|
發(fā)表雜志：ComputStruct Biotechnol J. 影響因子：7.271 關(guān)于基因集泛癌分析的文章，我們最近也解讀過(guò)很多 11分+SCI 基因集泛癌純生信分析，兩個(gè)多月接受，可重復(fù)！ 25天接受的基因集泛癌分析，先人一步的優(yōu)勢(shì)！ 7.6分基因集泛癌純生信分析，從投稿到接收僅一個(gè)月！ 關(guān)于基因集泛癌分析，可以是一個(gè)通路，可以是一個(gè)基因家族，也可以是一個(gè)復(fù)合物等等，只要是有聯(lián)系的多個(gè)基因都可以。 目前我們有一些基因集/通路的預(yù)分析結(jié)果，可以聯(lián)系小編進(jìn)行深入分析，也可以提供你感興趣的基因集，我們來(lái)做分析。 請(qǐng)掃描下方二維碼 研究背景 流程圖 數(shù)據(jù)收集 ①下載29種TCGA癌癥類型的轉(zhuǎn)錄組（RNA-Seq、RSEM標(biāo)準(zhǔn)化）、體細(xì)胞突變、體細(xì)胞CNA、蛋白質(zhì)表達(dá)譜和臨床數(shù)據(jù)。 ②癌癥藥物敏感性基因組學(xué)網(wǎng)站下載962種癌細(xì)胞系的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及其對(duì)265種化合物的藥物敏感性（IC50）數(shù)據(jù)。 ③從Depmap網(wǎng)站獲得662種癌細(xì)胞系的RNAi敏感性數(shù)據(jù)。 ④從TCGA SpliceSeq網(wǎng)站獲得TCGA癌癥中的替代剪接事件。 ⑤從CORUM protein Complexes的剪接體蛋白復(fù)合物，HGNC的主要剪接體蛋白和KEGG SP交集中獲得了75個(gè)關(guān)鍵的剪接體分子。 SP與癌癥預(yù)后之間的關(guān)聯(lián) ①分析SP評(píng)分與腫瘤進(jìn)展表型（包括腫瘤分期、分級(jí)和轉(zhuǎn)移）之間的關(guān)聯(lián)。 ③多變量Cox回歸分析SP評(píng)分與免疫評(píng)分、干性評(píng)分、腫瘤純度、年齡、分期、分級(jí)和轉(zhuǎn)移狀態(tài)之間的關(guān)系。 結(jié)果： 下圖A：Kaplan-Meier曲線顯示在不同癌癥中，SP評(píng)分較高（>中值）的腫瘤比NS評(píng)分較低（<中值）的腫瘤生存狀態(tài)更差。 下圖B：在不同癌癥中，晚期（晚期、高級(jí)別或轉(zhuǎn)移性）腫瘤的SP評(píng)分顯著高于非晚期（早期、低級(jí)別或原發(fā)性）腫瘤。 下圖C：SP評(píng)分與干性評(píng)分、MKI67表達(dá)水平、ITH評(píng)分、細(xì)胞周期和細(xì)胞凋亡途徑評(píng)分之間的關(guān)系。 SP與腫瘤免疫特征之間的關(guān)聯(lián) ①使用ESTIMATE算法根據(jù)基因表達(dá)譜計(jì)算每個(gè)腫瘤樣本的免疫評(píng)分、基質(zhì)評(píng)分和腫瘤純度。 ②分析SP與免疫評(píng)分、基質(zhì)評(píng)分、腫瘤純度之間的關(guān)聯(lián)。 結(jié)果： 下圖A：不同癌癥中SP評(píng)分和免疫評(píng)分之間呈顯著負(fù)相關(guān)關(guān)系。 下圖B：不同癌癥中SP評(píng)分與基質(zhì)評(píng)分之間呈顯著負(fù)相關(guān)關(guān)系。 下圖C：不同癌癥中SP評(píng)分與腫瘤純度之間呈顯著正相關(guān)關(guān)系。 SP與腫瘤基因組不穩(wěn)定性之間的關(guān)聯(lián) ①調(diào)查SP與基因組特征（TMB和非整倍體）之間的關(guān)聯(lián)。 ②使用2個(gè)預(yù)測(cè)因子（TMB和HRD評(píng)分）的邏輯回歸模型預(yù)測(cè)SP分?jǐn)?shù)。 ③使用3個(gè)預(yù)測(cè)因子（SP評(píng)分、HRD評(píng)分和TMB）的邏輯回歸模型預(yù)測(cè)免疫特征評(píng)分。 