https:///CellCellInteractions#ref6
Cell-Cell Interaction Database 描述了通過(guò)過(guò)濾已有的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)數(shù)據(jù)，細(xì)胞-細(xì)胞相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)的自動(dòng)構(gòu)建。細(xì)胞間的相互作用對(duì)理解組織結(jié)構(gòu)很重要。我們和其他人建立了細(xì)胞-細(xì)胞相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)(1,2,3,4,5)。這個(gè)網(wǎng)站提供的資源代表了一套自動(dòng)構(gòu)建的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用，它可以介導(dǎo)細(xì)胞-細(xì)胞間的通訊，與我們之前建立的數(shù)據(jù)庫(kù)相比，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)得到了擴(kuò)展。
受體來(lái)源：
配體來(lái)源：
GO編號(hào)背會(huì)了嗎？
人工校正：
既不是受體也不是配體的基因被移除
分類(lèi)錯(cuò)誤的基因被移到正確的列表中(即在配體列表中找到受體，反之亦然)
最后：
受體- 1851個(gè)基因
配體- 1593個(gè)基因
ECM - 433基因
點(diǎn)擊下載吧：
cellphonedb
CellPhoneDB是一個(gè)可公開(kāi)獲取的組織受體、配體及其相互作用的知識(shí)庫(kù)。配體和受體都包括亞基結(jié)構(gòu)，準(zhǔn)確地代表異構(gòu)體復(fù)合物。這是至關(guān)重要的，因?yàn)榧?xì)胞和細(xì)胞之間的通信依賴于多亞基蛋白復(fù)合物，而這些蛋白復(fù)合物超出了大多數(shù)數(shù)據(jù)庫(kù)和研究中使用的表示。
CellPhoneDB集成了現(xiàn)有數(shù)據(jù)集和新的人工審查信息。CellPhoneDB使用來(lái)自以下數(shù)據(jù)庫(kù)的信息:UniProt, Ensembl, PDB, IMEx聯(lián)盟，IUPHAR。
CellPhoneDB可以用來(lái)搜索一個(gè)特定的配體/受體或查詢你自己的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。
cellchat：
http://www./index_inner.html
CellChat Explorer包含兩個(gè)主要組件:
(a)配體-受體相互作用瀏覽器，使我們的配體-受體相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)的容易探索
(b)細(xì)胞-細(xì)胞通訊Atlas Explorer允許簡(jiǎn)單的探索和信息溝通對(duì)于任何給定scRNA-seq數(shù)據(jù)集
我們發(fā)現(xiàn)其實(shí)受配體是某種通路的關(guān)鍵基因，于是我們可以：
GO：
http://amigo./amigo/search/ontology?q=ligand%20receptor
落腳在pathway上，開(kāi)心了嗎？
