1661年8月12日，永歷皇帝一大家子人全部被軟禁，所有大臣和侍從都被殺光了。這是因?yàn)榫挼橥跬蝗粚λl(fā)起攻擊這次絞殺派遣了三千士兵，史稱“咒水之難”。

1662年左右，吳三桂帶領(lǐng)滿漢大軍直逼緬甸的阿瓦，緬甸國王得知此消息慌忙不已，在得知吳三桂此行的目的是為了永歷皇帝時(shí)。趕緊去弄了轎讓人把永歷抬走，生怕吳三桂倒戈相向，兵馬屠城。

有清代人記載了永歷跟吳三桂這唯一的一次見面。

當(dāng)時(shí)吳三桂接到了永歷皇帝后，心里欣喜不已，自己終于手握了大權(quán)。但是當(dāng)時(shí)又沒想到如何處理。于是就把永歷帝安排在旅館里。永歷皇帝心里忐忑不安難以入眠，就這樣過了漫長的一夜。第二天天蒙蒙亮，吳三桂就特別驕傲的來覲見永歷皇帝，但是他并沒有行跪拜之禮，就是輕飄飄的打了個(gè)揖。

永樂帝心里覺得奇怪，就算自己現(xiàn)在已經(jīng)是亡國之君，好歹也還是漢人的君主。這人見到自己怎么不行跪拜之禮。于是便問他是誰。吳三桂假裝聽不懂。永歷皇帝問了三次他才回答自己的名字。永歷帝一聽不得了，這是引清兵入關(guān)的反賊啊，于是連連發(fā)問。

“你不是漢人嗎？你難道不是我大明的臣子嗎，你怎么能當(dāng)叛國賊辜負(fù)我？你自己摸摸自己的良心還在嗎？”聽了這幾句話，吳三桂像個(gè)死人一樣跪倒在地上，臉色鐵青，汗流浹背。那之后，吳三桂再也不敢去見永歷皇帝了。

沒過多久吳三桂就把永歷皇帝帶到了昆明，昆明城中都是些善良的百姓。見到曾經(jīng)的天子蒙此大辱，都哭了起來。永歷皇帝看了心里也是十分難過，但自己作為階下之囚也毫無辦法。

按照正常流程，應(yīng)該把永歷皇帝帶到北京給清廷處理才對，但是吳三桂這個(gè)人天生多疑，生怕路上出現(xiàn)意外。永歷皇帝也知道自己命不久矣，果然沒過多久。吳三桂向清廷上表請求就地處死永歷帝，說自己擔(dān)心路途遙遠(yuǎn)的出現(xiàn)點(diǎn)啥意外，清廷也同意了。

1662年4月25日，吳三桂處決了朱由榔父子二人。

在處決的時(shí)候，吳三桂這個(gè)心地殘忍的人想用砍頭的方法來結(jié)束他們的生命，滿族將領(lǐng)在此時(shí)發(fā)表了反對意見。定西將軍安南將軍都不支持他這么做。說他死就死了，但是畢竟是中國的君主，如果死了都沒有全尸，也不好。建議給永歷皇帝留個(gè)全尸讓他自盡。

吳三桂只好同意了這個(gè)建議，讓士兵把朱由榔父子運(yùn)到一個(gè)山上，還命令士兵拿出弓弦，活生生的他們絞死了。絞死之后也沒有埋，而是用柴火架起來燒了。怕清廷不相信永歷帝死了，還讓人撿了骨頭拿回去佐證。剩下的骨骸被云南的老百姓發(fā)現(xiàn)。然后偷偷的帶走了，后來就把這些遺骸埋葬到了太華山。

事情到這里，大明最后的一位天子就被用這么凄慘的方式結(jié)束了生命。永遠(yuǎn)的留在了這個(gè)不出名的小地方，永久的消失在了歷史的長河里。