一，深圳站（Shenzhen Railway Station），位于中國廣東省深圳市羅湖區(qū)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的一等站，

二，深圳東站（Shenzhendong Railway Station）位于中國廣東省深圳市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的三等站，

三，平湖站（Pinghu Railway Station），位于中國廣東省深圳市龍崗區(qū)平湖街道，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的四等站，

四，深圳北站（Shenzhenbei Railway Station）位于中國廣東省深圳市龍華區(qū)民治街道，由中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄，

五，深圳坪山站（Shenzhen Pingshan Railway Station）位于中國廣東省深圳市坪山區(qū)西部與龍崗區(qū)東部交界處，隸屬于中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司，為廈深鐵路的客運(yùn)二等站

六，福田站（Futian Railway Station）位于中國廣東省深圳市福田區(qū)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的一等站，

七，光明城站（Guangmingcheng Railway Station）位于深圳市光明區(qū)光明街道三十八號(hào)路8號(hào)，隸屬于中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄，是廣深港客運(yùn)專線上的一個(gè)站點(diǎn)，

八，深圳機(jī)場站（Shenzhen Airport Railway Station），位于中國廣東省深圳市寶安區(qū)，當(dāng)前是穗深城際鐵路上的一座車站，隸屬中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄。該站于2019年12月15日正式開通運(yùn)營。

九，深圳機(jī)場北站（Shenzhen Airport North Railway Station），位于中國廣東省深圳市寶安區(qū)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經(jīng)該車站的是穗深城際鐵路。

十，福海西站（Fuhaixi Railway Station），規(guī)劃時(shí)稱和平站，位于中國廣東省深圳市寶安區(qū)，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的車站（廣州鐵路局），途經(jīng)該車站的是穗深城際鐵路。2019年12月15日，福海西站正式開通運(yùn)營。

十一，沙井西站（Shajingxi Railway Station），規(guī)劃時(shí)稱海上田園站，位于中國廣東省深圳市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經(jīng)該車站的線路是穗深城際鐵路。

十二，深圳西站（Shenzhenxi Railway Station）位于中國廣東省深圳市南山區(qū)，為平南鐵路上的一座三等站。該站于1994年投入使用，隸屬中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄。

其他非客運(yùn)站十三筍崗站（Sungang Railway Station），又稱深北客技站，原名深圳北站，位于中國廣東省深圳市羅湖區(qū)筍崗街道，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司（廣州鐵路局）管轄的貨運(yùn)三等站

十四，平湖南站（Pinghunan Railway Station），位于中國廣東省深圳市，隸屬中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄，是深圳市境內(nèi)四大鐵路貨運(yùn)站之一

十五，西麗站（Xili Railway Station），位于中國廣東省深圳市，是中國鐵路廣州局集團(tuán)有限公司管轄的鐵路四等站。

十六，坂田站，為平南鐵路上的一座四等火車站，位于中國廣東省深圳市龍崗區(qū)坂田街道。該站于1993年啟用，由廣州鐵路（集團(tuán)）公司（簡稱廣鐵）平南鐵路有限公司管轄。坂田站曾同時(shí)辦理貨運(yùn)和客運(yùn)業(yè)務(wù)，2013年12月28日起，坂田站正式取消客運(yùn)業(yè)務(wù)，成為純粹的貨運(yùn)火車站。

十七，木古站，位于中國廣東省深圳市龍崗區(qū)木古，為平南鐵路的四等站，