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http://www./class/Home/Index/singlev?id=2 問1：轉(zhuǎn)錄因子指的是蛋白質(zhì)？ 答：是的。
答：MEME、weblogo都可以。 Weblogo:http://weblogo./create.cgi 如果想要得到更好看的圖片，可以試試LATEX 問3：轉(zhuǎn)錄因子怎么預(yù)測靶基因？ 答：轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合到什么區(qū)域具有保守性的，如果已經(jīng)知道轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的序列是什么特點，可以在基因上游2K區(qū)域找這段序列，如果可以找到，那么這段序列就是潛在的能夠被該轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。 問4：轉(zhuǎn)錄因子怎么找啟動子序列? 答：首先，啟動子序列沒有很嚴格的定義，通常認為定義基因上游2K左右為潛在的啟動子區(qū)，而到底轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合到什么區(qū)域，要具體做靶基因預(yù)測。 問5：怎么知道是序列是轉(zhuǎn)錄因子？ 答：使用序列在轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫進行blast 比對。 問6：請問JASPAR能分析細菌的轉(zhuǎn)錄因子么? 答：JASPAR數(shù)據(jù)庫是由開發(fā)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點（TFBS）數(shù)據(jù)庫 鏈接：http://jaspar.binf./ 對于JASPAR數(shù)據(jù)庫，包括脊椎動物，線蟲綱，昆蟲，植物，真菌，TF結(jié)構(gòu)分類。 問7：JASPAR結(jié)果 strand 有正有負怎么取舍？ 答：為什么要取舍呢，轉(zhuǎn)錄的時候，其實兩條鏈都可以轉(zhuǎn)錄的。 問8：請問用什么方法可以在尋找已知蛋白的結(jié)合蛋白時，假陽性最??？是blast比對嗎？ 答：是的。蛋白與蛋白的相互作用應(yīng)該是PPI的相互作用。 問9：PPI的結(jié)果是預(yù)測的嗎？可信度多高？ 答：是預(yù)測的，可信度問題無法很好定義，所以后續(xù)要做酵母雙雜交或免疫共沉淀實驗驗證；預(yù)測是無法解決問題的，只是給我們提供一些篩選結(jié)果，縮小驗證范圍。 問10：轉(zhuǎn)錄因子找到的靶基因的啟動子結(jié)合位點，是不是我們研究基因的啟動子？ 答：不一定，預(yù)測的結(jié)果還是需要驗證實驗來證實。而且一個轉(zhuǎn)錄因子可能有多個靶基因啟動子結(jié)合位點。 問11：如果一個基因序列沒有2000bp，會有啟動子區(qū)嗎？ 答：這里可能混淆了兩個概念，通常說的啟動子序列2K不算在基因序列里面。而基因序列通常是從轉(zhuǎn)錄起始位點開始算的；啟動子序列是從轉(zhuǎn)錄起始位點上游開始算的，但同時這也是一種經(jīng)驗性、保守的說法，也有可能一些轉(zhuǎn)錄因子的啟動子序列不是2K,或者是更遠的基因上游部分，2K通常囊括了大部分的啟動子序列。 問12：在RNA-seq的差異表達的list里面有幾個TF，有沒有比較好的方式把TF的target形成的網(wǎng)絡(luò)搞出來？ 答： RNA-seq結(jié)果可以2個有用信息。 第一，如果TF在jasper數(shù)據(jù)庫已經(jīng)有人報道了有這個model，那么就可以利用靶基因預(yù)測的方法去找TF的target基因。 第二，如果你的RNA-seq樣本比較多，比如10個、8個，那么TF的target基因可能是很多的， 這時需要過濾一下?？梢杂嬎銤撛趖arget與TF表達的相關(guān)系數(shù)，如果存在潛在的正相關(guān)，就可以判定可能是被調(diào)控的。這樣過濾完，一個TF剩下的target可能就幾十個。