在石炭紀(jì)中后期，許多早期四足動(dòng)物都在嘗試擺脫繁殖和幼體發(fā)育對(duì)水的依賴(lài)。它們中的一些演化出了羊膜卵，成為真正的陸生脊椎動(dòng)物。合弓綱和蜥形綱是最成功的兩類(lèi)羊膜動(dòng)物，主導(dǎo)著之后3億年的演化進(jìn)程。它們不但留下了豐富的化石記錄，而且血脈流傳至今。

目前已知最早的合弓類(lèi)：始祖單弓獸，和最早的蜥形類(lèi)：林蜥，古窗龍和油頁(yè)巖蜥，骨骼結(jié)構(gòu)（下頜，顱骨，脊椎和四肢）都已經(jīng)有明顯的區(qū)別。很多人認(rèn)為這兩大陣營(yíng)早就已經(jīng)分道揚(yáng)鑣，然后各自獨(dú)立演化出羊膜卵。

顳颥孔的數(shù)量和位置是合弓綱和蜥形綱的主要區(qū)別之一。合弓綱（上圖中箭頭指示）始終只有一對(duì)下位的顳颥孔。而蜥形綱比較復(fù)雜，有些沒(méi)有顳颥孔，有些有一對(duì)上位的顳颥孔，最多的是有上下兩對(duì)顳颥孔（下圖中箭頭指示）。

合弓綱，在哺乳動(dòng)物之前的盤(pán)龍目和獸孔目，就常被稱(chēng)為“似哺乳爬行動(dòng)物”。它們?cè)谟H緣關(guān)系上接近哺乳動(dòng)物，但形態(tài)結(jié)構(gòu)更像人們熟知的“爬行動(dòng)物”。

盤(pán)龍目和獸孔目已經(jīng)滅絕，看不到活的“似哺乳爬行動(dòng)物”是什么樣子。今天的哺乳動(dòng)物早已擺脫了“爬行動(dòng)物”的形態(tài)。

作為平行演化的另一支，蜥形綱也多次突破了“爬行動(dòng)物”的樊籠，它們也成功地改良體態(tài)，控制體溫，演化出更加高效的呼吸和循環(huán)系統(tǒng)，更加迅捷靈活的運(yùn)動(dòng)方式，更加發(fā)達(dá)的大腦和更加復(fù)雜的行為。。從今天的鳥(niǎo)類(lèi)身上，就可以瞥見(jiàn)蜥形綱的演化高度。

化石證據(jù)已經(jīng)成功地拼接出從小型獸腳類(lèi)恐龍到鳥(niǎo)類(lèi)的清晰的演化鏈條。羽毛，恒溫，活潑的身姿，復(fù)雜的交流手段，細(xì)致的育雛行為，甚至思考和學(xué)習(xí)能力，這些特征可能早在侏羅紀(jì)就已經(jīng)出現(xiàn)了。

在漫長(zhǎng)的演化史上，曾經(jīng)出現(xiàn)過(guò)種類(lèi)難以估量，蜥形綱中的絕大多數(shù)都已經(jīng)永遠(yuǎn)湮滅在時(shí)光的深處?；C據(jù)的殘缺和斷檔，也使得對(duì)蜥形綱的系統(tǒng)發(fā)生學(xué)研究經(jīng)常陷入猜測(cè)和臆想。下面根據(jù)目前的文獻(xiàn)報(bào)道，簡(jiǎn)單梳理一下這個(gè)曾經(jīng)無(wú)比輝煌的龐大家族。

首先，蜥蜴和蛇（還有蚓蜥）是現(xiàn)代爬行動(dòng)物中種類(lèi)最多，分布最廣的類(lèi)群，它們的親緣關(guān)系很近，組成了有鱗目（Squamata）。

現(xiàn)代爬行動(dòng)物中還有一個(gè)很小的目：喙頭目（Rhynchocephalia），小到只有一個(gè)種：楔齒蜥（Sphenodon punctatus），就是在一些科普作品中出現(xiàn)的“新西蘭大蜥蜴”。喙頭目曾經(jīng)一度繁盛。

有鱗目和喙頭目都屬于鱗龍形類(lèi)（Lepidosauromorpha），是雙孔亞綱（Diapsida）的一支。雙孔亞綱曾經(jīng)和無(wú)孔亞綱和調(diào)孔亞綱并列。不過(guò)現(xiàn)在無(wú)孔亞綱和調(diào)孔亞綱已經(jīng)取消了。

在雙孔亞綱乃至整個(gè)蜥形綱的演化史上，鱗龍形類(lèi)的地位并不顯赫，它們?nèi)〉玫淖罡叱删?，是在白堊紀(jì)晚期演化出海洋霸主——滄龍（Mosasaur）。但可惜好景不長(zhǎng)，隨著蜥形綱大廈傾覆。在新生代，即使是泰坦蟒（Titanoboa cerrejonensis）和古巨蜥（Megalania prisca 或Varanus priscus），也只能蜷縮在被時(shí)間遺忘的角落里。

下圖，滄龍屬于有鱗目，是蜥蜴和蛇的近親。它是鱗龍類(lèi)演化的巔峰。

和鱗龍形類(lèi)相對(duì)，雙孔亞綱的另一支被稱(chēng)為主龍形類(lèi)（Archosauromorpha）。屬于這個(gè)家族的有：恐龍（當(dāng)然包括鳥(niǎo)類(lèi)），翼龍，龜鱉，鱷和它們的近親。正因?yàn)閾碛腥绱巳A麗的陣容，所以被命名為主龍——占統(tǒng)治地位的蜥形類(lèi)。

