解螺旋公眾號(hào)·陪伴你科研的第1884天

DAVID 作為一個(gè)基因功能在線注釋網(wǎng)站知名度還是很高的，但是筆者也不得不吐槽它的更新速度，現(xiàn)在已經(jīng)是9102年了，上一次DAVID更新還是2016年10月，還是因?yàn)橛腥嗽凇禢ature Method》上發(fā)文正面懟了才更新的。

另外KEGG自2012就不再提供免費(fèi)下載了。在這個(gè)生物信息日新月異的時(shí)代，使用3年的前的注釋信息對手中的結(jié)果進(jìn)行注釋，筆者表示瑟瑟發(fā)抖。

今天筆者就給大家介紹一款功能強(qiáng)大，注釋信息全面且更新及時(shí)的優(yōu)秀國產(chǎn)富集工具：KOBAS 3.0（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/index.php）。該工具是出自北京大學(xué)魏麗萍教授團(tuán)隊(duì)。

網(wǎng)站首頁功能介紹如下：

1. 基因注釋功能使用介紹如下：

點(diǎn)擊Pathway的details，結(jié)果如下：

點(diǎn)擊Disease的details,結(jié)果如下：

點(diǎn)擊GO的details，結(jié)果如下：

2. 使用Gene-list Enrichment功能時(shí)，只需要提交1. Gene list；2. Gene list類型；3. 物種名稱；4. 選擇數(shù)據(jù)庫。然后就可以拿到你的結(jié)果！

3. 使用基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行富集時(shí)，只需要提交基因表達(dá)數(shù)據(jù)文件和樣本分組信息，然后設(shè)置數(shù)據(jù)類型和數(shù)據(jù)庫，就可以“Run”。

我們以Demo數(shù)據(jù)為例，Run完后，就會(huì)跳出下載框。

下載結(jié)果文件就可以查看你的富集結(jié)果啦！

另外，KOBAS還提供本地版的分析軟件哦，下拉還可以找到基因集信息！

最后，不同基因名類型之間的轉(zhuǎn)換，可以使用在線工具“gprofiler”

http://biit.cs./gprofiler/convert

祝大家都有好的結(jié)果！

—END—

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