接下來，把結(jié)果導(dǎo)入到cytoscape里面進行可視化，那么調(diào)控網(wǎng)絡(luò)就可以做出來了。 問13：請問一下在細菌里，已知一段啟動子序列，怎么尋找可以與之結(jié)合的潛在轉(zhuǎn)錄因子呢？ 答：在JASPAR數(shù)據(jù)庫里面，將報道過的該啟動子序列把他拿出來，包含的motif，全部預(yù)測一遍，就可以找到轉(zhuǎn)錄因子。 問14：組蛋白修飾的啟動子區(qū)域有沒有特定的序列？ 答：沒有特定的序列。因為組蛋白修飾染色體的某個狀態(tài)，他是沒有特定的規(guī)律的，比如H3K4三甲基化，他有時是可以轉(zhuǎn)化成一甲基化的，或者不甲基化，或者乙?；＿@是說規(guī)律是可以調(diào)整的，所以組蛋白修飾更多是一個表觀調(diào)控的一部分，他并沒有非要什么樣的序列來說被修飾的。 問15：為什么啟動子區(qū)一定要三甲基化呢？ 答：這是因為三甲基化染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)是不一樣的，但因為染色體結(jié)構(gòu)不一樣，意味著空間結(jié)構(gòu)不一樣；打個比方，一個轉(zhuǎn)錄復(fù)合物結(jié)合到的區(qū)域就相當于一個停車位一樣的，所以組蛋白修飾狀態(tài)不一樣，它的復(fù)合物結(jié)合不上去。所以如果是一甲基化的，復(fù)合物結(jié)合不上去，自然就不可能是一個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。 問16：增強子結(jié)合區(qū)域是1甲基化，但是增強子也屬于TF，那么3甲基化也不是肯定的么？ 答：增強子未必是轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域，比如enhancer RNA，結(jié)合的蛋白類型更轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的區(qū)域還是有區(qū)別的，兩者是不一樣的。 問17：正義鏈和反義鏈是什么意思？啟動子區(qū)域在不同鏈怎么找？ 答：比如人類基因組里面，正義鏈已經(jīng)被人為定義好了，某一條鏈是正鏈，某一條即為反鏈。那具體到基因的話，我們知道RNA的轉(zhuǎn)錄是單鏈轉(zhuǎn)錄的，轉(zhuǎn)錄有可能轉(zhuǎn)錄正義鏈也有可能轉(zhuǎn)錄反義鏈，所以啟動子肯定是跟你的轉(zhuǎn)錄鏈在同一條鏈的。所以啟動子不可能在反義鏈上，這里的得反義鏈是DNA的反義鏈，但你的轉(zhuǎn)錄本就在反義鏈上所以啟動子區(qū)域通常跟你的轉(zhuǎn)錄連在同一條鏈上。 問18：正向轉(zhuǎn)錄和反向轉(zhuǎn)錄找啟動子區(qū)域有什么不同呢？ 答：沒有什么不同。 問19：染色體的正負鏈，跟 DNA模板的正負鏈不一樣嗎？ 答：正向的話，位于我們?nèi)旧w位置信息中數(shù)字比較小減去2K；反向的話，在染色體位置信息中數(shù)字比較大的加上2K。 問：可以舉個例子嗎？ 答：轉(zhuǎn)錄因子是結(jié)合啟動子區(qū)域，起始轉(zhuǎn)錄；而小RNA一般是靶向拮抗轉(zhuǎn)錄本的表達。 問20：預(yù)測某個基因的啟動子序列，應(yīng)該使用正義鏈的序列（與mRNA一致）吧？ 答：是的。 問21：轉(zhuǎn)錄因子為什么允許錯配呢？ 答：轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合規(guī)律類似于microRNA跟靶基因的結(jié)合。就是說這些結(jié)合本身有一種互補配對能量的問題，就是吉布斯自由能。如果一個轉(zhuǎn)錄因子蛋白的某些序列，因為蛋白序列有某些特性，就是說跟正靶向結(jié)合時候，他的結(jié)合能力是下降的。在任何一個轉(zhuǎn)錄因子，他可能一兩個模型，可能允許錯配2個地方， 有可能錯配3個地方，這些模型允許錯配，我們就來統(tǒng)計這些基因存在哪些錯位位點，所以，我們就可以把轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合模型總結(jié)出來。 你再給一條序列，那么可以根據(jù)這個完美模型來判定這個錯配會導(dǎo)致能量下降多少，如果能量為100%的話，我們認為能量講到80%的時候就能結(jié)合了，但這80%也是人為定的標準，比如你覺得80%太嚴了，你可以降到70%也許是OK的。