【原】一步法中混合線性模型方程組構(gòu)建和控制--blupf90

育種數(shù)據(jù)分析 2021-11-18

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參考文獻(xiàn)

http://nce.ads./wiki/lib/exe/fetch.php?media=singlestepblupf90.pdf

1，ABLUP VS SSGBLUP

傳統(tǒng)ABLUP與SSGBLUP的區(qū)別在于，原來的A逆矩陣變?yōu)榱薍逆矩陣

傳統(tǒng)的動(dòng)物模型計(jì)算BLUP值

根據(jù)系譜計(jì)算A矩陣，然后使用Henderson方程組計(jì)算BLUP（EBV值）

SSGBLUP計(jì)算BLUP值

2，BLUPF90怎么進(jìn)行SSGBLUP分析

RENUMF90進(jìn)行命令對(duì)數(shù)據(jù)預(yù)處理
BLUPF90進(jìn)行SSGBLUP的計(jì)算（已知方差組分時(shí)）
AIREMLF90進(jìn)行SSGBLUP方差組分估算（未知方差組分時(shí)）
PREGSF90進(jìn)行H逆矩陣的計(jì)算

2.1 renumf90預(yù)處理數(shù)據(jù)

2.2 blupf90計(jì)算H矩陣以及育種值

2.3 pregsf90計(jì)算H矩陣

主要作用:

根據(jù)基因組數(shù)據(jù)構(gòu)建G矩陣
根據(jù)系譜構(gòu)建A矩陣
根據(jù)公式構(gòu)建H逆矩陣

3, 構(gòu)建H矩陣的參數(shù)設(shè)置

4, 基因組數(shù)據(jù)的篩選

5, 親子鑒定的作用

6, G矩陣結(jié)果數(shù)據(jù)挖掘

6.1 檢測異常個(gè)體

G矩陣中,某些個(gè)體對(duì)角線有較高的值, 有可能這個(gè)個(gè)體不是群體內(nèi)的個(gè)體, 可能來源其它群體或者家系, 或者call rate值較低.

6.2 檢測重復(fù)樣本

如果某兩個(gè)個(gè)體的親緣關(guān)系大于0.9, 則表明這兩個(gè)個(gè)體可能是重復(fù)樣本

6.3 G矩陣和A22矩陣的關(guān)系

G矩陣和A22矩陣是相同個(gè)體構(gòu)建的G矩陣和A矩陣, 他們應(yīng)該是由很高的相似性. 如果對(duì)角線和非對(duì)角線相似度較低, 表明是有一些問題的. 需要引起重視, 可能是測序個(gè)體ID錯(cuò)誤, 可能是數(shù)據(jù)量較少等等

6.4 根據(jù)基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行PCA分析

7, 構(gòu)建A22矩陣時(shí)的高效方法

可以看出, 構(gòu)建A22矩陣時(shí), 使用57000系譜數(shù)據(jù), 6500測序個(gè)體, Tabular用了311s, 內(nèi)存占用12G, 而Colleau method用了45s, 內(nèi)存占用322Mb. 使用Colleau方法更合適

8, 使用BLUPF90構(gòu)建H逆矩陣輸出

如果想要使用DMU, ASREML或者WOMBAT利用blupf90構(gòu)建好的H逆矩陣, 需要輸出Original ID的形式. 然后轉(zhuǎn)化為DMU和ASREML的格式即可.

基因組選擇：

育種數(shù)據(jù)分析中，表型選擇，方差分析，混合線性模型的BLUP育種值是學(xué)科的枝干，MAS，GWAS是花苞, GS則是盛開的花朵，其依賴于常規(guī)的數(shù)量遺傳理論，但青出于藍(lán)而勝于藍(lán)，具有光明的前景，由于GS的應(yīng)用，分子育種的落地又大大提前了一步?，F(xiàn)在GS在動(dòng)物育種中，特別是牛，豬，雞，羊中正在大規(guī)模落地，以后再玉米，水稻，小麥，大豆的應(yīng)用也將落地。冬天來了，春天還會(huì)遠(yuǎn)么？這個(gè)章節(jié)有文獻(xiàn)解析，SNP數(shù)據(jù)清洗，G矩陣及H矩陣構(gòu)建，模擬數(shù)據(jù)，軟件使用，理論介紹等等。