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免疫治療綜合分析數(shù)據(jù)庫

 阿非ycfg 2021-09-22

關(guān)于基于測序數(shù)據(jù)來分析免疫治療情況的話,之前我們介紹過一些和免疫浸潤有關(guān)的數(shù)據(jù)庫。

免疫浸潤算法那么多,要怎么選呢?
[[TIMER2 TCGA-免疫浸潤評估數(shù)據(jù)庫]],
[[DREIMT-免疫細胞和藥物治療的關(guān)系分析數(shù)據(jù)庫]],
[[GEPIA2021-TCGA免疫細胞分析數(shù)據(jù)庫]],
[[TIDB-基于文獻匯總的免疫相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫]],
[[CancerImmunityQTL-SNP對免疫影響的數(shù)據(jù)庫]]

以上的這些都是基于某一個特定的目的來進行分析的。所以今天就給大家介紹一個新開發(fā)的,多組學和免疫治療綜合分析數(shù)據(jù)庫: CAMOIP

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關(guān)于這個數(shù)據(jù)庫,主要包括以下五個功能。

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  1. KM plotter【病人生存分析】,用戶可以選擇感興趣的基因,對病人進行按照突變與否或表達量高低進行分組,進行生存分析,并實現(xiàn)可視化。

  2. Expression【表達分析】,用戶可以選擇感興趣的基因,對病人或腫瘤細胞系按照突變分組,進行表達量的差異分析,并使用箱線圖或火山圖來展示。

  3. Drug Senstivity【藥物敏感性分析】,用戶可以選擇感興趣的基因,對腫瘤細胞系按照突變與否進行分組,對選擇的藥物敏感性(IC50)進行差異分析,并使用箱線圖進行展示。

  4. Mutational Landscape【突變?nèi)胺治觥?/strong>,用戶可以選擇感興趣的基因,對病人進行按照突變與否進行分組,對突變頻率在整體隊列的對應(yīng)數(shù)量的基因進行展示其突變類型和突變頻率,并使用突變熱圖的形式來展示。

  5. Immune Infiltration【免疫浸潤分析】,用戶可以選擇感興趣的基因,對病人進行按照突變與否進行分組,對免疫細胞,免疫相關(guān)分數(shù),免疫相關(guān)基因,免疫檢查點相關(guān)分子進行差異分析,并使用箱線圖或熱圖進行可視化。

  6. Immunogenicity【免疫原性分析】,用戶可以選擇感興趣的基因,對病人按照突變與否進行分組,對病人的腫瘤突變負荷(TMB),新抗原負荷(NALs),MANTIS score進行差異分析,并使用箱線圖進行可視化。

  7. GSEA【基因集富集分析】,用戶可以選擇感興趣的基因,對病人按照突變與否進行分組,對病人的表達譜數(shù)據(jù)進行GSEA,將得到的結(jié)果以表格的形式呈現(xiàn)在網(wǎng)頁中,用戶可以選擇感興趣的信號通路,來進行下一步驟的可視化。

以上就是這個數(shù)據(jù)庫的基本功能介紹了。關(guān)于這個數(shù)據(jù)庫的主要功能介紹的話??梢圆榭聪旅孢@個公眾號。數(shù)據(jù)庫主要是他們開發(fā)的。


另外目前數(shù)據(jù)庫還在調(diào)試階段。如果有一些建議啥的??梢院妥髡咛峤ㄗh的哦。

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