1912年1月1日中華民國成立，結(jié)束了延續(xù)兩千年的封建專制政體，代之以“民主共和”。

民國成立后撤銷了安西直隸州，敦煌歸屬安肅道(治所酒泉)。縣以下的行政建制仍沿用清代的“房班，隅坊”制度。只是將原典史署改成警備隊和監(jiān)獄署，儒學(xué)署改為勸學(xué)所，余照舊。原清官員，搖身一變成為民國官員，縣太爺出行依然八臺大轎，本質(zhì)無變化。直到1926年始將原縣屬六房，改組合并，設(shè)立科局，分置科，局長。管理全縣民財建教和社會工作。農(nóng)村照舊實行隔，坊制。1932年裁撤坊，隅。設(shè)立區(qū)，鄉(xiāng)。全縣分五區(qū)十鄉(xiāng)，鄉(xiāng)下設(shè)閭，閭下為鄰，各設(shè)區(qū)，鄉(xiāng)，閭，鄰長一人。分管各轄區(qū)的民事，賦稅，差役等事務(wù)。1935年又并區(qū)設(shè)聯(lián)保，實行保甲制，十戶為一甲，十甲為一保，每兩保設(shè)聯(lián)保主任一人，聯(lián)保上設(shè)區(qū)。1938年又取消聯(lián)保，實行鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲制。全縣劃分一鎮(zhèn)(鳴沙)，四鄉(xiāng)(和平，新安，永寧，靜肅)，三十九保共四百一十六甲，有戶4825戶，人口27918人。同時還設(shè)立了國民自衛(wèi)組織，縣設(shè)自衛(wèi)團，鄉(xiāng)鎮(zhèn)有自衛(wèi)隊，保設(shè)保隊。這種鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲制，直到1949年9月敦煌解放后廢除。