在吳門將領(lǐng)和虞公允文艱苦卓絕的征戰(zhàn)之下，1234年（南宋端平元年）金軍在各線戰(zhàn)場徹底潰敗。但是另一只北方蠻族蒙古大軍很快就占據(jù)了金軍的生態(tài)位，并且后來居上，迅疾填補了金朝覆滅的秩序真空，東土的秩序格局也隨之立即發(fā)生改變。宋蒙戰(zhàn)爭開始，四川成為了這一歷史窗口的主戰(zhàn)場之一。

1236年（端平三年）二月，蒙古軍侵入蘄、黃、廣，同時在西線大舉攻蜀，陷巴蜀五十四州，之后在當?shù)厮诬姷姆磽糁掠滞顺鏊拇ā?/p>

1241年（淳祐元年），蒙軍再次攻蜀，破成都。南宋被迫將四川首府遷往重慶。

1242年（淳祐二年），巴蜀形勢已十分危急。南宋朝廷派戰(zhàn)功顯赫的兵部侍郎余玠任四川安撫制置使兼重慶知府。在此后十年的蒙蜀戰(zhàn)爭中，余玠以重慶周邊的山城防御抗擊蒙古軍進攻，讓巴蜀的形勢得以扭轉(zhuǎn)。

余玠赴任后，革除弊政，實行輕徭薄賦、整頓軍紀、除暴獎賢、廣納賢良、聚小屯為大屯等政策。采納播州人冉氏兄弟建策，采取依山制騎、以點控面的方略，先后筑青居、大獲、釣魚、云頂（今四川南充南、蒼溪東南、合川東、金堂南）等10余城，并遷郡治于山城。又調(diào)整兵力部署，移金州（今陜西安康）戍軍于大獲；移沔州（今陜西略陽）戍軍于青居；移興元（今陜西漢中）戍軍于合州（今合川東釣魚城），共同防守內(nèi)水（今涪江、嘉陵江、渠江）；移利州戍軍于云頂，以備外水（即岷江、沱江）。諸城依山為壘，據(jù)險設防，屯兵儲糧，訓練士卒。經(jīng)數(shù)年建設，逐步建成以重慶為中心，以堡寨控扼江河、要隘的縱深梯次防御體系，邊防稍安。

1246年（淳祐六年），蒙古分兵四道入蜀，余玠在之前多次戰(zhàn)勝蒙古軍進攻之后，依靠新建立的山城防御體系，又打退了蒙古軍的進攻。

1250年（淳祐十年），余玠調(diào)集四川各路精銳，誓師北伐。以一部兵向隴蜀邊界出擊，自率主力，取金牛道向漢中進發(fā)，三戰(zhàn)連捷。次年四月，余玠率軍十萬進占漢中西之中梁山，潛軍燒毀漢中至大散關(guān)棧道后，率軍圍漢中數(shù)重，晝夜急攻。蒙古軍修復棧道，各路援軍會至。余玠久攻不克，兵老師鈍，只好撤軍。

1252年（淳祐十二年），余玠率軍擊退進攻嘉定（今四川樂山）的蒙古軍，四川抗蒙形勢日益好轉(zhuǎn)。他上任之初都立下宏愿“愿假十年，手挈四蜀之地，還之朝廷”，說到做到。這十年因此又被稱為“余玠治蜀”。

但是次年余玠就因功高震主而受到費拉奸臣和宋理宗的猜忌而去世，朝廷權(quán)奸削去余生前職務并連帶其家屬和親信。余玠部下王惟忠，也被誣告潛通蒙古，處死。這都是末世王朝慣演的戲路。不過蜀中父老并未忘記余玠護蜀之功，在其死后，“蜀人莫不悲慕如失父母”。南宋王朝為維系蜀中軍民之心，于1258年追復余官職，前恭后倨又前倨后恭，綱常崩塌如此，安得不亡。幸好此時蜀軍另一位大將王堅又扛起了堅守釣魚城護佑巴蜀的職責，巴蜀腹地才得以繼續(xù)免于兵火。

1254年，王堅升興元府都統(tǒng)兼知合州，主持釣魚城防務。王堅知合州后，加固釣魚城池，調(diào)集所轄五縣軍民數(shù)萬，在釣魚城上開掘大小“天池”蓄水養(yǎng)魚，控井92眼，加筑從城上至南北江邊碼頭的一字城墻，阻截敵軍于城墻與江流之外，屯田練兵，“秦蜀之人，望風響應”。釣魚城成為川、陜、甘民眾聚集的軍事重鎮(zhèn)。

1258年，蒙古大汗蒙哥與其弟忽必烈等分三路出兵攻宋。蒙哥親自駐釣魚城東五里的石子山督戰(zhàn)。王堅負險守城五個月，蒙古軍不能下。七月，蒙哥命人于釣魚城東門高地上筑臺，探城中情勢以謀決戰(zhàn)。王堅在蒙古軍筑臺時已選好位置，當蒙哥上臺了望時，王堅命人放炮將其擊成重傷。次日又將池中兩條30斤重的鮮魚做成面餅投擲城下蒙古軍，且致信蒙哥“爾再攻十年，城亦不可得”。蒙哥傷后，傷痛迸發(fā)，不久死于北碚溫泉寺。