鳥(niǎo)類(lèi)（Aves）是今天依然活著的恐龍，這一點(diǎn)已經(jīng)被廣泛接受。當(dāng)恐龍統(tǒng)治陸地時(shí)，它們的近親翼龍目（Pterosauria）傲然俯瞰著眾生。恐龍（蜥臀目Saurischia和鳥(niǎo)臀目Ornithischia）和翼龍都屬于鳥(niǎo)頸類(lèi)主龍（Ornithodira）——意思是具有像鳥(niǎo)那樣彎曲脖頸。

與鱷類(lèi)親緣關(guān)系相近的主龍組成了鑲嵌踝類(lèi)（Crutotarsi）——這個(gè)名字源自特殊的足部骨骼結(jié)構(gòu)。鑲嵌踝類(lèi)主龍?jiān)诙B紀(jì)大滅絕后迅速崛起，從合弓綱手中接過(guò)了陸地的統(tǒng)治權(quán)，又在三疊紀(jì)大滅絕中損失慘重，把統(tǒng)治權(quán)交給了鳥(niǎo)頸類(lèi)主龍——恐龍。

下圖，一些三疊紀(jì)鑲嵌踝類(lèi)主龍的復(fù)原圖。

中生代的鑲嵌踝類(lèi)依然是各大淡水水系（除了寒冷的南極大陸）的頂級(jí)掠食者。一些種類(lèi)甚至開(kāi)始向海洋發(fā)展。它們當(dāng)中的絕大多數(shù)都在白堊紀(jì)末的大滅絕事件中末灰飛煙滅，少數(shù)幸存者又在氣候變遷和哺乳動(dòng)物的沖擊下逐漸消磨。

白堊紀(jì)晚期的恐鱷（Deinosuchus）棲息在淡水河湖，伏擊前來(lái)飲水的恐龍。這種生存模式被鱷目（Crocodilia）繼承發(fā)揚(yáng)。

近鱷（Plesiosuchus）是侏羅紀(jì)的海生鱷形類(lèi)。它的體型很像早期魚(yú)龍，甚至已經(jīng)出現(xiàn)了分叉的“尾鰭”結(jié)構(gòu)。

再來(lái)說(shuō)說(shuō)龜鱉目（Testudines）。這也是一支高度特化的蜥形類(lèi)，看上去圓滾滾，慢吞吞，呆呆蠢蠢，怯怯縮縮，卻成功地渡過(guò)了一次又一次災(zāi)變。

下圖，龜?shù)墓趋澜Y(jié)構(gòu)。獨(dú)特的龜殼是由脊椎，肋骨和胸骨變形愈合而成的。

龜鱉類(lèi)的頭骨上沒(méi)有顳颥孔。受這一特征誤導(dǎo)，一直以來(lái)，人們都認(rèn)為它們起源自蜥形綱基干類(lèi)群，是“無(wú)孔亞綱（Anapsida）”的唯一現(xiàn)存類(lèi)群。然而一項(xiàng)針對(duì)中華鱉和綠海龜?shù)幕蚪M研究卻表明：龜鱉類(lèi)其實(shí)是和鱷類(lèi)和鳥(niǎo)類(lèi)一樣，是主龍類(lèi)的一支。這個(gè)結(jié)果直接導(dǎo)致“無(wú)孔亞綱”失去了存在的意義，蜥形綱的演化譜系被全面調(diào)整。
下圖，龜鱉類(lèi)的眼洞后面沒(méi)有顳颥孔。新的化石證據(jù)表明，龜鱉類(lèi)的顳颥孔曾經(jīng)存在，只不過(guò)在演化過(guò)程中閉合消失了。

有人認(rèn)為已經(jīng)滅絕的鰭龍目（Sauropterygia）和龜鱉類(lèi)有親緣關(guān)系。鰭龍目包括蛇頸龍，上龍，和其他一些中生代的海洋爬行動(dòng)物，它們形態(tài)多樣，來(lái)源復(fù)雜，感覺(jué)這個(gè)目像個(gè)筐，被扔進(jìn)了許多未必多有關(guān)系的類(lèi)群。

下圖，鰭龍目的主要類(lèi)群，其中有一些外形像龜鱉的種類(lèi)。

蜥形綱中還有一類(lèi)比鰭龍目更加適應(yīng)水生生活，那就是魚(yú)龍目（Ichthyosauria）。這個(gè)類(lèi)群演化出像魚(yú)一樣的流線(xiàn)形身體和運(yùn)動(dòng)方式，槳狀的四肢和分叉的尾鰭，再也不能上岸活動(dòng)，徹底切斷了和陸地的聯(lián)系。

下圖，魚(yú)龍目的演化趨勢(shì)：外形越來(lái)越像魚(yú)。

魚(yú)龍目和鰭龍目在蜥形綱中的位置一直眾說(shuō)紛紜。它們?cè)?jīng)組成“調(diào)孔亞綱（Euryapsida）”，這個(gè)分類(lèi)現(xiàn)在已經(jīng)被棄之不用了。有人認(rèn)為它們和龜鱉目一樣，屬于主龍類(lèi)；也有人認(rèn)為它們其實(shí)是鱗龍類(lèi)。在新的，決定性的證據(jù)出現(xiàn)之前，還是不忙下結(jié)論了。

蜥形綱的譜系比合弓綱復(fù)雜太多了。

在二疊紀(jì)，那時(shí)主龍類(lèi)和鱗龍類(lèi)還沒(méi)有演化成型，在合弓綱的威壓下，有兩支蜥形類(lèi)艱難度日，一支被稱(chēng)為“真爬行動(dòng)物（Eureptilia）”，就是由它們的后代建立起屬于蜥形類(lèi)的中生代；但在二疊紀(jì)，它們的處境甚至還不如蜥形綱的另一支——“副爬行動(dòng)物（Parareptilia）。