經(jīng)過(guò)十幾年的戰(zhàn)爭(zhēng)，清王朝終于將大順、大西兩大農(nóng)民軍與南明永歷政權(quán)的聯(lián)合抗清陣線鎮(zhèn)壓下去，取得了對(duì)湖南全境的統(tǒng)治。

然而，就在湖南轉(zhuǎn)向安定和發(fā)展之時(shí)，戰(zhàn)社禍又起。1673年（康熙十二年），盤踞云南的吳三桂悍然發(fā)動(dòng)叛亂，并迅速出兵云南進(jìn)入湘西，使三湘大地又陷入戰(zhàn)火之中。次年春，叛軍自湘西突人湘北、湘中地區(qū)，連陷常德、衡州、岳州。長(zhǎng)沙三面受敵，清偏沅巡撫盧震慌忙棄城而走，1674年3月，長(zhǎng)沙協(xié)副將黃正卿等以城投降，長(zhǎng)沙淪陷。吳三桂占領(lǐng)長(zhǎng)沙后，在此設(shè)置偽官，“開征偽餉”，派駐將領(lǐng)，分兵四處騷擾，居民逃散，“城市一空”。

是年7月，康熙帝命貝勒尚善為安遠(yuǎn)靖寇大將軍，與順承王勒爾錦分道進(jìn)兵湖南。1875年初，又以安親王岳樂從江西袁州西擊湖南。長(zhǎng)沙成為清軍與吳三桂叛軍激烈爭(zhēng)奪之地。次年，清軍收復(fù)醴陵、瀏陽(yáng)，進(jìn)攻長(zhǎng)沙。吳三桂急忙增兵防守，并親自趕來(lái)長(zhǎng)沙，屯駐于湘江西面岳麓山，指揮抵抗。清廷又從陜、豫2省調(diào)兵前來(lái)會(huì)戰(zhàn)，與吳三桂相持于長(zhǎng)沙，近一年之久。1677年春，清軍從北、東兩路夾攻，攻克長(zhǎng)沙，吳三桂逃往衡州。清朝恢復(fù)了在長(zhǎng)沙的統(tǒng)治，為平定吳三桂叛亂鋪平了道路。其后，吳三桂在衡州稱帝，但已成強(qiáng)弩之末。清軍以強(qiáng)大的陣容同時(shí)從湘北、湘中、湘南展開攻勢(shì)，叛軍節(jié)節(jié)告潰，終于在1680年夏季被超出湖南，次年在云南徹底失敗。清朝平定吳三桂叛亂的戰(zhàn)爭(zhēng)取得了最后勝利。

平定吳三桂叛亂，標(biāo)志清朝確立了對(duì)湖南的統(tǒng)治，長(zhǎng)沙又進(jìn)入了新的歷史時(shí)期。

清代前中期是長(zhǎng)沙古代歷史的終結(jié)之時(shí)，也是其歷史發(fā)展的一個(gè)極為重要的時(shí)期。這一時(shí)期，長(zhǎng)沙作為湖南政治、軍事、經(jīng)濟(jì)、文化中心的地位最終得以確立，其社會(huì)經(jīng)濟(jì)、文化又得到了很大的發(fā)展。

清朝初期沿襲并進(jìn)一步完善了明朝的政治軍事制度。在政治上仍實(shí)行省、府（州）、縣（州）三級(jí)制，但也作了不少重要的改變。原來(lái)明朝為用兵作戰(zhàn)而臨時(shí)設(shè)置的總督和巡撫改為常設(shè)，并兼轄軍事，成為省的最高軍政長(zhǎng)官，而原有的布政、按察兩司長(zhǎng)官則變?yōu)槠鋵賳T，分別主管一省的民政、財(cái)政和司法。省以下為府（直隸州、廳），府以下為縣（散州、廳）。為便于統(tǒng)治，將省以下的分守、兵備各道改為常設(shè)，作為省的派出機(jī)構(gòu)。

清初，湖南屬湖廣總督和湖廣布政使司，總督、布政使均駐武昌。1664年（康熙三年），清王朝以湖廣右布政使司駐長(zhǎng)沙，主管今湖南地區(qū)的民政和財(cái)政。同年，又將原駐節(jié)沅州的偏流巡撫移駐長(zhǎng)沙。至此，湖廣行省正式劃分為湖北、湖南兩省，湖南成為一個(gè)單獨(dú)的行政省。清前期著名“清官”趙申喬、潘宗洛等都任過(guò)偏沅巡撫。在他們?nèi)紊稀胺藏澸E枉法者，從不少貸”，并在疏請(qǐng)兩湖分闈、安撫苗民等方面有所建樹。1723年（雍正元年），清朝廷正式改湖廣右布政使司為湖南布政使司。次年又改偏流巡撫為湖南巡撫。

