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RNAseq抓拍到了基因組暗物質(zhì)活性與精神疾病之間的聯(lián)系

 周婷111 2019-10-17

多巴胺神經(jīng)元位于中腦,但它卷須狀的軸突可以分支到更深的皮質(zhì)區(qū),影響我們的運(yùn)動(dòng)和感覺。

《Nature Neuroscience》雜志發(fā)表了一項(xiàng)來自哈佛醫(yī)學(xué)院和Brigham和婦女醫(yī)院的研究成果,他們編目了超過70000種可以激活腦細(xì)胞的新元素。研究方法包括,激光捕獲RNA-seq,該技術(shù)涉及利用激光從人腦組織切片中剪切出多巴胺神經(jīng)元,新的遺傳證據(jù)顯示,這些特異細(xì)胞在帕金森、精神分裂癥等各種疾病中具有深遠(yuǎn)影響。

我們發(fā)現(xiàn),人類基因組中高達(dá)64%(絕大多數(shù))不編碼蛋白質(zhì),這些被稱為暗物質(zhì)的DNA在人類大腦多巴胺神經(jīng)元中表達(dá),”神經(jīng)學(xué)家和基因組學(xué)家Clemens Scherzer說?!斑@些關(guān)鍵而特異的細(xì)胞在帕金森癥中工作緩慢,在精神分裂癥中可能過度活躍?!?/p>

為了研究這種細(xì)胞工作的分子基礎(chǔ),Scherzer團(tuán)隊(duì)開發(fā)了激光捕獲RNA測(cè)序技術(shù)(laser-capture RNAseq),先從大腦中精確地分離出多巴胺能神經(jīng)元,再對(duì)這些人腦細(xì)胞進(jìn)行超深度RNA測(cè)序。

他們從86例尸檢大腦樣本中提取了40000多個(gè)多巴胺神經(jīng)元,重點(diǎn)關(guān)注它們的蛋白質(zhì)生產(chǎn)信使RNA,課題組成員試圖對(duì)細(xì)胞中全部RNA內(nèi)容物進(jìn)行分類。

在這項(xiàng)研究中,他們發(fā)現(xiàn)了71022個(gè)發(fā)生轉(zhuǎn)錄的非編碼元件(transcribed noncoding elements,TNEs),其中許多是活躍的增強(qiáng)子,充當(dāng)大腦數(shù)十億個(gè)神經(jīng)元開啟特殊功能的調(diào)節(jié)開關(guān)。新挖掘的許多TNEs都是以前從未在大腦中描述過的,Scherzer與英國的同事在臨床前模型中測(cè)試了幾個(gè)新TNEs,提供了它們?cè)诖竽X發(fā)育過程中是活躍的證據(jù)。

Scherzer和本文第一作者華人學(xué)者、Ann Romne 研究中心課題組組長(zhǎng)Xianjun Dong博士最初只是想找到多巴胺神經(jīng)元與帕金森癥之間的聯(lián)系,結(jié)果卻發(fā)現(xiàn)許多這些元件的基因變異與精神分裂癥、成癮等其他神經(jīng)精神疾病有關(guān)的線索,意外豐富了這些疾病的內(nèi)在機(jī)理方面的知識(shí)點(diǎn)。

“這項(xiàng)工作表明,多巴胺神經(jīng)元的活躍的非編碼RNA存在疾病關(guān)聯(lián)風(fēng)險(xiǎn),”Scherzer說?!盎谶@種聯(lián)系,我們猜測(cè),遺傳變異可能對(duì)多巴胺腦細(xì)胞的基因開合具有影響?!?/p>

研究小組制作了一個(gè)公開的多巴胺神經(jīng)元RNA百科全書,以便其他研究學(xué)者可以通過http://www. 查找任何用于帕金森和精神疾病的生物標(biāo)志物以及藥物相關(guān)編碼蛋白或非編碼靶點(diǎn)。

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