ImageJ（https://imagej./ij/）是免費(fèi)開源的圖像處理軟件，在生物、醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中廣泛使用。本次使用的ImageJ版本是Fiji（Fijiis just ImageJ首字母縮寫），預(yù)裝了諸多生物醫(yī)學(xué)分析的常用插件，其下載鏈接為：https:///Fiji/Downloads。大家可以根據(jù)電腦操作系統(tǒng)（如Windows、mac OS、Linux）選擇下載版本。

準(zhǔn)備兩個(gè)文件夾，例如Input（存放待處理原始圖片）和Output（保存已處理圖片）。

1. 打開Fiji軟件，Process -> Batch -> Macro進(jìn)入批處理設(shè)置Batch Process窗口。

   

2. Input：選擇原始圖片存放位置；

3. Output：選擇存放處理后圖片的文件夾；

4. Outputformat：選擇處理后圖片的保存格式，可以選擇TIFF、JPEG、PNG、BMP等。

   

5. Add macro code：選擇需要執(zhí)行的操作?？梢暂斎氚喾N操作的macro，即對(duì)成百上千張圖片進(jìn)行同樣的處理。
6. File name contains：篩選需要處理的圖片，例如需要處理的圖片的文件名中包含CON。。。（可自己設(shè)置）；如果不填寫，則處理所有圖片。
7. Test：測(cè)試代碼是否報(bào)錯(cuò)，值得注意的是此處只測(cè)試文件中的第一張圖片。
8. Process：執(zhí)行批量處理。

科研論文圖片中免疫熒光與免疫組化等圖片的基本要求是必須有標(biāo)尺（Scale bar），用以顯示物體的實(shí)際大小。下圖【1】Iba1染色的小膠質(zhì)細(xì)胞右下角標(biāo)尺為25μm：

接下來(lái)給大家回顧ImageJ添加標(biāo)尺的常規(guī)方法與省時(shí)高效的批量添加標(biāo)尺的方法！

ImageJ添加標(biāo)尺的基本步驟：

1、打開一張有標(biāo)尺的圖片，使用MagnifyingGlass（放大鏡）工具放大標(biāo)尺，使用直線工具Shift沿著標(biāo)尺畫一條直線：

直線的距離為77.3333pixels，已知距離是25μm，Unit of length為μm，Global對(duì)所有后續(xù)打開圖片有效，否則只對(duì)當(dāng)前圖片有效，Scale為3.0933 pixels/μm，點(diǎn)擊OK可見(jiàn)圖片右上角顯示圖片的長(zhǎng)寬單位為μm：

依次設(shè)置標(biāo)尺大小、外觀、字體、顏色、位置等。點(diǎn)擊OK就能方便的添加標(biāo)尺了，如上圖添加了一個(gè)紅色的25μm的標(biāo)尺。

1、本次使用軟件為Fiji（ImageJ的版本之一）?，F(xiàn)有一系列無(wú)標(biāo)尺的同尺寸圖片，打開相同條件下獲得的有標(biāo)尺的圖片，根據(jù)基本方法校正標(biāo)尺，得到該標(biāo)尺為4.65 pixels/μm：

2、Plugins -> Macros -> Record…錄制宏，Analyze -> Tools-> Scale Bar添加標(biāo)尺，點(diǎn)擊Create創(chuàng)建宏：

3、將一系列無(wú)標(biāo)尺的圖片放至無(wú)標(biāo)尺文件夾，新建一個(gè)空的命名為有標(biāo)尺的文件夾。Process -> Batch -> Macro進(jìn)入Batch Process窗口。選擇輸入文件夾為無(wú)標(biāo)尺文件夾，選擇輸出文件夾為有標(biāo)尺文件夾。輸出圖片格式為TIFF，將錄制好的宏復(fù)制粘貼至下方文本框中，點(diǎn)擊Process進(jìn)行批量添加操作：

打開有標(biāo)尺文件夾，可見(jiàn)每張圖片均已添加了一個(gè)50μm的標(biāo)尺：

宏廣泛應(yīng)用于快速、批量的圖片處理。例如在Pubmed搜索(imagej) AND (macro)可得到152篇檢索結(jié)果：