蛋白質(zhì)的旋光性是由其氨基酸組分的不對稱因素和立體結(jié)構(gòu)的不對稱因素一起決定的。α-螺旋是一種不對稱的結(jié)構(gòu),所以具有旋光能力。天然α-螺旋一般會(huì)使偏振光的偏振面向右旋轉(zhuǎn)。所以α-螺旋的含量對蛋白質(zhì)整體的旋光性是有影響的,可以通過測量蛋白質(zhì)的旋光性變化來分析α-螺旋含量的改變。不過由于氨基酸組成對整體旋光性的影響難以區(qū)分,所以應(yīng)用有限。 ![]() α-螺旋是一種不對稱結(jié)構(gòu),引自百度圖片 α-螺旋結(jié)構(gòu)還有一個(gè)特性,就是對左、右旋圓偏振光的吸收率不同,稱為圓二色性吸收,簡稱圓二色性(Circular dichroism,CD)。因?yàn)榘被岵]有圓二色性現(xiàn)象,所以圓二色性光譜更適于二級結(jié)構(gòu)分析。一般來說,蛋白質(zhì)在遠(yuǎn)紫外區(qū)(180-250 nm)的CD光譜可以反映其二級結(jié)構(gòu)特征,常用來研究蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)組成和動(dòng)態(tài)變化,比如蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類型分析、蛋白質(zhì)折疊研究、蛋白質(zhì)與其它物質(zhì)相互作用等多種方面。 ![]() 圓二色性譜圖,引自 光譜學(xué)與光譜分析 2009 α-螺旋是重要的二級結(jié)構(gòu)單元,是構(gòu)成蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)之一,對于蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與功能十分重要。α-螺旋結(jié)構(gòu)具有一定的剛性,對于一些蛋白質(zhì)的整體構(gòu)象起著支撐作用。在毛發(fā)中,很多條α-螺旋有組織、有層次地平行排列,構(gòu)成柔韌的纖維結(jié)構(gòu)。在肌紅蛋白中,由8段α-螺旋構(gòu)成一個(gè)球狀結(jié)構(gòu),同時(shí)為血紅素輔基構(gòu)建一個(gè)疏水洞穴,而將大部分親水基團(tuán)分布在蛋白表面。 ![]() 肌紅蛋白由8段α-螺旋構(gòu)成一個(gè)球狀結(jié)構(gòu) 一條肽鏈能否形成α螺旋,以及螺旋的穩(wěn)定性怎樣,主要由其一級結(jié)構(gòu)決定。脯氨酸由于其亞氨基少一個(gè)氫原子,無法形成氫鍵,而且Cα-N鍵不能旋轉(zhuǎn),所以是α螺旋的破壞者,肽鏈中出現(xiàn)脯氨酸會(huì)使α螺旋中斷。甘氨酸由于側(cè)鏈太小,構(gòu)象不穩(wěn)定,也是α螺旋的破壞者。此外,側(cè)鏈帶電荷及側(cè)鏈基團(tuán)過大的氨基酸容易造成排斥,不易形成α螺旋。 根據(jù)各種殘基的特性,可以預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)。具體的預(yù)測方法有很多,都是根據(jù)統(tǒng)計(jì)信息進(jìn)行預(yù)測的。其中Chou-Fasman法比較直觀,與二級結(jié)構(gòu)形成的實(shí)際過程接近,也是唯一可以手工預(yù)測的方法。這里簡單介紹一下,目的是讓大家對α-螺旋的形成過程有所了解。 Chou-Fasman法根據(jù)各個(gè)氨基酸在一些已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)中的表現(xiàn),按構(gòu)象參數(shù)Pα(表示形成α螺旋的能力) 由大到小將他們分為六組,依次為:
如肽鏈中6個(gè)連續(xù)的殘基中有4個(gè)hα即可形成核心,然后向兩側(cè)延伸,遇到四肽破壞者時(shí)中止。形成α螺旋時(shí)有協(xié)同性,即一旦形成核心,其它殘基就容易加入。 |
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