|
歡迎來到醫(yī)科研，這里是白介素2的讀書筆記，跟我一起聊臨床與科研的故事, 生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘，R語言，TCGA、GEO數(shù)據(jù)挖掘。
cowplot包
cowplot包是ggplot2的簡單附加組件。它旨在為ggplot2提供一個出版物就緒的主題，一個需要最小量的軸標簽尺寸，情節(jié)背景等。它的主要目的是方便制作符合要求的圖片。除了提供修改的繪圖主題外，此包還提供了對ggplot2繪圖的自定義注釋的功能。
事實證明，提供此功能的最簡單方法是在ggplot2之上實現(xiàn)通用繪圖畫布。因此，使用此軟件包可以獲得非常不尋常的效果。
舉例演示 如果你覺得ggplot2的默認主題并不好看
1library(ggplot2)
2ggplot(mpg, aes(x = cty, y = hwy, colour = factor(cyl))) +
3 geom_point(size = 2.5)
 image.pngcowplot調(diào)整 可以注意到灰色背景去除了,其實還有些細微尺寸上的細微差別
1library(cowplot)
2ggplot(mpg, aes(x = cty, y = hwy, colour = factor(cyl))) +
3 geom_point(size = 2.5)
 image.png更重要的是cowplot的默認主題與 save_plot 函數(shù)很好的銜接起來,這樣輸出的pdf文件不需要再增加其它參數(shù)就已經(jīng)很好了
1library(cowplot)
2plot.mpg <-ggplot(mpg, aes(x = cty, y = hwy, colour = factor(cyl))) +
3 geom_point(size=2.5)
4# use save_plot() instead of ggsave() when using cowplot
5save_plot("mpg.png", plot.mpg,
6 base_aspect_ratio = 1.3 # 給legend留出一定的空間
7)
8plot.mpg
9
image.png增加網(wǎng)格線 cowplot默認狀態(tài)下為無網(wǎng)格線
background_grid()函數(shù)可以增加背景網(wǎng)格線
1plot.mpg+background_grid(major = "xy",minor = "none")
 image.png更改主題 theme_set函數(shù)能夠方便的更改主題
1theme_set(theme_light())
2plot.mpg
 image.pngcowplot組圖功能 ggplot2的一個限制是它不容易為標題添加標簽和其他注釋。ggplot2嚴格地將繪圖面板（軸內(nèi)的部分）與繪圖的其余部分分開，雖然通?？梢灾苯有薷钠渲幸粋€，但我們不能輕易地更改它們。為了以通用方式解決這個問題，cowplot在ggplot2之上實現(xiàn)了一個通用的繪圖層。在此繪圖層中，您可以在圖形頂部添加任意圖形元素。
在學(xué)術(shù)繪圖中我們經(jīng)?？赡苄枰M合多個圖的情況
假設(shè)我們要組合這兩個圖 1plot.mpg <- ggplot(mpg, aes(x = cty, y = hwy, colour = factor(cyl))) +
2 geom_point(size=2.5)
3plot.mpg
4plot.diamonds <- ggplot(diamonds, aes(clarity, fill = cut)) + geom_bar() +
5 theme(axis.text.x = element_text(angle=70, vjust=0.5))
6plot.diamonds
7
image.png
 image.png1plot_grid(plot.mpg, plot.diamonds, labels = c("A", "B"))
 image.png對齊坐標軸設(shè)置 align參數(shù)，h表示 horizontally 水平對齊， vertically ("v") 垂直對齊
1plot_grid(plot.mpg, plot.diamonds, labels = c("A", "B"),align = "h")
 image.png指定輸出的行列 通常plot_grid會自動合理的輸出，但也可根據(jù)需要自行指定
1plot_grid(plot.mpg, plot.diamonds, labels = c("A", "B"),align="v",nrow = 2)
 image.pngsave_plot函數(shù)輸出文件 plot_grid能夠很好的配合save_plot函數(shù)輸出文件
假設(shè)我們要輸出一個2*2的文件，注意除在plot_grid文件中指定行列外，save_plot也需要指定
1plot2by2 <- plot_grid(plot.mpg, NULL, NULL, plot.diamonds,
2 labels=c("A", "B", "C", "D"), ncol = 2)
3save_plot("plot2by2.png", plot2by2,
4 ncol = 2, # we're saving a grid plot of 2 columns
5 nrow = 2, # and 2 rows
6 # each individual subplot should have an aspect ratio of 1.3
7 base_aspect_ratio = 1.3
8 )
9plot2by2
image.png類的圖形注釋 我們要在之前的圖形上添加圖注 draw_plot_label參數(shù)編號 draw_label參數(shù):增加文字圖注
1ggdraw(plot.mpg) +
2 draw_plot_label("A", size = 14) +
3 draw_label("DRAFT!", angle = 45, size = 80, alpha = .2)
image.png給之前的圖添加標簽
1# plot.mpg and plot.diamonds were defined earlier
2library(viridis)
3ggdraw() +
4 draw_plot(plot.diamonds + theme(legend.justification = "bottom"), 0, 0, 1, 1) +
5 draw_plot(plot.mpg + scale_color_viridis(discrete = TRUE) +
6 theme(legend.justification = "top"), 0.5, 0.52, 0.5, 0.4) +
7 draw_plot_label(c("A", "B"), c(0, 0.5), c(1, 0.92), size = 15)
image.png
除此以外cowplot還有其它更高級的功能，但是可能用的不多，我們不再詳細介紹參考源代碼鏈接(https://github.com/wilkelab/cowplot)
|
