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Python數(shù)據(jù)清洗--缺失值識(shí)別與處理

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-04-15

快動(dòng)動(dòng)手指!

前言

在《Python數(shù)據(jù)清洗--類型轉(zhuǎn)換和冗余數(shù)據(jù)刪除》中分享了有關(guān)數(shù)據(jù)類型轉(zhuǎn)換和冗余信息刪除的兩個(gè)知識(shí)點(diǎn),接下來(lái)繼續(xù)講解缺失值的識(shí)別和處理辦法。缺失值指的是由于人為或機(jī)器等原因?qū)е聰?shù)據(jù)記錄的丟失或隱瞞,缺失值的存在一定程度上會(huì)影響后續(xù)數(shù)據(jù)分析和挖掘的結(jié)果,所以對(duì)他的處理將顯得尤為重要。

缺失值的識(shí)別

判斷一個(gè)數(shù)據(jù)集是否存在缺失觀測(cè),通常從兩個(gè)方面入手,一個(gè)是變量的角度,即判斷每個(gè)變量中是否包含缺失值;另一個(gè)是數(shù)據(jù)行的角度,即判斷每行數(shù)據(jù)中是否包含缺失值。關(guān)于缺失值的判斷可以使用isnull方法。下面使用isnull方法對(duì)data3數(shù)據(jù)(數(shù)據(jù)可至中---下載)進(jìn)行判斷,統(tǒng)計(jì)輸出的結(jié)果如下表所示。

# 判斷各變量中是否存在缺失值
data3.isnull().any(axis = 0)

# 各變量中缺失值的數(shù)量
data3.isnull().sum(axis = 0)

# 各變量中缺失值的比例
data3.isnull().sum(axis = 0)/data3.shape[0]

如上結(jié)果所示,數(shù)據(jù)集data3中有三個(gè)變量存在缺失值,即gender、age和edu,它們的缺失數(shù)量分別為136、100和1,927,缺失比例分別為4.53%、3.33%和64.23%。

需要說(shuō)明的是,判斷數(shù)據(jù)是否為缺失值NaN,可以使用isnull“方法”,它會(huì)返回與原數(shù)據(jù)行列數(shù)相同的矩陣,并且矩陣的元素為bool類型的值,為了得到每一列的判斷結(jié)果,仍然需要any“方法”(且設(shè)置“方法”內(nèi)的axis參數(shù)為0);統(tǒng)計(jì)各變量的缺失值個(gè)數(shù)可以在isnull的基礎(chǔ)上使用sum“方法”(同樣需要設(shè)置axis參數(shù)為0);計(jì)算缺失比例就是在缺失數(shù)量的基礎(chǔ)上除以總的樣本量(shape方法返回?cái)?shù)據(jù)集的行數(shù)和列數(shù),[0]表示取出對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)行數(shù))。

讀者可能對(duì)代碼中的“axis=0”感到困惑,它代表了什么?為什么是0?是否還可以寫(xiě)其他值?下面通過(guò)圖表的形式來(lái)說(shuō)明axis參數(shù)的用法:

假設(shè)上圖為學(xué)生的考試成績(jī)表,如果直接對(duì)成績(jī)表中的分?jǐn)?shù)進(jìn)行加和操作,得到的是所有學(xué)生的分?jǐn)?shù)總和(很顯然沒(méi)有什么意義),如果按學(xué)生分別計(jì)算總分,將是上圖從左到右的轉(zhuǎn)換。該轉(zhuǎn)換的特征是列數(shù)發(fā)生了變化(可以是列數(shù)減少,也可以是列數(shù)增多),類似于在水平方向上受了外部的壓力或拉力,這樣的外力就理解為軸axis為1的效果(便于理解,可以想象為飛機(jī)在有動(dòng)力的情況下,可以保持水平飛行狀態(tài))。

同樣對(duì)于如上的學(xué)生成績(jī)表,如果直接對(duì)成績(jī)表中的分?jǐn)?shù)計(jì)算平均值,得到的是所有學(xué)生的平均分?jǐn)?shù)(很顯然也沒(méi)有什么意義),如果按學(xué)科分別計(jì)算平均分,將是上圖中從上到下的轉(zhuǎn)換。該轉(zhuǎn)換的特征是行數(shù)發(fā)生了變化(可以是行數(shù)減少,也可以是行數(shù)增多),類似于在垂直方向上受了外部的擠壓或拉伸,這樣的外力就理解為軸axis為0的效果(便于理解,可以想象為飛機(jī)在沒(méi)有動(dòng)力的情況下,呈下降趨勢(shì))。

