1645年5月，明古城毀于一旦；屠城之后不久，揚州迎來了清代首任知府胡蘄忠，由此被正式納入新王朝的統(tǒng)治之下。

胡蘄忠著手重建州府，建在今廣陵區(qū)府和市政協(xié)以南，紫藤街一帶，又在汶河西側(cè)復(fù)建學(xué)宮。作為地區(qū)行政中心，揚州古城漸漸恢復(fù)生機，鹽商作為移民的重要組成部分出現(xiàn)在揚州的歷史舞臺上。

清代揚州的鹽商大部分為徽州人，清初開始大規(guī)模移民到揚州，在揚州社會構(gòu)成中占有很高的比重?；丈桃恢笔菗P州的主導(dǎo)社會群體，使揚州古城在許多方面具有濃郁的徽派特色。

 在揚州，清政府設(shè)立了兩淮巡鹽御史、兩淮鹽運史，鹽商在官府督辦下才能經(jīng)營鹽業(yè)。鹽商每年必須先到有關(guān)機構(gòu)購買鹽引（鹽業(yè)買賣憑證），憑鹽引到指定鹽場買一定數(shù)量的鹽，然后運到指定的地方銷售，在規(guī)定的范圍內(nèi)有專賣特權(quán)。

    1645年，清朝第一任兩淮巡鹽御使李發(fā)元頒發(fā)了6萬份鹽引，根據(jù)將近三十年前建立的綱法來恢復(fù)鹽業(yè)貿(mào)易。

　 揚州鹽商利用清朝政府給予他們的特權(quán)——鹽引制，壟斷經(jīng)營、賤買貴賣，獲取了巨額財富。

南河下街見證了揚州鹽業(yè)的繁榮。南河下街是清代官宦豪商的住宅區(qū)，徽、鄂、湘、贛鹽商的聚集地，是揚州最大、也是最有特色的歷史文化街區(qū)。街區(qū)內(nèi)古巷阡陌縱橫，古井、老宅眾多，大量鹽商住宅、會館、揚州古民居云集于此。

南河下的北面有一條古街，叫做引市街。在揚州鹽務(wù)發(fā)達的時代，這里曾經(jīng)是各地商人買賣“鹽引”的地方，猶如今日的金融一條街或股票市場。引是鹽的計量單位，鹽引則是銷鹽的票據(jù)，作為有價證券在市場流通。揚州引市街每日每時進行的交易行情，遙遙影響著皖、鄂、湘、贛等省食鹽價格的起伏漲落。 

作為揚州鹽業(yè)歷史遺跡的代表，南河下街區(qū)的鹽宗廟不得不提。清同治十二年（1873），兩淮眾鹽商供奉夙沙氏、膠鬲、管仲三位鹽業(yè)始祖修建鹽宗廟，是揚州鹽商舉行祭祀儀禮的場所，后為紀念曾國藩改為曾公祠。

南河下170號，是大鹽商汪魯門鹽商住宅。汪魯門棄官經(jīng)商，經(jīng)任兩淮鹽業(yè)總商，成為揚州最后一批有影響的鹽商之一。

    揚州鹽商興盛于此，也敗落于此。有特權(quán)庇護，他們是不折不扣的官商。鹽商們的大量財富成了清政府特殊用項的來源，兩淮的鹽稅直接關(guān)涉到清政權(quán)的經(jīng)濟命脈，“損益盈虛，動關(guān)國計”。于是形成了上至皇帝，下至臣僚和揚州鹽商在政治上、經(jīng)濟上的微妙關(guān)系。

揚州鹽商也無形中承擔(dān)了許多封建義務(wù)。遇大災(zāi)大難時，大力支持清政府是他們報效朝廷的最好機遇。如臺灣林爽文起義時，揚州鹽商江廣達主動捐銀二百萬兩，“以備犒賞”。嘉慶年間，川楚陜白蓮教起義，清政府軍餉匱乏，揚州鹽商鮑漱芳積極向清政府“輸餉”，清政府為此賞給鹽運使的頭銜。清政府治河經(jīng)費不足，揚州鹽商“集眾輸銀三百萬兩以佐工需”。取寵皇帝也是他們維持特權(quán)的方法。乾隆于十八年(1753年)南巡時，揚州鹽商捐銀二十萬兩修建行宮。為此乾隆特允許綱鹽、食鹽每引增加十斤以示獎勵。乾隆的幾次南巡，鹽商們都是巧思妙想，廣造園林，爭奇斗妍，以奉宸游，有“一路樓臺直到山”之稱。無怪乎乾隆驚嘆說：“揚州鹽商，擁有厚資，其居室園囿，無不華麗崇煥。”

    然而好景不長，揚州鹽業(yè)到乾隆中葉已出現(xiàn)衰敗跡象。嘉慶道光年間，清政府頻繁的查收勒索使揚州鹽商無利可圖，一蹶不振，于是紛紛走散。

    清朝末年，隨著鐵路、海運的興起，加之“海勢東遷，鹵氣漸淡”，淮鹽產(chǎn)量下降。隨著鹽課制度的消亡，六省行鹽制度取消，揚州便失去了鹽運中心的地位，鹽運使司也移至淮北的海州去了。