1259年，蒙古軍北還，合州圍解。九月，朝廷封王堅寧遠軍節(jié)度使、依前左領(lǐng)軍衛(wèi)上將軍、興元府駐扎，御前諸軍都統(tǒng)制兼知合州，節(jié)制兵馬，進封清水縣開國伯。

1260年，余玠的命運又開始在王堅身上重演，奸臣賈似道忌王堅戰(zhàn)功，使帝詔堅回京城臨安。

1264年，王堅去世，獲謚“忠壯”。合州軍民聞堅卒，立廟祀之，并建碑記其功，“堅以魚臺一柱支半壁”迄今猶存。蒙蜀釣魚城之戰(zhàn)改寫了歐亞歷史。王堅率領(lǐng)合州居民堅守孤城36年，成為世界戰(zhàn)爭史上的奇跡，不屈不撓的精神炳耀至今。

好在此前一年，又是一位蜀軍大將張玨又從王堅手中接過了接力棒，繼續(xù)艱苦卓絕地護佑巴山蜀水。

張玨上任后，積極恢復當?shù)氐霓r(nóng)業(yè)生產(chǎn)，訓練士兵，修整兵器，為保衛(wèi)合州做好了充分的準備。張玨管理嚴格，賞罰分明，立功即使是罪犯也重賞，犯過雖是至親也絕不寬容，所以人人奮發(fā)，公私皆足。

忽必烈繼蒙古大汗位后，繼續(xù)攻宋，圍困釣魚城，派重兵占據(jù)大良平（今四川廣安），時時出兵進攻梁山軍和忠州、萬州、開州、達州，農(nóng)民無法耕種，士卒無法休整。每每運軍糧到渠州，宋軍皆需要竭盡幾郡的兵力護送，死戰(zhàn)于兩城之下才能夠進入。

1266年，張玨派部將史炤、王立率五十名敢死壯士用斧頭砍殺從西門進入，收復大良平山城、虎相山城。

1267年四月，蒙古平章賽曲赤提兵數(shù)萬破重慶防線，取道出合州城下，張玨在款龍溪將船碇泊在江中，截斷江面建成水城，進行抵抗，再次挫敗了數(shù)萬蒙古軍的攻勢。

合州自從余玠采用冉氏兄弟的策略，將軍隊遷到釣魚山，城墻營壘堅固。但開州、重慶遭受兵禍，百姓非常困苦，張玨對外用軍隊保護耕種，在內(nèi)教百姓開墾田地積儲糧食，不到兩個月，公私用度兼而充足。

1271年，忽必烈改國號為大元，定都大都（今北京），大肆招撫南宋官吏士卒，連游民聚眾入見也予以重賞，重用投降官吏，蒙宋之戰(zhàn)轉(zhuǎn)化為王朝更替的戰(zhàn)爭。于是在以重兵進攻京湖的同時，加快了掃除四川障礙的步伐，并以熟知四川軍情的南宋降將劉整隨軍進擊、勸降，縮小對釣魚城、重慶的包圍圈，并隔斷重慶與釣魚城的通道，伺機而破。北面由青居（今南充東南）推進到漢初（今武勝漢初）、定遠（今武勝），建立起武勝軍和定遠軍，距釣魚城約45公里。

1272年四月，張玨又在與釣魚城隔江的宜勝山（今合川北）筑城，用來加強釣魚城的防守能力。

1273年正月，元軍匣刺又進逼釣魚城。張玨得到消息后，定計出其不意進攻二城，火燒元軍的錢糧器械，越寨七十里，燒毀船場，元軍統(tǒng)制周虎戰(zhàn)死。此舉不僅擊敗了元軍的進攻，而且打破了元軍想在二地建城，控扼江口以圖取合州的計劃。

1274年，張玨升為寧遠軍承宣使。

1275年，南宋朝廷又任命張玨為四川制置副使、重慶知府。五月，加檢校少保。又命他帶兵來京保衛(wèi)京城，但是入川道路已被阻斷，詔令沒有能送到。六月，昝萬壽以嘉定及三龜城、九頂城降元，守將侯都統(tǒng)戰(zhàn)死，元軍乘勢推進，占據(jù)瀘州、敘州、長寧（今宜賓長寧縣）、富順、開州、達州、巴州、渠州，合兵攻重慶，在長江、嘉陵江中架起浮梁，阻絕外援。元軍自秋至冬圍攻重慶，重慶援絕糧盡。張玨雖仍在守衛(wèi)合州，但“屢以死士間入城，許以赴援，且為之畫守御計”。