如上是關(guān)于變量方面的缺失值判斷過(guò)程,還可以利用下方的代碼識(shí)別數(shù)據(jù)行的缺失值分布情況:

# 判斷數(shù)據(jù)行中是否存在缺失值

data3.isnull().any(axis = 1).any()

out:
True

如上結(jié)果所示,返回True值,說(shuō)明data3中的數(shù)據(jù)行存在缺失值。代碼中使用了兩次any“方法”,第一次用于判斷每一行對(duì)應(yīng)的True(即行內(nèi)有缺失值)或False值(即行內(nèi)沒(méi)有缺失值);第二次則用于綜合判斷所有數(shù)據(jù)行中是否包含缺失值。同理,進(jìn)一步還可以判斷缺失行的具體數(shù)量和占比,代碼如下:

# 缺失觀測(cè)的行數(shù)
data3.isnull().any(axis = 1).sum()

# 缺失觀測(cè)的比例
data3.isnull().any(axis = 1).sum()/data3.shape[0]

如上結(jié)果所示,3000行的數(shù)據(jù)集中有2024行存在缺失值,缺失行的比例約67.47%。不管是變量角度的缺失值判斷,還是數(shù)據(jù)行角度的缺失值判斷,一旦發(fā)現(xiàn)缺失值,都需要對(duì)其作相應(yīng)的處理,否則一定程度上都會(huì)影響數(shù)據(jù)分析或挖掘的準(zhǔn)確性。

缺失值的處理辦法

通常對(duì)于缺失值的處理,最常用的方法無(wú)外乎刪除法、替換法和插補(bǔ)法。刪除法是指將缺失值所在的觀測(cè)行刪除(前提是缺失行的比例非常低,如5%以內(nèi)),或者刪除缺失值所對(duì)應(yīng)的變量(前提是該變量中包含的缺失值比例非常高,如70%左右);替換法是指直接利用缺失變量的均值、中位數(shù)或眾數(shù)替換該變量中的缺失值,其好處是缺失值的處理速度快,弊端是易產(chǎn)生有偏估計(jì),導(dǎo)致缺失值替換的準(zhǔn)確性下降;插補(bǔ)法則是利用有監(jiān)督的機(jī)器學(xué)習(xí)方法(如回歸模型、樹(shù)模型、網(wǎng)絡(luò)模型等)對(duì)缺失值作預(yù)測(cè),其優(yōu)勢(shì)在于預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性高,缺點(diǎn)是需要大量的計(jì)算,導(dǎo)致缺失值的處理速度大打折扣。下面將選擇刪除法、替換法和插補(bǔ)法對(duì)缺失值進(jìn)行處理,代碼如下:

# 刪除字段 -- 如刪除缺失率非常高的edu變量
data3.drop(labels = 'edu', axis = 1, inplace=True)
# 數(shù)據(jù)預(yù)覽
data3.head()

如上結(jié)果所示,表中的edu變量已被成功刪除。對(duì)于字段的刪除可以選擇drop“方法”,其中l(wèi)abels參數(shù)用于指定需要?jiǎng)h除的變量名稱,如果是多個(gè)變量,則需要將這些變量名稱寫(xiě)在一對(duì)中括號(hào)內(nèi)(如['var1','var2','var3']);刪除變量一定要設(shè)置axis參數(shù)為1,因?yàn)樽兞總€(gè)數(shù)發(fā)生了變化(所以,借助于axis參數(shù)也可以刪除觀測(cè)行啦);inplace則表示是否原地修改,即是否直接將原表中的字段進(jìn)行刪除,這里設(shè)置為T(mén)rue,如果設(shè)置為False,則將刪除變量的預(yù)覽效果輸出來(lái),而非真正改變?cè)紨?shù)據(jù)。

# 刪除觀測(cè),-- 如刪除age變量中所對(duì)應(yīng)的缺失觀測(cè)
data3_new = data3.drop(labels = data3.index[data3['age'].isnull()], axis = 0)
# 查看數(shù)據(jù)的規(guī)模
data3_new.shape
out:
(29005)

