CNV-seq技術(shù)應(yīng)用于產(chǎn)前診斷的國(guó)內(nèi)專家共識(shí)出臺(tái)，為新技術(shù)的臨床和實(shí)驗(yàn)室規(guī)范利用提供了可遵循的指南。作為CNV檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)，CMA技術(shù)已在臨床應(yīng)用多年，已形成相對(duì)成熟的體系?，F(xiàn)階段，很多臨床大夫面臨一個(gè)困惑，面對(duì)不同的技術(shù)，臨床應(yīng)用時(shí)究竟應(yīng)該如何選擇才好？

為了更好的讓臨床醫(yī)生與實(shí)驗(yàn)室技術(shù)人員了解這些技術(shù)的優(yōu)勢(shì)及不足，廣東省產(chǎn)前遺傳學(xué)數(shù)據(jù)分析及報(bào)告規(guī)范化聯(lián)盟于2019年6月15日在廣州舉辦的第三屆年度沙龍上就兩種技術(shù)的臨床應(yīng)用展開了辯論。小彩虹醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)者會(huì)成員李東至主任、劉維強(qiáng)博士、韓瑾博士、李茹博士、唐佳博士等參加了此次沙龍辯論。期間，美國(guó)哈佛醫(yī)學(xué)院波士頓兒童醫(yī)院的沈亦平教授還通過現(xiàn)場(chǎng)連線就NGS技術(shù)的規(guī)范應(yīng)用作了詳細(xì)的闡述并回答了參會(huì)者的提問。

正方觀點(diǎn)：CNV-seq可能更適合作為一線產(chǎn)前診斷技術(shù)。

• CNV-seq具有全基因組均勻覆蓋的優(yōu)點(diǎn)，可檢測(cè)大于100Kb的CNV,而CMA因?yàn)樘结樃采w有限，部分CNV可能無(wú)法檢出。

• CNV-seq具有高通量的優(yōu)點(diǎn)，一次上機(jī)可檢測(cè)超過80份標(biāo)本。CMA則是一個(gè)樣本一張芯片或6-8個(gè)標(biāo)本一張芯片。

• CNV-seq操作簡(jiǎn)單，PCR-free建庫(kù)可減少擴(kuò)增偏好性，且其對(duì)樣本量要求低，低至10ng的DNA樣本都可檢測(cè)。

• CNV-seq在低比例嵌合的檢測(cè)效能更好，可檢出10%左右的嵌合，CMA對(duì)小于30%的嵌合則不準(zhǔn)確。

• CNV-seq平臺(tái)兼容性好，可與NIPT同時(shí)上機(jī)。

• CNV-seq結(jié)合STR也檢測(cè)異倍體。

• CNV-seq技術(shù)拓展性強(qiáng)，符合時(shí)代發(fā)展。

反方觀點(diǎn)：現(xiàn)階段產(chǎn)前應(yīng)用仍建議選擇CMA

技術(shù)革新是趨勢(shì)，我們不否認(rèn)全基因組測(cè)序會(huì)極大地促進(jìn)檢測(cè)技術(shù)的發(fā)展，能發(fā)現(xiàn)更多的變異，但現(xiàn)階段由致病性CNV所致的微缺失和微重復(fù)綜合征通過CMA基本都可檢出，并且國(guó)內(nèi)外權(quán)威組織均就CMA產(chǎn)前產(chǎn)后臨床應(yīng)用發(fā)表了指南，對(duì)CMA技術(shù)的應(yīng)用細(xì)節(jié)作了詳細(xì)的闡述。從總體效能上，CMA并不輸給CNV-seq，因此目前階段，CMA仍不失為一個(gè)優(yōu)秀的遺傳學(xué)產(chǎn)前診斷一線方法之一。

• CNV-seq臨床應(yīng)用前仍有許多細(xì)節(jié)需要明確，產(chǎn)前大規(guī)模推廣仍需大樣本量的效能驗(yàn)證，一些關(guān)鍵指標(biāo)如測(cè)序深度、致病性小片段CNV的PPV/NPV等需要明確。

• CNV-seq檢測(cè)范圍雖擴(kuò)大，但帶來了更多的VOUS和意外發(fā)現(xiàn)，提供太多超出目前醫(yī)學(xué)知識(shí)范圍能解釋的變異對(duì)臨床醫(yī)生及家屬不是一件好的事情。