結(jié)果： 下圖A：SP評(píng)分與腫瘤突變負(fù)荷(TMB)和同源重組缺陷(HRD)評(píng)分之間的相關(guān)性。 下圖B：用TMB和HRD評(píng)分預(yù)測(cè)SP評(píng)分（高>中位數(shù)，低<中位數(shù)）的邏輯回歸分析。 下圖C：用SP評(píng)分、TMB和HRD評(píng)分預(yù)測(cè)免疫特征評(píng)分的邏輯回歸分析。 SP評(píng)分與癌癥亞型之間的關(guān)聯(lián) ①比較不同癌癥類型及癌癥亞型之間的SP評(píng)分。 ②分析231個(gè)突變腫瘤樣本大小超過(guò)20個(gè)的基因突變與GBM中SP評(píng)分之間的關(guān)系。 ③比較29種癌癥類型中剪接體基因突變和剪接體基因野生型腫瘤的SP評(píng)分，比較16個(gè)剪接體基因中至少有1個(gè)突變的腫瘤與沒(méi)有突變的腫瘤之間的SP評(píng)分。 結(jié)果： 下圖A：在17種癌癥類型中，腫瘤的SP評(píng)分顯著高于正常樣本。 下圖B-G：EGFR突變型與EGFR野生型（B）、BRAF突變型與BRAF野生型（C）、KRAS突變型與KRAS野生型（D）、乳腺癌（E）、剪接體基因突變型與剪接體基因野生型（F）的SP評(píng)分、剪接體基因突變亞型與剪接體基因野生亞型（G）之間的差異。 SP評(píng)分與癌癥分子特征之間的關(guān)聯(lián) ①分析SP評(píng)分與11種蛋白質(zhì)（Cyclin_B1、PCNA、MSH6、Chk2、MSH2、S6、TFRC、RBM15、FoxM1、ASNS和FASN）之間的關(guān)聯(lián)。 ②在不同癌癥類型中鑒定KEGG通路在高SP評(píng)分和低SP評(píng)分腫瘤中的富集情況。 ③分析SP評(píng)分與癌癥中7種主要DNA損傷修復(fù)途徑之間的關(guān)聯(lián)。 結(jié)果： 下圖A：在至少10種不同癌癥類型中，11種蛋白質(zhì)在較高SP評(píng)分（>中值）中的表達(dá)水平顯著高于低SP評(píng)分（<中值）腫瘤中的表達(dá)水平。 下圖B：KEGG通路在高SP評(píng)分和低SP評(píng)分腫瘤中高度富集。 下圖C：SP評(píng)分與29種癌癥類型中的7種DNA損傷修復(fù)途徑評(píng)分之間的關(guān)系。 下圖D：在TP53突變的14種癌癥類型中，SP評(píng)分顯著高于TP53野生型腫瘤。 SP評(píng)分與癌癥免疫治療和靶向治療之間的關(guān)聯(lián) ①分析Snyder（黑色素瘤）、Nathanson（黑色素瘤）、Braun（腎細(xì)胞癌）和Snyder（尿路上皮癌）隊(duì)列中SP評(píng)分對(duì)ICI的反應(yīng)水平。 ②分析上述隊(duì)列中16個(gè)剪接因子基因表達(dá)與SP評(píng)分對(duì)ICI反應(yīng)之間的關(guān)聯(lián)。 ③從癌癥藥物敏感性基因組學(xué)（GDSC）中探索癌癥細(xì)胞系中SP評(píng)分和藥物敏感性(IC50)之間的關(guān)系。 結(jié)果： 下圖A：在免疫檢查點(diǎn)抑制劑(ICI)治療的4個(gè)隊(duì)列中，具有較低SP評(píng)分（<中位數(shù)）的腫瘤對(duì)ICI的反應(yīng)率更高。 下圖B：在Snyder隊(duì)列中，SP評(píng)分較低的腫瘤比SP評(píng)分較高的腫瘤顯示出更好的OS，而在未接受ICI治療的TCGA黑色素瘤隊(duì)列中，SP評(píng)分較高和SP評(píng)分較低的腫瘤顯示OS沒(méi)有顯著差異。 下圖C：在接受ICI治療的3個(gè)隊(duì)列中，編碼剪接因子的基因表達(dá)水平較低（<中值）的腫瘤比表達(dá)水平較高（>中值）的腫瘤顯示出更高的反應(yīng)率。 