如上結(jié)果所示,利用drop“方法”實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)行的刪除,但必須將axis參數(shù)設(shè)置為0,而此時(shí)的labels參數(shù)則需要指定待刪除的行編號(hào)。這里的行編號(hào)是借助于index“方法”(用于返回原始數(shù)據(jù)的行編號(hào))和isnull“方法”(用于判斷數(shù)據(jù)是否為缺失狀態(tài),如果是缺失則返回True)實(shí)現(xiàn)的,其邏輯就是將True對(duì)應(yīng)的行編號(hào)取出來(lái),傳遞給labels參數(shù)。

如果變量的缺失比例非常大,或者缺失行的比例非常小時(shí),使用刪除法是一個(gè)不錯(cuò)的選擇,反之,將會(huì)丟失大量的數(shù)據(jù)信息而得不償失。接下來(lái)講解如何使用替換法處理缺失值,代碼如下:

# 替換法處理缺失值
data3.fillna(value = {'gender': data3['gender'].mode()[0], # 使用性別的眾數(shù)替換缺失性別
                 'age':data3['age'].mean() # 使用年齡的平均值替換缺失年齡
                 },
          inplace = True # 原地修改數(shù)據(jù)
          )
# 再次查看各變量的缺失比例
data3.isnull().sum(axis = 0)

如上結(jié)果所示,采用替換法后,原始數(shù)據(jù)中的變量不再含有缺失值。缺失值的填充使用的是fillna“方法”,其中value參數(shù)可以通過(guò)字典的形式對(duì)不同的變量指定不同的值。需要強(qiáng)調(diào)的是,如果計(jì)算某個(gè)變量的眾數(shù),一定要使用索引技術(shù),例如代碼中的[0],表示取出眾數(shù)序列中的第一個(gè)(我們知道,眾數(shù)是指出現(xiàn)頻次最高的值,假設(shè)一個(gè)變量中有多個(gè)值共享最高頻次,那么Python將會(huì)把這些值以序列的形式存儲(chǔ)起來(lái),故取出指定的眾數(shù)值,必須使用索引)。

正如前文所說(shuō),雖然替換法思想簡(jiǎn)單、效率高效,但是其替換的值往往不具有很高的準(zhǔn)確性,于是出現(xiàn)了插補(bǔ)方法。該方法需要使用機(jī)器學(xué)習(xí)算法,不妨以KNN算法為例(關(guān)于該算法的介紹可以查看從零開(kāi)始學(xué)Python【33】--KNN分類回歸模型(實(shí)戰(zhàn)部分)),對(duì)Titanic數(shù)據(jù)集中的Age變量做插補(bǔ)法完成缺失值的處理。代碼如下:

# 讀取數(shù)據(jù)
titanic = pd.read_csv('Titanic.csv')
# 刪除缺失嚴(yán)重的Cabin變量
titanic.drop(labels='Cabin', axis = 1, inplace=True)
# 根據(jù)Embarked變量,刪除對(duì)應(yīng)的缺失行
titanic.dropna(subset=['Embarked'], inplace=True)

# 刪除無(wú)關(guān)緊要的變量(這些變量對(duì)后面預(yù)測(cè)年齡沒(méi)有太多的幫助)
titanic.drop(labels=['PassengerId','Name','Ticket','Embarked'], axis = 1, inplace=True)
# 將字符型的性別變量映射為數(shù)值變量
titanic.Sex = titanic.Sex.map({'male':1'female':0})

# 將數(shù)據(jù)拆分為兩組,一是年齡缺失組,二是年齡非缺失組,后續(xù)基于非缺失值構(gòu)建KNN模型,再對(duì)缺失組做預(yù)測(cè)
nomissing = titanic.loc[~titanic.Age.isnull(),]
missing = titanic.loc[titanic.Age.isnull(),]

# 導(dǎo)入機(jī)器學(xué)習(xí)的第三方包
from sklearn import neighbors
# 提取出所有的自變量
X = nomissing.columns[nomissing.columns != 'Age']
# 構(gòu)建模型
knn = neighbors.KNeighborsRegressor()
# 模型擬合
knn.fit(nomissing[X], nomissing.Age)
# 年齡預(yù)測(cè)
pred_age = knn.predict(missing[X])

結(jié)語(yǔ)

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