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題目：Prognostic Implications of Novel Ten-Gene Signature in Uveal Melanoma 葡萄膜黑色素瘤10基因特征的預(yù)后價(jià)值 摘要 背景：葡萄膜黑色素瘤（UM）是成人中最常見的原發(fā)性眼內(nèi)癌?；蚪M學(xué)研究提供了有關(guān)UM的分子亞型和致癌驅(qū)動(dòng)基因的信息，這些信息會(huì)提供新的治療策略。 方法：TCGA數(shù)據(jù)庫下載訓(xùn)練集TCGA-UVM，GEO數(shù)據(jù)集下載驗(yàn)證集GSE22138。使用Kaplan-Meier分析和單變量Cox回歸模型初步篩選預(yù)后基因，使用LASSO構(gòu)建多基因特征。隨后使用Kaplan-Meier，Cox和ROC分析對(duì)驗(yàn)證集進(jìn)行驗(yàn)證。通過Spearman檢驗(yàn)評(píng)估拷貝數(shù)變異和風(fēng)險(xiǎn)打分的相關(guān)性。GSEA和免疫浸潤(rùn)分析這些基因的功能注釋和在腫瘤微環(huán)境中的作用。 結(jié)果：構(gòu)建10基因特征并通過Kaplan-Meier分析揭示總生存期，無進(jìn)展生存期和五轉(zhuǎn)以生存的差異。通過Cox回歸分析證明10基因特征是獨(dú)立的危險(xiǎn)因素。此外，ROC分析表明，作者構(gòu)建的10基因特征預(yù)測(cè)預(yù)后的效果更好。10基因特征與3號(hào)染色體，8q,6q和6p顯著相關(guān)。此外，GSEA和免疫浸潤(rùn)分析表明，這10個(gè)基因與免疫相關(guān)通路和腫瘤環(huán)境顯著相關(guān)。 結(jié)論：10基因特征可以準(zhǔn)確鑒定患者預(yù)后并與免疫優(yōu)勢(shì)腫瘤環(huán)境密切相關(guān)，這可能為UM患者提供個(gè)性化的預(yù)后預(yù)測(cè)和新的治療方法。 流程圖  結(jié)果 1. 數(shù)據(jù)的獲取和整理 2. 臨床特征 表1 本研究涉及患者的臨床特征   圖1 LASSO回歸分析構(gòu)建預(yù)后基因特征 表2 預(yù)后基因特征的基因   圖2 10基因特征 Kaplan-Meier生存分析表明高風(fēng)險(xiǎn)組患者的總生存期較差（圖3A），無進(jìn)展生存期不良（圖3B）。驗(yàn)證集分析結(jié)果與訓(xùn)練集結(jié)果一致（圖3C）。  圖3 基于10基因特征的Kaplan-Meier生存分析 單因素和多因素Cox回歸分析表明10基因特征與總生存期和無進(jìn)展生存期顯著相關(guān)（圖4A和4B）。對(duì)驗(yàn)證集進(jìn)行單因素和多因素Cox回歸分析表明10基因特征與無轉(zhuǎn)移生存期顯著相關(guān)（圖4C）。這些結(jié)果表明10基因特征是獨(dú)立變量。  圖4 單因素和多因素Cox分析結(jié)果森林圖 隨后，作者使用ROC分析評(píng)估10基因特征預(yù)測(cè)預(yù)后的性能。10基因特征預(yù)測(cè)總生存期ROC曲線下面積（AUC）最大，AUC為0.916（圖5A）。10基因特征預(yù)測(cè)無進(jìn)展生存期的ROC曲線下面積（AUC）為0.739（圖5B）。驗(yàn)證集結(jié)果與其一直（圖5C）。  圖5 ROC分析 使用相關(guān)性分析評(píng)估10基因特征和拷貝數(shù)變異的關(guān)系。結(jié)果表明，10基因特征與3號(hào)染色體8q,6q和6p的拷貝數(shù)顯著相關(guān)（圖6）。  圖6 10基因特征與拷貝數(shù)變異的相關(guān)性 4. 10基因特征的GSEA分析  圖7 GSEA分析 5. 風(fēng)險(xiǎn)打分與腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞（TICs）比例的相關(guān)性  圖8 相關(guān)性分析 結(jié)論 作者的研究構(gòu)建了UM的10基因特征，是對(duì)TCGA和GEO數(shù)據(jù)庫的全面分析。10基因特征與UM預(yù)后有關(guān)，可以準(zhǔn)確預(yù)測(cè)患者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)。作者通過驗(yàn)證集對(duì)10基因特征進(jìn)行驗(yàn)證。此外，富集分析和免疫浸潤(rùn)分析表明，10基因與免疫優(yōu)勢(shì)腫瘤環(huán)境密切相關(guān)，這可能會(huì)促進(jìn)UM治療方法的開發(fā)。本文的亮點(diǎn)在于作者使用TCGA數(shù)據(jù)集構(gòu)建10基因特征可以準(zhǔn)確預(yù)測(cè)UM患者的預(yù)后并通過驗(yàn)證集進(jìn)行驗(yàn)證。但是本文也存在一定局限，例如本文選擇的數(shù)據(jù)集TCGA-UVM和GSE22138數(shù)據(jù)集中樣本分布可能與臨床人群不一致，存在一定的偏好性。需要更多的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)解釋構(gòu)建的10基因特征與UM患者的關(guān)系。 |
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