根據(jù)《財(cái)政部 稅務(wù)總局 海關(guān)總署關(guān)于深化增值稅改革有關(guān)政策的公告》（財(cái)政部 稅務(wù)總局 海關(guān)總署公告2019年第39號(hào)）第八條規(guī)定，“自2019年4月1日起，試行增值稅期末留抵稅額退稅制度。自此，增值稅留抵退稅行業(yè)范圍由裝備制造等先進(jìn)制造業(yè)、研發(fā)等現(xiàn)代服務(wù)業(yè)和電網(wǎng)企業(yè)擴(kuò)大至所有行業(yè)。

1.自2019年4月稅款所屬期起，連續(xù)六個(gè)月（按季納稅的，連續(xù)兩個(gè)季度）增量留抵稅額均大于零，且第六個(gè)月增量留抵稅額不低于50萬元

增量留抵稅額：所謂增量留抵稅額，是指與3月份期末留抵稅額相比較，增加的部分。舉例說明：    

A公司3月期末增值稅留抵稅額為10萬元，

4月發(fā)生銷項(xiàng)稅額5萬元，進(jìn)項(xiàng)稅額20萬元，期末留抵稅額為25萬元（10-5+20）；

5月發(fā)生銷項(xiàng)稅額10萬元，進(jìn)項(xiàng)稅額10萬元，期末留抵稅額為25萬元（25-10+10）；

6月發(fā)生銷項(xiàng)稅額15萬元，進(jìn)項(xiàng)稅額11萬元，期末留抵稅額為21萬元（25-15+11）；

7月發(fā)生銷項(xiàng)稅額20萬元，進(jìn)項(xiàng)稅額25萬元，期末留抵稅額為26萬元（21-20+25）；

8月發(fā)生銷項(xiàng)稅額15萬元，進(jìn)項(xiàng)稅額20萬元，期末留抵稅額為31萬元（26-15+20）；

9月發(fā)生銷項(xiàng)稅額10萬元，進(jìn)項(xiàng)稅額39萬元，期末留抵稅額為60萬元（31-10+39）；     

根據(jù)以上數(shù)據(jù)，可以看出4-9月期末留抵稅額均超過3月期末留抵稅額數(shù)10萬， 9月期末留抵稅額達(dá)到60萬，增量留抵額不低于50萬元（與3月期末留抵稅額10萬相比），滿足退稅條件之一。

2. 納稅信用等級(jí)為A級(jí)或者B級(jí)

A公司，3-9月信用等級(jí)為M或C級(jí)，在申請(qǐng)退稅時(shí)，納稅信用登記達(dá)到A或B，即滿足退稅條件之一。

3.納稅人當(dāng)期允許退還的增量留抵稅額，按照以下公式計(jì)算：允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例×60%。進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例，為2019年4月至申請(qǐng)退稅前一稅款所屬期內(nèi)已抵扣的增值稅專用發(fā)票（含稅控機(jī)動(dòng)車銷售統(tǒng)一發(fā)票）、海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額占同期全部已抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的比重。

A公司4-9月份購(gòu)買商品發(fā)生進(jìn)項(xiàng)稅額125萬元，其中海關(guān)進(jìn)口增值稅比對(duì)通過認(rèn)證稅額15萬元，增值稅專用發(fā)票稅額100萬元，計(jì)算抵扣注明旅客身份信息的進(jìn)項(xiàng)稅額為5萬元，勾選通行費(fèi)增值稅普通電子發(fā)票5萬元。

進(jìn)項(xiàng)構(gòu)成比例計(jì)算

115/125×100%=92%

允許退還的增量留抵稅額

600000×92%×60%=331200元

4.納稅人應(yīng)在增值稅納稅申報(bào)期內(nèi)，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請(qǐng)退還留抵稅額。

自4月起連續(xù)六個(gè)月，即4-9月滿足退稅條件，企業(yè)應(yīng)在10月申報(bào)期內(nèi)提出增量留抵退稅申請(qǐng)。

該企業(yè)取得退還留抵稅額后，應(yīng)相應(yīng)調(diào)減當(dāng)期留抵額，2019年9月的期末留抵由60萬元變?yōu)?0-33.12=26.88萬元

參考《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于退還集成電路企業(yè)采購(gòu)設(shè)備增值稅期末留抵稅額的通知》（財(cái)稅〔2011〕107號(hào)）第三條第二項(xiàng)規(guī)定，企業(yè)收到退稅款項(xiàng)的當(dāng)月，應(yīng)將退稅額從增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額中轉(zhuǎn)出。收到退還的期末留抵時(shí)：

借：銀行存款331200

   貸：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅（進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出）331200

所謂留抵，即當(dāng)企業(yè)的銷項(xiàng)稅小于進(jìn)項(xiàng)稅時(shí)，就不交稅，其中未抵扣完的進(jìn)項(xiàng)稅可以留到下期繼續(xù)抵扣。納稅人在銷項(xiàng)稅額中未抵扣完，留待下期繼續(xù)抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額就叫“留抵稅款”。政府補(bǔ)助，是指企業(yè)從政府無償取得貨幣性資產(chǎn)或非貨幣性資產(chǎn)。因此，增值稅退還留抵將符合條件的以前企業(yè)支付或承擔(dān)的進(jìn)項(xiàng)稅額退還給企業(yè)，不是無償從政府取得資產(chǎn)，不屬于政府補(bǔ)助。

該企業(yè)2019年9月期末留抵為60萬元，假設(shè)2019年10月銷項(xiàng)稅額100萬元，進(jìn)項(xiàng)稅額30萬元，如果未申請(qǐng)留抵退稅，10月應(yīng)納稅額=銷項(xiàng)稅額100萬元-進(jìn)項(xiàng)稅額30萬元-上期留抵60萬元=10萬元，計(jì)算城建稅、教育費(fèi)附加和地方教育附加的計(jì)稅（征）依據(jù)為10萬元。

如果退還了2019年9月期末留抵33.12萬元，留抵稅額變?yōu)?6.88萬元，10月應(yīng)納稅額=銷項(xiàng)稅額100萬元-進(jìn)項(xiàng)稅額30萬元-上期留抵26.88萬元=43.12萬元。計(jì)算城建稅、教育費(fèi)附加和地方教育附加的計(jì)稅（征）依據(jù)為43.12萬元，比不退留抵增加33.12萬元。可見，如果不允許企業(yè)從城建稅、教育費(fèi)附加和地方教育附加的計(jì)稅（征）依據(jù)中扣除退還增值稅稅額，將造成多交城建稅、教育費(fèi)附加和地方教育附加。

考慮到上述問題，因此財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局出臺(tái)了后續(xù)文件財(cái)稅〔2018〕80號(hào)。根據(jù)《關(guān)于增值稅期末留抵退稅有關(guān)城市維護(hù)建設(shè)稅教育費(fèi)附加和地方教育附加政策的通知》（財(cái)稅〔2018〕80號(hào)）規(guī)定：“對(duì)實(shí)行增值稅期末留抵退稅的納稅人，允許其從城市維護(hù)建設(shè)稅、教育費(fèi)附加和地方教育附加的計(jì)稅（征）依據(jù)中扣除退還的增值稅稅額。”