參考文獻

http://nce.ads./wiki/lib/exe/fetch.php?media=singlestepblupf90.pdf

1，ABLUP VS SSGBLUP

傳統(tǒng)ABLUP與SSGBLUP的區(qū)別在于，原來的A逆矩陣變?yōu)榱薍逆矩陣

傳統(tǒng)的動物模型計算BLUP值

根據(jù)系譜計算A矩陣，然后使用Henderson方程組計算BLUP（EBV值）

SSGBLUP計算BLUP值

2，BLUPF90怎么進行SSGBLUP分析

• RENUMF90進行命令對數(shù)據(jù)預(yù)處理

• BLUPF90進行SSGBLUP的計算（已知方差組分時）

• AIREMLF90進行SSGBLUP方差組分估算（未知方差組分時）

• PREGSF90進行H逆矩陣的計算

2.1 renumf90預(yù)處理數(shù)據(jù)

2.2 blupf90計算H矩陣以及育種值

2.3 pregsf90計算H矩陣

主要作用:

• 根據(jù)基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建G矩陣

• 根據(jù)系譜構(gòu)建A矩陣

• 根據(jù)公式構(gòu)建H逆矩陣

3, 構(gòu)建H矩陣的參數(shù)設(shè)置

4, 基因組數(shù)據(jù)的篩選

5, 親子鑒定的作用

6, G矩陣結(jié)果數(shù)據(jù)挖掘

6.1 檢測異常個體

G矩陣中,某些個體對角線有較高的值, 有可能這個個體不是群體內(nèi)的個體, 可能來源其它群體或者家系, 或者call rate值較低.

6.2 檢測重復(fù)樣本

如果某兩個個體的親緣關(guān)系大于0.9, 則表明這兩個個體可能是重復(fù)樣本

6.3 G矩陣和A22矩陣的關(guān)系

G矩陣和A22矩陣是相同個體構(gòu)建的G矩陣和A矩陣, 他們應(yīng)該是由很高的相似性. 如果對角線和非對角線相似度較低, 表明是有一些問題的. 需要引起重視, 可能是測序個體ID錯誤, 可能是數(shù)據(jù)量較少等等

6.4 根據(jù)基因組數(shù)據(jù)進行PCA分析

7, 構(gòu)建A22矩陣時的高效方法

可以看出, 構(gòu)建A22矩陣時, 使用57000系譜數(shù)據(jù), 6500測序個體, Tabular用了311s, 內(nèi)存占用12G, 而Colleau method用了45s, 內(nèi)存占用322Mb. 使用Colleau方法更合適

8, 使用BLUPF90構(gòu)建H逆矩陣輸出

如果想要使用DMU, ASREML或者WOMBAT利用blupf90構(gòu)建好的H逆矩陣, 需要輸出Original ID的形式. 然后轉(zhuǎn)化為DMU和ASREML的格式即可.

基因組選擇：

育種數(shù)據(jù)分析中，表型選擇，方差分析，混合線性模型的BLUP育種值是學(xué)科的枝干，MAS，GWAS是花苞, GS則是盛開的花朵，其依賴于常規(guī)的數(shù)量遺傳理論，但青出于藍而勝于藍，具有光明的前景，由于GS的應(yīng)用，分子育種的落地又大大提前了一步?，F(xiàn)在GS在動物育種中，特別是牛，豬，雞，羊中正在大規(guī)模落地，以后再玉米，水稻，小麥，大豆的應(yīng)用也將落地。冬天來了，春天還會遠么？ 這個章節(jié)有文獻解析，SNP數(shù)據(jù)清洗，G矩陣及H矩陣構(gòu)建，模擬數(shù)據(jù)，軟件使用，理論介紹等等。

1，QMSim 基因組數(shù)據(jù)模擬軟件-介紹

2，關(guān)于SNP在染色體上的分布圖怎么做

3，GS中G矩陣和H矩陣構(gòu)建時的計算效率

4，JWAS: 基于貝葉斯的GWAS和GS軟件

5，多性狀分析中FA Model的用法

6，如何構(gòu)建G矩陣-基因組親緣關(guān)系矩陣

7，基因型數(shù)據(jù)012及-1,0,1計算基因頻率

8，rrBLUP和asreml-r計算GBLUP比較

9，全基因組選擇介紹-1

10，全基因組選擇介紹2：構(gòu)建H矩陣

11，基因組選擇技術(shù)在動物育種中的應(yīng)用

12，plink格式轉(zhuǎn)化為012的方法

13,  全基因組選擇GS軟件: MiXBLUP介紹

14,  基因組選擇和SNP分析在ASREML實現(xiàn)

15,  基因組選擇分析軟件調(diào)研