1276年，張玨為了解救重慶被長期圍攻的狀況，派部將趙安襲擊元軍的征南都元帥府所在地青居城（今南充南），活捉元朝安撫劉才、參議馬嵩而返。二月，又派張萬以船艦載精兵從水路沖入重慶，以增援重慶守軍。四月，匯合重慶軍隊出兵進攻瀘州，并結(jié)交瀘州士人劉霖、先坤朋作為內(nèi)應。而此時，以宋恭帝與謝太皇太后為首的南宋朝廷，已向元軍投降。五月，宋端宗在福州重建南宋政權(quán)，改當年為景炎元年。六月，張玨又派部將趙安、王世昌等收復瀘州，活捉并處死梅應青。

元軍被迫逐漸從重慶撤退，轉(zhuǎn)而圍攻瀘州。同年十二月，趙定應迎接張玨進入重慶任四川制置使，派部將張萬、程聰領(lǐng)兵收復涪州。南宋降將、原涪州刺史陽立再次合兵來決戰(zhàn)，史進、張世杰戰(zhàn)死，張萬堅持不住，俘獲陽立的妻女以及安撫李端返回。張玨以都統(tǒng)程聰守涪州，重慶元兵全部退走。

張玨聽說益王趙昰、衛(wèi)王趙昺在廣州稱帝，派兵幾百人尋求二王所在的地方。張玨調(diào)史訓忠、趙安等援救瀘州。又派張萬到夔州，聯(lián)合忠、涪州的軍隊攻克石門及巴巫寨，獲取元軍將士一百多人。解大寧（今巫溪）圍，攻破十八寨。控入川的門戶，川東形勢一度好轉(zhuǎn)。但年底元軍又再次攻川。

1277年六月，元將張德潤攻破涪州，捉住守將程聰。在此之前，程聰在重慶極力主張守城的意見，張玨入重慶，與他不相投契，派他出守涪州。程聰?shù)礁⒅菀虿黄蕉粲舨粯?，不設防備而被捉。張德潤用轎子抬著程聰返歸，告訴他說：“你兒子程鵬飛已經(jīng)任參政了，你可以日夜與他相聚”。程聰說：“我被捉，他投降，不是我的兒子”。此月，梁山軍袁世安投降。十月，萬州天生城被攻破，元兵殺死守將上官夔。十一月，瀘州糧食盡凈，人相食，于是元兵破瀘州，安撫王世昌自縊而死。元兵會軍重慶，駐扎佛圖關(guān)，以一軍駐扎南城，一軍駐扎朱村坪，一軍駐扎長江上。元軍派瀘州降將李從招降，張玨沒有順從。十二月，達州降將鮮汝忠攻破皇華城（今重慶忠縣），活捉守將馬堃，軍使包申在巷戰(zhàn)中戰(zhàn)死。

1278年春，張玨派總管李義率領(lǐng)軍隊經(jīng)過廣陽壩，全軍覆滅。二月，元兵破紹慶府（今重慶彭水），捉守將鮮龍，湖北提刑趙立與制司幕官趙酉泰皆自殺。張玨率兵沖出薰風門，與元大將也速兒戰(zhàn)于扶桑壩（今重慶東水門附近），諸將從張玨的后面聯(lián)合襲擊，張玨軍隊不敵眾奸，遺憾兵敗。

重慶城中糧食已盡，張玨部將趙安寫信勸說張玨投降，張玨不同意。趙安就與帳下韓忠顯夜間打開鎮(zhèn)西門投降。張玨率兵在里巷展開戰(zhàn)斗，力量不支，回去索要鴆酒喝，左右之人把鴆酒藏了起來，于是用小船載著妻子兒女向東逃往涪州，中途大為憤恨，用斧頭砍船打算自沉，船夫奪掉斧頭丟入長江中，張玨跳起來想投水被家人挽持住不得死。第二天，萬戶鐵木兒追到涪州，把他捉住送往京師。重慶投降，制機曹琦自縊而死，張萬、張起崖出城投降。元軍進攻合州，破外城。三月，王立也投降。

在押往元大都經(jīng)過安西趙老庵時，張玨朋友對他說：“公盡忠一世，以報所事，今至此，縱得不死，亦何以哉”？于是張玨解下弓弦自縊，終于自盡殉國。隨從的人焚燒了他的尸骨，用瓦罐把他埋葬在自盡的地方。

文天祥得知，甚感嘆，作《悼制置使張玨》詩云：“氣戰(zhàn)萬人將，獨在天一隅。向使國不滅，功業(yè)竟何如”？

此后四川徹底淪陷于蒙元，巴蜀數(shù)百年風流繁華又成舊夢。1286年元朝在成都設置四川等處行中書省，簡稱四川行省。省下設道、府、州、縣。并開始在巴蜀周邊少數(shù)民族地區(qū)實行土司制度。

附錄余玠《瑞鶴仙》詞一首：

怪新來瘦損。對鏡臺、霜華令亂鬢影。胸中恨誰省。正關(guān)山寂寞，暮天風景。貂裘漸冷。聽梧桐、聲敲露井。可無人、為向樓頭，試問寒鴻音信。 

爭忍。勾引愁緒，半掩金鋪，雨欺燈暈。家僮困臥呼不應，自高枕。待催他、天際銀蟾飛上，喚取嫦娥細問。要乾坤，表里光輝，照予醉飲。