下圖D：兩種化合物（STF-62247和KIN001-260）IC50值與GBM、THCA和結(jié)直腸癌細(xì)胞系的SP評(píng)分呈顯著負(fù)相關(guān)。 SP和癌細(xì)胞系中RNAi敏感性特征之間的關(guān)聯(lián) ①分析662個(gè)癌細(xì)胞系中19177個(gè)基因的RNAi敏感性值與SP評(píng)分之間的關(guān)聯(lián)。 結(jié)果： 下圖A：RNAi敏感性值與癌細(xì)胞系中的SP評(píng)分呈現(xiàn)出很強(qiáng)的正相關(guān)關(guān)系。 下圖B：在癌細(xì)胞系中，其RNAi敏感性值與SP評(píng)分具有強(qiáng)相關(guān)性的基因顯著參與了RNA調(diào)控和DNA損傷修復(fù)途徑。 下圖C：SP評(píng)分與癌細(xì)胞系中細(xì)胞周期呈顯著正相關(guān)關(guān)系。
剪接事件與癌癥中SP和免疫特征之間的關(guān)聯(lián) ①首先確定100個(gè)在不同癌癥類型中的PSI值與免疫評(píng)分相關(guān)性最強(qiáng)的剪接事件（PSI：剪接百分比，定義將外顯子剪接到基因的所有轉(zhuǎn)錄本中的效率）。 ②分析不同剪接事件與癌癥中SP評(píng)分和免疫特征的之間的關(guān)聯(lián)。 結(jié)果： 下圖A：31個(gè)剪接事件的PSI值與至少10種癌癥類型的免疫評(píng)分呈正相關(guān)。 下圖B：38個(gè)剪接事件的PSI值與至少10種癌癥類型的免疫評(píng)分呈負(fù)相關(guān)，并且在不同癌癥中，SP評(píng)分較高的腫瘤高于SP評(píng)分較低的腫瘤。
小結(jié)： 基因集泛癌分析文章列表 想發(fā)高分純生信文章，這也許就是你的機(jī)會(huì) 11.6分，最熱復(fù)合物泛癌純生信分析！想發(fā)高分純生信不容錯(cuò)過(guò) 11分+SCI 基因集泛癌純生信分析，兩個(gè)多月接受，可重復(fù)！ 25天接受的基因集泛癌分析，先人一步的優(yōu)勢(shì)！ 7.6分基因集泛癌純生信分析，從投稿到接收僅一個(gè)月！ 單基因泛癌分析文章列表 對(duì)比兩篇單基因文章，一篇7.5分，一篇未發(fā)表 對(duì)比剛發(fā)表的2區(qū)6.5分生信文章和我們的泛癌分析內(nèi)容 被致謝！2021年7分+單基因泛癌純生信，投稿到接受30天！ 適合發(fā)純生信或者生信加表達(dá)驗(yàn)證的基因 最新7.5分SCI 單基因單腫瘤生信+簡(jiǎn)單實(shí)驗(yàn) 8分+ 單基因干濕結(jié)合，非常規(guī)思路，值得學(xué)習(xí) 單基因干濕結(jié)合發(fā)7.5分SCI，2個(gè)月接收，有實(shí)驗(yàn)條件的可輕易模仿 7.5分，2個(gè)月接收的單基因生信+組化驗(yàn)證 可重復(fù)！ 6.6分 不到兩個(gè)月接收 單基因生信+實(shí)驗(yàn)可以這樣做 7.7分nature子刊，單基因泛癌分析與免疫治療的關(guān)聯(lián) 6.2分 生信+實(shí)驗(yàn) 經(jīng)典套路，永不過(guò)時(shí)（一篇單基因泛癌的文章可以拆分成多個(gè)腫瘤單獨(dú)發(fā)） 6.2分SCI，從投稿到接收僅38天！剛見(jiàn)刊的單基因泛癌純生信 非腫瘤生信文章列表 非腫瘤生信+簡(jiǎn)單pcr驗(yàn)證 快速發(fā)3分+SCI 自噬，鐵死亡，焦亡等都可以 又見(jiàn)非腫瘤7.5分SCI，生信分析+組化驗(yàn)證 可重復(fù) 最新7.5分非腫瘤純生信，分析一點(diǎn)不難，這種思路你想到?jīng)]有？ 3+經(jīng)典非腫瘤生信套路，值得收藏學(xué)習(xí)！ 學(xué)習(xí)一下3分+非腫瘤生信，2個(gè)月接收 腫瘤分型文章列表 最新10分生信分析，快來(lái)看看焦亡分型如何發(fā)經(jīng)典老牌1區(qū)雜志，投稿到接收僅3個(gè)月?？芍貜?fù)！ |
|
|
來(lái)自： 公號(hào)生信小課堂 > 《待分類》
