1.性質(zhì)不同：基層紀委是一級紀檢機關(guān)，紀工委是派出機關(guān)；前者一般由黨員大會或黨代表大會選舉產(chǎn)生，后者由組織任命。

2.主要在派出和派駐的不同。概括而言，紀工委受本級黨工委和派出它的紀檢機關(guān)雙重領(lǐng)導(dǎo)，它的獨立性更強、監(jiān)督執(zhí)紀問責權(quán)利更大，這從兩者具體工作流程、工作權(quán)限等方面可以看出來。派駐紀檢組更多被視為紀檢機關(guān)自身的組成部分。

3.監(jiān)督側(cè)重點不同：以中央國家機關(guān)為例，派駐紀檢組重點監(jiān)督駐在部門領(lǐng)導(dǎo)班子及中管干部和司局級干部；中央國家紀工委負責審查中央國家機關(guān)基層黨組織及其負責人，處級及以下黨員干部違紀問題。