以昨天的第三篇文章為例，在文章中作者使用質(zhì)譜的方法鑒定出了stat3的可能糖基化位點，隨后通過驗證發(fā)現(xiàn)OGT誘導(dǎo)stat3的T717位點發(fā)生糖基化。這種找位點的方式比較傳統(tǒng)，耗時費力，隨著生物信息學(xué)的發(fā)展，當(dāng)然是由網(wǎng)站可以預(yù)測糖基化發(fā)生位點的，下面為大家講解一下這些好用的網(wǎng)站。

1. YinOYang 1.2 Server

進(jìn)入該網(wǎng)站，網(wǎng)址是http://www.cbs./services/YinOYang/.

在主頁可以看到該網(wǎng)站相當(dāng)簡潔，這也便于大家使用，在搜索欄中輸入目的蛋白序列，我在這里輸入stat3的蛋白序列（注意是FASTA格式）。

在threshold欄中，可以修改閾值，這里我選擇0.5，點擊submit后，可以看到以下界面。

在這里，網(wǎng)站首先顯示該預(yù)測蛋白的完整序列，隨后會出現(xiàn)一些可能被糖基化的位點，圖中用“G”標(biāo)注的，為了更加清楚的顯示結(jié)果，在網(wǎng)頁的下方，會出現(xiàn)具體位點的分值和對于的展示圖。

點擊Graphics in postScript可以直接下載圖片的矢量圖，可直接用于文章中。

2. GPP

進(jìn)入GPP網(wǎng)站，網(wǎng)址為http://comp.chem./glyco/。

在網(wǎng)站首頁，選擇WEB services下方的GlycoPred，隨后按照提示點擊Calculation。

點擊進(jìn)入后，在搜索欄中輸入stat3的蛋白序列（FASTA格式），隨后在下方輸入自己的郵箱地址，預(yù)測后的結(jié)果會通過郵件的形式發(fā)送給你。

糖基化修飾主要分為兩種類型，分別為O-連接的糖基化和N-連接的糖基化，前者主要發(fā)生在ser和thr，后者主要發(fā)生在Asn氨基酸上。上面兩個網(wǎng)站主要預(yù)測O-連接的糖基化，下面給大家介紹一下預(yù)測N-連接的糖基化的網(wǎng)站。

3. NetNGlyc 1.0 Server

進(jìn)入該網(wǎng)站，網(wǎng)址為http://www.cbs./services/NetNGlyc/.

該網(wǎng)站和YinOYang 1.2 Server比較類似，進(jìn)入首頁后，在搜索欄輸入蛋白序列。

點擊submit，獲得預(yù)測結(jié)果，其中糖基化修飾主要發(fā)生在Asn（N）氨基酸上，“+”表示可能發(fā)生糖基化的位點，“-”表示該位點不能發(fā)生糖基化。

4.GlycoMine

網(wǎng)址為http://glycomine.erc./Lab/GlycoMine/。

進(jìn)入該網(wǎng)站，在搜索欄中輸入stat3的蛋白序列，在類型type欄中可以看到，該網(wǎng)站提供三種糖基化修飾方式，分別為W-linked，O-linked和N-linked，在這里選擇N-linked。

點擊submit后，獲得預(yù)測結(jié)果（這一步需要耐心等待較長時間）。在結(jié)果中，按照糖基化修飾的可能性從高到低依次排列。

通過這四個糖基化預(yù)測網(wǎng)站就可以輕松找到你想研究蛋白的可能糖基化位點，之后再通過實驗證明OGT通過預(yù)測位點來調(diào)控目的蛋白的功能，就能輕松的規(guī)劃整個課題。