但這也是一種經(jīng)驗性的標準。 問22：promo網(wǎng)站輸入啟動子序列，就會顯示能夠結(jié)合的位點以及相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子，跟JASPAR網(wǎng)站方法什么區(qū)別？ 答：建議看下promo網(wǎng)站的方法學(xué)文章，無論是什么數(shù)據(jù)庫，大部分轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測的都是用這種方法的?？赡芊椒ㄓ袃?yōu)化但不會相差太多。 問23：我用人的序列去比對另一物種的基因組，然后用genewise去預(yù)測ORF，得到的預(yù)測結(jié)果中發(fā)現(xiàn)同一條人的query序列對應(yīng)上了另一物種多個scaffold，但是score值不同，這些score值怎么處理？ 答：比對劫到多個地方這種情況是正常的，比如如果基因存在基因家族，然后一個基因也不一定在基因組上就一個拷貝，所以就能比對到多個scaffold，所以導(dǎo)致score不同。 問24：轉(zhuǎn)錄因子和小RNA的作用方式有什么區(qū)別？他們都是起到調(diào)控作用？ 答：轉(zhuǎn)錄因子是一個轉(zhuǎn)錄前調(diào)控，決定了這個基因能否被轉(zhuǎn)錄；小RNA是一種轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，他的轉(zhuǎn)錄已經(jīng)翻譯出來的，但是來阻止他翻譯成蛋白，比如可以利用小RNA來結(jié)合，或使RNA降解。所以轉(zhuǎn)錄因子是一個轉(zhuǎn)錄前調(diào)控，小RNA是一種轉(zhuǎn)錄后調(diào)控是否翻譯成蛋白，這是兩者的根本區(qū)別。 問25：TFBS模型構(gòu)建有什么意義？ 答：目前TFBS大部分實驗來源于ChIP 及傳統(tǒng)的凝膠遷移實驗等，凝膠遷移實驗以前傳統(tǒng)做法是獲得一個轉(zhuǎn)錄因子，就在體外將轉(zhuǎn)錄因子與DNA打碎結(jié)合，結(jié)合后跑電泳看看哪些DNA是跟轉(zhuǎn)錄因子蛋白一起遷移的，然后把一起遷移的DNA拿出來去測序，當然可能會測個百八十條，這些序列都是不一樣的，但是這些序列雖然不一樣，但肯定都有轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點。所以就需要把這些結(jié)合規(guī)律找出來。比如可以統(tǒng)計每個區(qū)域剪輯的頻率，建立轉(zhuǎn)錄因子這樣一個模型。 模型構(gòu)建有什么好處呢？如果后面再獲得一個基因，想看它到底能不能跟轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合，你就可以在基因的上游去找到有沒有符合這個模型的序列，如果有這樣序列，那么就可以判斷可以與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。 引申一點，我們測出來的區(qū)域二三百長，但實際上結(jié)合區(qū)域只有4-10個bp，一般通過序列分析軟件比如MEME,找出最保守的區(qū)域。找出來以后再通過統(tǒng)計，把最保守的區(qū)域可視化，畫成序列l(wèi)ogo等這樣的圖片。 問26：TF的結(jié)合能力的不同，也可視為一種表達調(diào)控嗎？ 答：結(jié)合能力只是結(jié)合的一部分，還要涉及到很多因素，如轉(zhuǎn)錄因子的表達量。表達量越高，調(diào)控的強度越大，還有轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控受到很多伴侶分子、其他跟它共調(diào)控的轉(zhuǎn)錄因子的作用。所以，轉(zhuǎn)錄調(diào)控不是單一由結(jié)合能力來決定的，還有其他一些干擾。TF本身也不是單獨發(fā)揮作用的，還有分子伴侶等的協(xié)助過程，這就是屬于一種共調(diào)控的過程。
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