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Python學(xué)生物統(tǒng)計(jì)---數(shù)據(jù)可視化---學(xué)習(xí)筆記5

 育種數(shù)據(jù)分析 2021-11-18

5.1 作圖的重要性

在分析一個(gè)數(shù)據(jù)之前, 我們首先要對數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查, 在統(tǒng)計(jì)上看一下匯總統(tǒng)計(jì), 比如最大值, 最小值, 中位數(shù), 平均值, 方差, 標(biāo)準(zhǔn)差, 變異系數(shù)等等.

  • 直方圖, 看一下數(shù)據(jù)的分布情況

  • 箱線圖, 看一下數(shù)據(jù)的分布, 有無異常值

所謂一圖勝千言.

python中的作圖工具

  • plot.ly

  • bokeh是交互式的包

  • ggplot 是類似R語言的ggplot包

5.2 散點(diǎn)圖

# Import standard packagesimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimport pandas as pdimport scipy.stats as statsimport seaborn as sns

這里生成了500個(gè)隨機(jī)數(shù), 使用plot進(jìn)行作圖

# Generate the data x = np.random.randn(500) # Plot-command start --------------------- plt.plot(x, '.') # Plot-command end ----------------------- # Show plot a2 = plt.show()

5.3 直方圖

a3 = plt.hist(x,bins=25)

5.4 箱線圖

a4 = plt.boxplot(x);

練習(xí)corn.csv

corn是R包agridat中的smith.corn.uniformity玉米數(shù)據(jù), 我們來看一下如何對其可視化?

 row col plot year yield 1  20   1  101   95  30.0 2  19   1  102   95  29.1 3  18   1  103   95  25.7 4  17   1  104   95  26.3 5  16   1  105   95  30.3 6  15   1  106   95  31.1

首先, 在R中將其保存為corn.csv, 保存到D盤根目錄(方便讀取)

library(agridat) data(smith.corn.uniformity) dat = smith.corn.uniformity head(dat) write.csv(dat,"d:/corn.csv",row.names = F)

用python讀取數(shù)據(jù), 使用pandas包

import pandas as pdcorn = pd.read_csv("d:/corn.csv")

查看前六行

corn.head()

rowcolplotyearyield
02011019530.0
11911029529.1
21811039525.7
31711049526.3
41611059530.3

對產(chǎn)量yield作圖

import matplotlib.pyplot as pltc1 = plt.plot(corn["yield"],".")c2 = plt.hist(corn["yield"])c3 = plt.boxplot(corn["yield"])

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