摘要

兩張圖總結(jié)本文，以方便大家確定是否還有看下去的興趣

寫(xiě)在前面

Emmm... 今天開(kāi)放一個(gè)舊功能，全基因組基因密度統(tǒng)計(jì)。雖然是早前就寫(xiě)好的，但我一直沒(méi)開(kāi)放，主要是考慮到這個(gè)功能感興趣或者用得上的人不多。沒(méi)人用的功能，不會(huì)是好功能。然而，近日需要寫(xiě)一些 Usage Cases。TBtools 一貫風(fēng)格是，任何人都能輕松掌握并完成數(shù)據(jù)處理-分析-可視化。要做讓所有人都輕松，確實(shí)不是一個(gè)簡(jiǎn)單的事情。于是，我又打了一個(gè)GUI，看了下時(shí)間.... 十來(lái)分鐘搞定。以下，分為兩部分：

1. 說(shuō)明這個(gè)功能的使用方法

2. 大體說(shuō)明這個(gè)功能的用處

如何使用 Gene Density Profile

輸入數(shù)據(jù)文件：GFF3 或 GTF 文件，即基因結(jié)構(gòu)注釋信息
首先，打開(kāi) TBtools ，并打開(kāi)對(duì)應(yīng)功能

隨后，設(shè)置輸入文件，并設(shè)置輸出文件

文件不大，打開(kāi)文件看看

一共四列，最后一列即為區(qū)域的基因數(shù)目，可以用于下游使用

Gene Location 功能上的應(yīng)用

假定我們有一堆基因要展示其在染色體上的分布，如果使用 TBtools，那么有兩種方式，這里不做贅述，其中一種是直接基于GTF/GFF3文件可視化。所需文件：

1. GTF/GFF3文件，正如上述需要的文件

2. 一堆基因ID，如下

使用 TBtools 可視化這些 ID 在染色體上的分布，如下

于是你會(huì)得到

看起來(lái)還是不錯(cuò)的。
如果這個(gè)時(shí)候 ，再加上基因密度

那么你會(huì)得到

看起來(lái)，似乎豐富了許多。

Circos 圖上的應(yīng)用

TBtools 的 Circos 功能目測(cè)已經(jīng)有一些朋友在使用，前述的教程中，需要用戶(hù)自行基于基因結(jié)構(gòu)注釋文件，以及一些簡(jiǎn)單文本操作，獲得基因密度信息?，F(xiàn)在則可以直接得到可用于輸入的基因密度信息?！咀?，染色體長(zhǎng)度信息，可直接從 TBtools 的 Fasta Stat 功能統(tǒng)計(jì)得到】

于是圖片如下

一旦有了基因密度信息，那么可以有多重可視化方式，比如，熱圖 和 柱形圖

或者更為復(fù)雜一下

我自認(rèn)為，看起來(lái)還不錯(cuò).....其實(shí)這也有彩蛋，Circos 圖是支持只展示某個(gè)染色體的某個(gè)區(qū)域，比如，只顯示Chr1的最后部分，

于是得到

Emmm... 標(biāo)簽的角度，是我手調(diào)的... 畢竟是我寫(xiě)的JIGplot引擎，支持交互操作，想調(diào)就調(diào)。

寫(xiě)在后面

其實(shí)，Gene Density Profiler，感覺(jué)上確實(shí)沒(méi)有太大用處，主要還是簡(jiǎn)化或者降低一些工作量。Emmm... 似乎 TBtools 整體上也是。畢竟沒(méi)什么特別的，都是通用功能，但常常就是通用的簡(jiǎn)單的事項(xiàng)，占據(jù)了我們 80% 的時(shí)間。
總之，TBtools，用過(guò)就后悔，后悔沒(méi)早用。