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本文由阿童木根據(jù)實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)而整理，希望對(duì)大家有幫助。
原創(chuàng)微文，歡迎轉(zhuǎn)發(fā)轉(zhuǎn)載。 導(dǎo)讀
Circos是一個(gè)由加拿大科學(xué)家Martin KrzywinskiPerl利用perl語(yǔ)言開(kāi)發(fā)的用于描述關(guān)系型數(shù)據(jù)和可視化多維度的數(shù)據(jù)軟件。Circos憑借輸入簡(jiǎn)單，不需要太多的數(shù)據(jù)處理技巧就能調(diào)整到要求的輸入格式，輸出美觀(guān)、快捷等特點(diǎn)在比較基因組學(xué)和基因組繪圖中非常受歡迎。下面用自己敲出來(lái)的小數(shù)據(jù)展示Circos基本繪圖方法。需要用Linux系統(tǒng)哦。 軟件：Circos >官網(wǎng)：http:/// >下載：http:///software/download/ >文獻(xiàn)：Circos: An information aesthetic for comparative genomics. GenomeResearch 2009 >引用：近5000 >下載安裝后，查看依賴(lài)perl模塊： circos -modules
# 全部OK就能用circos畫(huà)圖了。
ok 1.36 Carp
ok 0.38 Clone
ok 2.63 Config::General
ok 3.56 Cwd
ok 2.173 Data::Dumper
ok 2.55 Digest::MD5
ok 2.85 File::Basename
ok 3.56 File::Spec::Functions
ok 0.2304 File::Temp
ok 1.51 FindBin
ok 0.39 Font::TTF::Font
ok 2.71 GD
ok 0.2 GD::Polyline
ok 2.45 Getopt::Long
ok 1.16 IO::File
ok 0.428 List::MoreUtils
ok 1.41 List::Util
ok 0.01 Math::Bezier
ok 1.9997 Math::BigFloat
ok 0.07 Math::Round
ok 0.08 Math::VecStat
ok 1.03 Memoize
ok 1.53_01 POSIX
ok 1.29 Params::Validate
ok 1.64 Pod::Usage
ok 2.05 Readonly
ok 2017060201 Regexp::Common
ok 2.84 SVG
ok 1.19 Set::IntSpan
ok 1.6611 Statistics::Basic
ok 2.53_01 Storable
ok 1.20 Sys::Hostname
ok 2.03 Text::Balanced
ok 0.61 Text::Format
ok 1.9726 Time::HiRes
第一圈：染色體 >底料：file.karyotype #chr bar contig rank start end col
chr - one 1 1 10 purple
chr - two 2 1 10 purple
chr - three 3 1 10 purple
# 可以根據(jù)最后一列的信息給染色體上色>模具：circos.conf <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> # 導(dǎo)入配置文件：顏色
<<include etc/housekeeping.conf>> ## 導(dǎo)入管家參數(shù)
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
karyotype = file.karyotype # 指定文件：染色體
chromosomes_units = 100000 # 指定距離單位u
chromosomes_display_default = yes # 顯示所有的染色體(no的話(huà)需要自己指定)
# 1. 第一圈：染色體
<ideogram>
<spacing>
default = 0.005r
# 設(shè)置圈圖中染色體之間的空隙大小，我們?cè)O(shè)置為0.005r的意思是每個(gè)染色體之間的空
</spacing>
radius = 1r # 初始圈半徑
thickness = 40p # 圈厚度
fill = yes # 圈顏色，使用指定顏色
stroke_color = 160,32,240 #染色體外邊框輪廓顏色，十進(jìn)制RGB
stroke_thickness=2p #輪廓厚度
</ideogram>
>塑型：circos mkdir Figure
circos-0.69-9/bin/circos -conf circos.conf --outputdir Figure -outputfile 1
>成品：染色體 
第二圈：高亮 >新材料：file.highlight # chr start end label
one 1 5 nothing
two 1 5 nothing
three 1 5 nothing>模具：【追加到】circos.conf # 2. 第二圈：高亮
<highlights>
z = 0
<highlight>
file = file.highlight # 高亮
fill_color = 0,0,0 # RGB指定高亮顏色
r0 = 0.90r # 內(nèi)徑
r1 = 0.95r # 外徑
</highlight>
</highlights>>塑型：circos circos-0.69-9/bin/circos -conf circos.conf --outputdir Figure -outputfile 2>成品：染色體+高亮 
第三圈：散點(diǎn) >新材料：file.scatter # chr start end label
one 1 5 nothing
two 1 5 nothing
three 1 5 nothing
>模具：【追加】<plots>其中的<plot>【到】circos.conf
<plots>
thickness = 1p
# 3. 第三圈：形狀色塊
<plot>
show = yes
type = scatter # 類(lèi)型：scatter/line/histogram/heatmap
file = file.scatter # 指定文件
r0 = 0.80r
r1 = 0.85r
max = 1.0
min = 0.0
glyph = triangle # 散點(diǎn)形狀：circle/triangle/rectangle
glyph_size = 60 # 散點(diǎn)大小
fill_color = 0,0,255 # 填充色：紅色
stroke_color = 0,0,255 # 邊框色：紅色
stroke_thickness = 1
</plot>
</plots>
>塑型：circos
circos-0.69-9/bin/circos -conf circos.conf --outputdir Figure -outputfile 3
>成品：染色體+高亮+散點(diǎn) 
第四圈：柱狀圖 >新材料A：file.histogram.in # chr start end size
one 4 5 1
one 3 4 0.5
one 2 3 0.1
two 4 5 1
two 3 4 0.5
two 2 3 0.1
three 4 5 1
three 3 4 0.5
three 2 3 0.1>新材料B：file.histogram.out # chr start end size
one 1 2 1
one 2 3 0.5
one 3 4 0.1
two 1 2 1
two 2 3 0.5
two 3 4 0.1
three 1 2 1
three 2 3 0.5
three 3 4 0.1
>模具：【追加】新的<plot>【到】circos.conf中的<plots> <plot>
type = histogram
z = 2
max_gap = 0u
file = file.histogram.out # 柱狀圖
color = red # 上色
fill_color = 255,0,0
r0 = 0.70r
r1 = 0.75r
orientation = out # 方向：朝外
</plot>
<plot>
type = histogram
z = 2
max_gap = 0u
file = file.histogram.in # 柱狀圖
color = blue # 上色
fill_color = 0,0,255
r0 = 0.65r
r1 = 0.70r
orientation = in # 方向：朝圓心
</plot>
>塑型：circos circos-0.69-9/bin/circos -conf circos.conf --outputdir Figure -outputfile 4
>成品：染色體+高亮+散點(diǎn)+柱形圖 
結(jié)束語(yǔ)： >利用以上方法，可對(duì)宏基因組Bin的數(shù)據(jù)進(jìn)行Circos繪圖，能得到下面的結(jié)果： 
感謝閱讀~
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