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有同行使用iCubate2.0以后不知到下一步如何做，這里試圖介紹一下我們的經(jīng)驗(yàn)。 iCubate2.0現(xiàn)階段的一個(gè)局限就是沒(méi)有做Sequence Alignment, 不能幫助找到靶基因的保守區(qū)。這個(gè)功能以后會(huì)加進(jìn)去的，現(xiàn)在可以通過(guò)程序外面的一些運(yùn)作來(lái)解決。下面的例子是假設(shè)我們要給一個(gè)大腸桿菌毒素基因設(shè)計(jì)引物。步驟如下： （1）google找到相關(guān)論文。 用關(guān)鍵詞“PCR, E coli' 來(lái)google, 就會(huì)得到如下結(jié)果，選擇一篇論文。 ![[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2021/07/0311/225535076_1_20210703114010270.jpg "[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范") （2）從論文中得到靶基因的信息。把靶基因片段的信息拷貝出來(lái)，再去GenBank做“釣魚(yú)”找到靶基因的完整信息。 ![[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2021/07/0311/225535076_2_20210703114010457.jpg "[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范") ![[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2021/07/0311/225535076_3_20210703114010520.jpg "[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范") （3） 到了NCBI網(wǎng)站后選擇Blast. ![[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范](http://image.sciencenet.cn/home/12104766hd1dy4kmojntqf.jpg "[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范") (4) 再選nucleotide blast. ![[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2021/07/0311/225535076_4_20210703114010707.jpg "[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范") (5) 然后把前面論文中找到的靶基因片段貼到序列框中。注意選擇非人類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)做比較。然后按Blast。這個(gè)動(dòng)作的目的是通過(guò)一個(gè)引物或者探針的短序列，得到特異性靶基因的長(zhǎng)序列。 ![[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2021/07/0311/225535076_5_20210703114010879.jpg "[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范") （6）得到許多同源基因序列后選擇一個(gè)比較全面的文獻(xiàn)打開(kāi)。把完整的靶基因拷貝出來(lái)，再用這個(gè)序列做下一輪的Blast, 目的是做同源基因的列比，找到保守區(qū)來(lái)設(shè)計(jì)成功率高的引物。 ![[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2021/07/0311/225535076_6_2021070311401167.jpg "[轉(zhuǎn)載]多重PCR引物設(shè)計(jì)示范")
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來(lái)自： 楚m > 《多重pcr-引物設(shè)計(jì)》
