這是一個讀者給我寫信詢問的問題：

初學(xué)GWAS，應(yīng)該知道，GWAS是干什么用的？我的理解，GWAS分為四部分：

1. 數(shù)據(jù)清洗

1.1 表型數(shù)據(jù)清洗

·刪除異常值·查看數(shù)據(jù)分布·數(shù)據(jù)可視化

1.2 基因型數(shù)據(jù)清洗

·MAF·Call rate·HWE

2 關(guān)聯(lián)分析

2.1 一般線性模型GLM

2.2 混合線性模型

3 結(jié)果可視化

3.1 PCA群體結(jié)構(gòu)

3.2 QQ圖

3.3 曼哈頓圖

3.4 LD衰減圖

4. 結(jié)果注釋

4.1 顯著SNP注釋

·ANNOVAR·snpEFF

4.2 基因聚類分析

·GO 富集分析·Kegg 通路分析

上面是我之前做的匯總。

整體而言， plink可以手動進(jìn)行：

·基因型數(shù)據(jù)質(zhì)控·MAF·geno·HWE·建模·GLM模型（連續(xù)性狀）·logistic模型（二分類性狀）

TASSEL

·窗口化界面·不用編程，鼠標(biāo)點點點·需要提前將表型數(shù)據(jù)和基因型數(shù)據(jù)整理好·模型· GLM模型·LMM模型·可視化·QQ圖·曼哈頓圖·LD衰減圖

可以看到，TASSEL比較有優(yōu)勢，特別是它具有LMM模型，LMM模型是連續(xù)性狀主流的分析方法。

其它GWAS分析軟件

·R包：GAPIT·R包：FamCPU·R包：rMVP·GEMMA

很多都是相通的，學(xué)習(xí)一種方法，其它軟件也能很快入手。比如我先是用GEMMA，然后GAPIT和TASSEL也能很快上手。

后面，我將之前的文檔，重新整理一下，按照這個流程，重新整理一份GWAS cookbook，豈不善哉！