森林圖之初體驗

最近小編在瀏覽文獻的時候多次看到了森林圖，心心念念想著怎樣可以畫出來，下面將繪制森林圖的兩種方法推薦給大家。

對于繪制森林圖，我們需要準備的文件大體如下，主要包含基因名、p值、HR值和置信區(qū)間幾個部分。

方法一：forestplot包

#相關R包加載

library(forestplot)

#數(shù)據(jù)處理

sample<>

tabletext1<>

tabletext2<>

tabletext3<>

tabletext4<>

tabletext5<>

tabletext<>

#繪制森林圖

forestplot(labeltext=tabletext, #文本信息

???????????mean = round(sample[,3],3),##HR值

???????????lower = round(sample[,4],2),##95%置信區(qū)間

???????????upper = round(sample[,5],2),#95%置信區(qū)間

???????????boxsize = 0.8,##大小

???????????graph.pos=3,#圖在表中的列位置

???????????graphwidth = unit(0.4,'npc'),#圖在表中的寬度比例

???????????fn.ci_norm='fpDrawDiamondCI',#box類型選擇鉆石,可以更改fpDrawNormalCI；fpDrawCircleCI等

???????????col=fpColors(box='steelblue', lines='black', zero = 'black'),#顏色設置

???????????lwd.ci=2,ci.vertices.height = 0.1,ci.vertices=TRUE,#置信區(qū)間用線寬、高、型

???????????zero=1,#zero線橫坐標

???????????lwd.zero=2,#zero線寬

???????????grid=T,

???????????lwd.xaxis=2,#X軸線寬

???????????title='Hazard Ratio',

???????????xlab='',#X軸標題

???????????clip=c(-Inf,3),#邊界

???????????colgap = unit(0.5,'cm'),#列間隙

???????????new_page = TRUE#是否新頁

)

最終我們將得到下面形式的森林圖

除了上面這樣形式的森林圖，小編在瀏覽文獻中更多的看到的是這樣的森林圖，

這樣的森林圖看上去更像是通過ggplot2包調整繪制的，于是小編進行了第二種森林圖繪制方式的嘗試。

方法二：ggplot2包

##加載相關R包

library(ggplot2)

#數(shù)據(jù)處理

sample<>

sample[,2]<>

sample[,3]<>

sample[,4]<>

sample[,5]<>

#繪制森林圖

ggplot(sample,aes(x=HR,y=gene.symbol,color=P.value))+

??geom_errorbarh(aes(xmax=High.95.CI,xmin=Low.95.CI),color='black',height=0,size=0.8)+#加線

??geom_point(aes(x=HR,y=gene.symbol),size=4,shape=18)+###點

??geom_vline(xintercept=1,linetype='dashed',size=1.2)+##垂直線

??scale_x_continuous(breaks=c(0,0.5,1,1.5,2,2.5,3.0))+

??scale_y_discrete(labels=c(as.character(sample[,1])))+

??coord_trans(x='log2')+

??scale_color_continuous(low='dodgerblue4',high='lightskyblue')+

??ylab('Gene')+xlab('Hazard ratios')+

??labs(color='P value',title='')+

??theme(panel.grid.major =element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),panel.background = element_blank(),axis.line = element_line(colour = 'black'))+ ?

??theme(axis.text=element_text(colour='black',size=14))+ ?

??theme(legend.text=element_text(size=14))+

??theme(legend.title=element_text(size=15))+

??theme(axis.title=element_text(colour='black',size=14))

最終我們將得到下面形式的森林圖

?這就是小編對于森林圖的初步探索，更多細節(jié)美化部分還需要大家多多建議呀~