(jù)的命令 CombineGVCFs，可以將所有樣品的VCF合并成一個文件。但是這個命令需要一個一個輸入文件名。

熟悉GWAS的小伙伴應(yīng)該清楚，GWAS項(xiàng)目動輒上百個樣品，讓人一個一個輸入還是很繁瑣的。因此我寫了個shell腳本，能夠快速輸入樣品名稱，并執(zhí)行CombineGVCFs命令。

腳本

Ref_genome="genome.fna"

echo 'gatk CombineGVCFs \' > combine.sh #將命令寫在另一個腳本里

echo '-R' ${Ref_genome} '\' >> combine.sh

for i in {*.g.vcf.gz};

do

echo '--variant '${i}' \' >> combine.sh;

done

echo '-O all_sample.g.vcf.gz' >> combine.sh;

sh combine.sh #執(zhí)行combine.sh腳本

# -R 參考基因組 --variant 輸入變異文件 可以輸入多個文件 -O 輸出文件

來看看執(zhí)行腳本

cat combine.sh

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