• 現(xiàn)階段CMA仍是CNV檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)，其SNP探針除了對(duì)CNV信號(hào)進(jìn)行再次驗(yàn)證，還能提供UPD/AOH信號(hào)，避免一些重要疾病的漏檢。經(jīng)驗(yàn)較好的實(shí)驗(yàn)室，通過SNP信號(hào)能發(fā)現(xiàn)10%的嵌合。

• CMA通過技術(shù)革新，比如外顯子芯片的發(fā)展，使CMA仍具有較好的應(yīng)用價(jià)值。

• 我們認(rèn)為，目前階段在技術(shù)層面上二者效能差不多。產(chǎn)前應(yīng)用更應(yīng)關(guān)注對(duì)檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確解讀及遺傳咨詢。

集體辯論環(huán)節(jié)

發(fā)言者一：

1、對(duì)于嵌合體，通過回顧我們中心的數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)CMA其實(shí)在各方面的均優(yōu)于CNV-seq，大于10%嵌合體可常規(guī)檢出。

2、在檢測(cè)通量上CMA也不是問題，對(duì)于一個(gè)月羊水量80例的產(chǎn)診中心，雖然一張芯片單次上8個(gè)樣本，但可同時(shí)做10張芯片。

3、效能驗(yàn)證上，我們醫(yī)院做了羊水樣本CMA和CNV-seq的平行比較，由于CMA采用的是高密度的SNP芯片，比對(duì)大數(shù)據(jù)顯示在100-400k，其檢出率要比0.25X CNV-seq好。

4、我們認(rèn)為，我們追求的是SNV CNV同時(shí)出結(jié)果，也就是WES和CNV-seq兩種技術(shù)的共同整合，花更少的錢達(dá)到更高的效益，為患者提高更高的服務(wù)平臺(tái)。

5、單從技術(shù)討論，二者旗鼓相當(dāng)，只是目前CMA用于羊水臨床檢測(cè)更穩(wěn)定，CNV-seq雖然也能做到，但我們也沒有停止CMA檢測(cè)，以防萬(wàn)一，畢竟是產(chǎn)前的樣本需謹(jǐn)慎。

發(fā)言者二：

1、檢出的位點(diǎn)并不是越多越好，有些變異位點(diǎn)并不明確，患者無(wú)臨床表型，外顯率低，對(duì)臨床醫(yī)生而言遺傳咨詢難度高。

2、并不是所有突變都導(dǎo)致非常不利的結(jié)果，并不是所有患兒都適合上WES或WGS。十幾年的臨床經(jīng)驗(yàn)告訴我們，即使攜帶有致病性的變異，針對(duì)性臨床管理，生存質(zhì)量和壽命的影響是可控范圍。

3、單基因病8000多種，目前認(rèn)知有限，發(fā)生罕見導(dǎo)致臨床經(jīng)驗(yàn)有限，基于人群的變異頻率差異性可能較大，給患者做遺傳咨詢是非常挑戰(zhàn)的。

發(fā)言者三：

1、我們承認(rèn)不是技術(shù)越新越好，舊的技術(shù)就一定會(huì)被淘汰。技術(shù)使用有針對(duì)性，我認(rèn)可CNV-seq的優(yōu)勢(shì)，也承認(rèn)UPD這塊檢測(cè)確實(shí)不如CMA，客觀存在無(wú)需回避。

2、檢測(cè)出來的信息量越多，給家屬選擇更多，前提是遺傳咨詢要專業(yè)，并不在于檢出什么東西，重點(diǎn)是遺傳咨詢。

發(fā)言者四：

CNV-seq共識(shí)領(lǐng)先美國(guó)發(fā)布，可能是技術(shù)、數(shù)據(jù)、商業(yè)共同促進(jìn)結(jié)果。兩種技術(shù)是不同方法學(xué)的工具，使用哪一種技術(shù)主要看如何選擇。從臨床角度，做產(chǎn)前診斷如果想檢查CNV、UPD、LOH，建議CMA；如果能容忍以上的漏檢，可以選擇CNV-seq。

現(xiàn)場(chǎng)投票：50人投票，33票CMA，17票CNV-seq

本次辯論雙方申明沒有利益沖突，所持立場(chǎng)僅為學(xué)術(shù)討論，觀點(diǎn)僅代表個(gè)人當(dāng)下觀點(diǎn)。需要強(qiáng)調(diào)的是辯論的目的不是否定某一技術(shù)，而是促進(jìn)技術(shù)規(guī)范應(yīng)用，對(duì)不同技術(shù)全面了解，從而更好地服務(wù)于臨床。 

