該寺坐北朝南，占地面積約為1.3萬平方米，四周建有院墻。寺院共分四進：入山門有一院落，院落東為祖堂，西為禪堂，中為彌陀殿。從彌陀殿再進為大雄寶殿，最后一進為藏經(jīng)樓，倉廩倉廚等附屬建筑都在東邊。

寺廟建筑分為正殿建筑和附屬建筑兩部分，總建筑面積6.120平方米。正殿建筑有四重:首重為新山門和舊山門，由于楚雄大道的開通，該寺在近年內(nèi)花了幾十萬元面南修建了新山門，山門上方是昌明方丈題寫的“蓮溪寺”三個鎏金大字，山門飛檐重棱；進新山門后，一條弧形的水泥路通向舊山門，路的旁邊是菜地，右邊是新修的一對直徑約10米的人造放生池。池內(nèi)碧水清澈，魚蟲嬉戲；池邊樟柏婆娑，鳥唱蟬鳴。右側(cè)池邊，有一眼古井，直徑約45厘米，井深丈余、井水伸手可及。再右為新修的察房：舊山門在黃色的門額上鎊刻著清光緒十七年(1891年)該寺道明和尚親筆書寫的“蓮溪寺”三個金色大字。門額下方有兩石獅相對而蹲，威風(fēng)凜凜。

次重為彌勒殿，殿內(nèi)端坐著一尊笑容可掬的彌勒金佛，守衛(wèi)在兩旁的是手執(zhí)兵器、象貌威嚴(yán)的四大天王，背面為韋陀天將，東為齋堂，西為客堂。舊山門與彌勒殿之間是一個約三平方米的天井,天井內(nèi)蓮葉搖曳,荷花飄香。

第三重為大雄寶殿，殿內(nèi)正中有一高丈余的大銅佛，兩側(cè)各立有九尊形態(tài)各異、栩栩如生的羅漢，另有一口形體龐大的鐵鐘和一面碩大無比的擂鼓置于兩側(cè)，更添幾分莊嚴(yán)。

第四重是大徹堂，是女眾打坐、念經(jīng)的處所。堂上是藏經(jīng)樓，藏經(jīng)閣藏有清廷御賜《大藏經(jīng)》，頗為珍貴。附屬建筑分別建于正殿建筑的東西兩側(cè)，其東側(cè)依次為客堂、伽藍(lán)殿、地藏殿、玉觀音堂、法堂(原方丈堂)、往生堂；西側(cè)為祖堂、大悲殿、華嚴(yán)堂、延壽堂和察房。在往生堂和延壽堂之間修了一座千手觀音殿。

在寺廟背后，有一間整潔的教室，為該寺“愛道培訓(xùn)班”學(xué)習(xí)場所。教室門前有兩棵參天的樸樹，歷經(jīng)300余年，映襯著古寺的悠悠歲月。蓮溪寺環(huán)境之幽雅、建筑之精致、景觀之豐富、歷史之悠久，為武漢其它佛教叢林所不及。

蓮溪寺里現(xiàn)存的祖堂、禪堂、彌陀殿、大雄寶殿、藏經(jīng)樓、天王殿等建筑，殿堂不多，而且都不大，但是整個院落結(jié)構(gòu)嚴(yán)謹(jǐn)，布局得當(dāng)，具有中國木結(jié)構(gòu)建筑的風(fēng)格，古樸典雅、玲瓏清秀，頗接近民居情調(diào)。

由于這里是曾經(jīng)華嚴(yán)大學(xué)的辦學(xué)之所，很多海內(nèi)外的華嚴(yán)弟子都十分崇慕這個地方，尤其是臺灣和東南亞的各個寺院，經(jīng)常有佛家弟子前來交流和學(xué)習(xí)。

在武漢，專門供尼姑修行的寺院只有兩所，一為龍華禪寺，另外一個就是蓮溪寺。而蓮溪寺的規(guī)模遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于龍華禪寺，蓮溪寺是武漢最大的尼姑修行寺院。目前，這里還不是重點旅游區(qū)，因此，十分幽靜。