測(cè)序公司發(fā)送的測(cè)序結(jié)果一般有一個(gè)峰圖文件和一個(gè)序列文件，峰圖文件為abi格式，可用chromas軟件打開(kāi)。四種顏色的波形代表四種堿基的信號(hào)強(qiáng)度。 正常的峰圖，波峰與波谷清晰，峰與峰之間的距離均勻， 比較理想的測(cè)序結(jié)果在底部應(yīng)該沒(méi)有雜峰干擾。

測(cè)序結(jié)果的前幾十bp的數(shù)據(jù)不太可靠，在拼接序列或序列比對(duì)時(shí)需要先去除這部分，以免影響分析結(jié)果。

測(cè)序公司給出的峰圖在超過(guò)800bp后的各種波之間會(huì)有重疊，波峰有鈍化現(xiàn)象，堿基與堿基間的距離有時(shí)突然加大，這些現(xiàn)象都會(huì)影響結(jié)果的準(zhǔn)確性，只能做為參考。所以說(shuō)800bp左右是比較有效片段。

測(cè)序拿到的峰圖可能并不會(huì)是理想的單一峰，會(huì)出現(xiàn)各種不同類(lèi)型的峰圖，下面就讓我們一起來(lái)了解一些常見(jiàn)的峰圖產(chǎn)生的原因及解決方法。

1、雙克隆

現(xiàn)象:前半部分峰圖單一，后邊片段出現(xiàn)套峰。

原因:PCR產(chǎn)物不純;挑克隆時(shí)，兩個(gè)不同的菌落混在一起。對(duì)策:重新挑單克隆。

2、重疊峰

現(xiàn)象:從一開(kāi)始就出現(xiàn)兩套峰，每個(gè)峰下面都有其他顏色的雜峰。原因:PCR主帶與雜帶混在一起測(cè)序，有非特異的PCR產(chǎn)物;模板有兩個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn)，同時(shí)與引物結(jié)合。對(duì)策:膠回收，重新測(cè)序;重合測(cè)序引物。

3、引物二聚體

現(xiàn)象:前面噪音高，后面正常。

原因:引物二聚體未去除干凈。

對(duì)策:割膠純化。

4、 引物模板不純

現(xiàn)象:整個(gè)峰圖噪音都比較高。引物不純會(huì)造成移碼現(xiàn)象，該種現(xiàn)象與模板不純?cè)诜鍒D都表現(xiàn)為背景峰較雜，引物不純?cè)诜鍒D上表現(xiàn)的更有規(guī)律，一般在每一個(gè)主峰前都有一個(gè)同一堿基的小峰。

原因:引物(模板)純度太低，含有較多雜質(zhì)。

對(duì)策:重新合成引物或使用PAGE純化的測(cè)序引物。

另外還有一些常見(jiàn)的酒精峰、染料峰、釘子峰、堿基缺失以及某些特殊結(jié)構(gòu)的峰圖，這些我們下篇再說(shuō)。