兩湖分治，是湖南也是長(zhǎng)沙政治歷史上的一個(gè)重要的政治事件。自元朝實(shí)行行省制以來(lái)的400多年中，兩湖一體屬于區(qū)域廣闊的湖廣行省，其最高長(zhǎng)官長(zhǎng)駐武昌，于行使政務(wù)多有不便。兩湖分治，使洞庭湖以西以南和五嶺以北的廣大地區(qū)，依自然地理形勢(shì)成為一個(gè)有機(jī)的行政整體，從而進(jìn)一步適應(yīng)了湖南社會(huì)經(jīng)濟(jì)文化的發(fā)展和社會(huì)的治理，對(duì)后來(lái)的歷史發(fā)展產(chǎn)生了重要的影響。

清代湖南行省以長(zhǎng)沙為治所，下轄長(zhǎng)沙、寶慶、岳州、常德、辰州、沅州、永順、衡州、永州等9府和澧州、靖州、郴州、桂陽(yáng)州等4直隸州，乾州、風(fēng)凰永綏、晃州、南洲等5直隸廳，共18個(gè)直屬行政區(qū)。其省、府（州、廳）之間設(shè)有長(zhǎng)寶、岳常澧、辰沅水靖、衡永郴桂等4道，長(zhǎng)沙屬長(zhǎng)寶道（轄長(zhǎng)沙、寶慶2府）。

兩湖分治，最終確立了長(zhǎng)沙在湖南全省的中心地位。湖南的最高軍政長(zhǎng)官湖南巡撫及其所轄的布政、按察兩使都駐節(jié)長(zhǎng)沙，今長(zhǎng)沙青少年宮即是湖南巡撫衙門舊址，今中共長(zhǎng)沙市委和市人民政府所在地為布政使司衙門，而今長(zhǎng)沙市公安局即是按察使司衙門故地，布政使司的派出機(jī)構(gòu)長(zhǎng)寶道治所也設(shè)于長(zhǎng)沙。千古名城長(zhǎng)沙充分地發(fā)揮了她作為全省軍政中心的重要作用。清后期光緒年間擔(dān)任湖南巡撫的卞寶第曾經(jīng)論說(shuō)：湖南之地“演迤延屬，周袤可三干余里，城邑屯戍以百計(jì)，績(jī)交棋布，錯(cuò)若犬牙，而以長(zhǎng)沙一郡為撫治，衛(wèi)內(nèi)則資乎衡、寶、岳、常，捍外則恃乎辰、沅、永、靖，居中控馭，遠(yuǎn)駕不勞，斯亦形勢(shì)之余勝也！”精辟地閘述了長(zhǎng)沙在湖南全省的重要地位。

清代的長(zhǎng)沙府，其行政區(qū)劃仍如明代，下轄12州縣，治所仍在長(zhǎng)沙城，與長(zhǎng)沙、善化2縣同城而治。

清代的軍事制度與明代有了很大的不同。清前中期，其軍隊(duì)主要由八旗兵和綠營(yíng)兵組成。其駐防湖南的為綠營(yíng)兵，最高一級(jí)稱“標(biāo)”，長(zhǎng)官為提督；標(biāo)下設(shè)“鎮(zhèn)”，長(zhǎng)官為總兵；鎮(zhèn)下設(shè)“協(xié)”，長(zhǎng)官為副將；協(xié)下設(shè)“營(yíng)”，長(zhǎng)官為參將、游擊、都司、守備。長(zhǎng)沙自1664年偏沅巡撫移駐之后，設(shè)有撫標(biāo)，下設(shè)左、中、右3營(yíng)共3千營(yíng)兵，后裁撤中營(yíng)，有兵1000余人。又設(shè)有長(zhǎng)沙協(xié)，以副將統(tǒng)帶，有兵1000余人。營(yíng)以下于各州縣要隘之處廣設(shè)“塘汛”，以千總、把總或外委帶領(lǐng)綠營(yíng)兵分關(guān)把守。當(dāng)時(shí)的長(zhǎng)沙府即有塘汛118處、兵404名。

作為湖南省會(huì)和全省的首善之區(qū)，清朝統(tǒng)治者對(duì)長(zhǎng)沙的軍事設(shè)施與布防十分重視。1654年（順治十一年），洪承疇統(tǒng)兵南下，曾拆除明吉王府城磚石，加固長(zhǎng)沙城垣，于是“城池崇屹，甲于他郡”。乾隆以后又多次修繕，“天心閣險(xiǎn)要為一城最”，下臨深池，左右設(shè)炮臺(tái)9座，固若金湯。

明末清初，湖南歷經(jīng)清兵南下征服戰(zhàn)爭(zhēng)和平定吳三桂叛亂之役，社會(huì)經(jīng)濟(jì)受到嚴(yán)重破壞。而長(zhǎng)沙處于湖湘首要，更為慘重。自吳三桂之亂平息到鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)前的近200年中，由于清政府采取與民休息的政策，吏治清明，因而社會(huì)政治比較穩(wěn)定，經(jīng)濟(jì)文化又有較大發(fā)展，呈現(xiàn)出“康乾盛世”的繁榮景象。