小彩虹評(píng)述：

關(guān)于CNV-seq和CMA比較的辯論很好也很有必要。CMA是有十幾年臨床應(yīng)用歷史的成熟平臺(tái)，但她是一個(gè)“封閉closed”平臺(tái)；CNV-Seq是基于NGS的新興技術(shù)，是一個(gè)“開放open”平臺(tái)，這一技術(shù)可想而知會(huì)在今后的時(shí)間里不斷完善。這次的辯論針對(duì)現(xiàn)在的CNV-seq這款臨床CNV檢測(cè)項(xiàng)目與臨床常用的CMA平臺(tái)進(jìn)行比較，任何觀點(diǎn)具有時(shí)效性，對(duì)每一個(gè)觀點(diǎn)都需要通過表面的現(xiàn)象，剖析其真實(shí)的意義：

1.  全基因組均勻覆蓋：

CNV-seq是基于二代測(cè)序檢測(cè)CNV的技術(shù)，所以全基因組均勻覆蓋是技術(shù)平臺(tái)的特點(diǎn)，均勻覆蓋這個(gè)特點(diǎn)對(duì)SNV的檢出是個(gè)優(yōu)勢(shì)，但這個(gè)特點(diǎn)并不見得是CNV檢測(cè)的優(yōu)勢(shì)。我們知道基因組與疾病的關(guān)系是非均一的，基因組的某些區(qū)域與遺傳疾病的關(guān)系密切，有些區(qū)域則可以是已知的多態(tài)?，F(xiàn)在的CMA芯片設(shè)計(jì)刻意回避基因組中CNV多態(tài)區(qū)域，重復(fù)及假基因區(qū)域，而對(duì)致病基因，特別是常以CNV為致病變異的基因通過特意增加探針密度以檢出更小的CNV。所以CMA探針分布的非均一性是優(yōu)勢(shì)而不是劣勢(shì)。相反，CNV-seq的均勻覆蓋，能檢出很多沒有臨床意義的CNV，增加了分析的負(fù)擔(dān)和假陽(yáng)性的可能性。當(dāng)然假陽(yáng)性的問題可以通過CNV過濾來把控。

2.檢測(cè)靈敏度

利用CMA檢測(cè)10kb甚至更小的CNV是可能的，也是可信的。而目前CNV-seq的檢測(cè)敏感性在100K左右。在CNV的準(zhǔn)確性上，由于經(jīng)驗(yàn)數(shù)據(jù)的積累，我們對(duì)大多數(shù)CMA檢出的CNV已不需驗(yàn)證，而目前我們對(duì)CNV-seq的可信性還沒有足夠的把握。另外CMA因?yàn)槭褂?span lang='EN-US'>SNP探針，可以檢測(cè)UPD，AOH及多倍體，目前CNV-seq沒有能力檢測(cè)這些重要的變異，需結(jié)合STR探針實(shí)驗(yàn)彌補(bǔ)。

3.操作通量

CNV-seq應(yīng)該會(huì)有更高的檢測(cè)通量，但目前CMA的通量可達(dá)200樣本/人/周，而CNV-seq卻達(dá)不到這個(gè)通量，還需要更多的人員投入，所以CNV-seq的高通量還有待在實(shí)驗(yàn)室的常規(guī)操作中實(shí)現(xiàn)。

4.嵌合體檢測(cè)

CMA和CNV-seq都能檢測(cè)低比例嵌合（如10%）。實(shí)際上，CMA可檢出更低的嵌合體，但一般實(shí)驗(yàn)室不選擇報(bào)告低水平的嵌合。

5.CNV-seq和CMA都面臨遺傳咨詢的挑戰(zhàn)

無(wú)論目前哪種技術(shù)，技術(shù)的發(fā)展都超越臨床醫(yī)學(xué)的發(fā)展，面對(duì)產(chǎn)前診斷檢出的臨床意義不明的CNV,以及外顯率尚不明確的CNV，無(wú)論使用哪個(gè)技術(shù)平臺(tái)，遺傳咨詢都有難度。

二代測(cè)序技術(shù)（NGS）因其靈活性和高靈敏度等特點(diǎn)將是未來檢測(cè)CNV的發(fā)展方向，考慮到覆蓋深度與成本的相關(guān)性，該技術(shù)開發(fā)的產(chǎn)品用于臨床產(chǎn)前診斷并替代CMA技術(shù)，需要更多的驗(yàn)證和完善相關(guān)的分析流程，另外需要我們對(duì)全基因組范圍產(chǎn)生的CNV有更加全面的認(rèn)識(shí)。

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