什么是火山圖火山圖（Volcano Plot）在一張圖中顯示了兩個重要的指標(biāo)（Fold change/pvalue），可以非常直觀且合理地篩選出在兩樣本間發(fā)生差異表達(dá)的基因。檢驗(yàn)分析出兩樣本間顯著差異表達(dá)的基因后，以log2（fold change）為橫坐標(biāo)，以T檢驗(yàn)顯著性檢驗(yàn)P值的負(fù)對數(shù)-log10（pvalue）為縱坐標(biāo)，即可得火山圖（Volcano Plot）。 這里有兩個重要概念需要了解： FDR：在差異表達(dá)分析過程中，采用Benjamini-Hochberg方法對原有假設(shè)檢驗(yàn)得到的顯著性p值（p-value）進(jìn)行校正，并最終采用校正后的p值，即FDR（False Discovery Rate）。
FC（Fold Change）：兩樣品（組）間表達(dá)量的比值。
繪制火山圖我們使用R語言中的ggplot2包來繪制火山圖。首先加載R包及示例數(shù)據(jù)。 library('ggplot2')
head(temp1,10)
-log10FDR logFC Regulate
64170 1.971938 -2.2884388 Down
6674 1.864104 -1.2460804 Down
7401 1.864104 1.2950939 Up
57217 1.864104 -1.2676311 Down
50613 1.801074 1.6640064 Up
3433 1.801074 4.2696415 Up
54830 1.801074 -1.9012811 Down
54886 1.801074 -1.5446208 Down
6355 1.801074 1.4273926 Up
338324 1.801074 0.9592775 Normal
其中行名為GeneID，第一列為-log10FDR，第二列為log2FC，第三列為上下調(diào)信息。 將第三列設(shè)置為有序因子，方便后續(xù)圖片顏色設(shè)置。 temp1$Regulate=factor(temp1$Regulate, levels=c('Up','Down','Normal'), order=T)
繪制成點(diǎn)圖： P_volcano=ggplot(temp1,aes(x=temp1$logFC,y=temp1[,'-log10FDR']))+
geom_point(aes(color=temp1$Regulate))+
#設(shè)置點(diǎn)的顏色
scale_color_manual(values =c('Up' = 'red', 'Down' = 'blue', 'Normal' = 'grey'))+
labs(x='log2FC',y='-log10FDR')+
#增加閾值線:分別對應(yīng)FDR=0.05,|log2FC|=1
geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype=4)+
geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)+
xlim(-5,5)+
theme(plot.title = element_text(size = 25,face = 'bold', vjust = 0.5, hjust = 0.5),
legend.title = element_blank(),
legend.text = element_text(size = 18, face = 'bold'),
legend.position = 'right',
legend.key.size=unit(0.8,'cm'),
axis.ticks.x=element_blank(),
axis.text.x=element_text(size = 15,face = 'bold', vjust = 0.5, hjust = 0.5),
axis.text.y=element_text(size = 15,face = 'bold', vjust = 0.5, hjust = 0.5),
axis.title.x = element_text(size = 20,face = 'bold', vjust = 0.5, hjust = 0.5),
axis.title.y = element_text(size = 20,face = 'bold', vjust = 0.5, hjust = 0.5),
panel.background = element_rect(fill = 'transparent',colour = 'black'),
panel.grid.minor = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(),
plot.background = element_rect(fill = 'transparent',colour = 'black'))
P_volcano
結(jié)果圖如下： 
會生信，畫圖很簡單！想學(xué)的可以參考我們的作圖課程《R語言繪圖基礎(chǔ)（ggplot2）》，該課程直接從生物數(shù)據(jù)案例入手，手把手教你掌握ggplot2繪圖基礎(chǔ)，從簡單的柱狀圖開始，一步一步深入，實(shí)現(xiàn)R語言繪圖技能的提高，幫你輕松做美圖更好發(fā)文章！
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