當李定國與吳三桂大戰(zhàn)磨盤山時，永歷帝與隨從離騰越繼續(xù)南行，經(jīng)南甸，又行兩日，還不知磨盤山之敗，李定國等下落不明。二月二十四日，正行至路上，準備安營炊飲，總兵楊武趕到，向永歷帝報告：“定國已遠逃”。

永歷帝與隨從知李定國已逃往他處，又被清兵緊追，不敢停留，連夜趕路。人心更加渙散，各營兵士不少逃散?；枰怪?，迷路于山谷，群臣妻子不相顧，亂兵乘機劫掠，火光燭天，驚擾奔竄。等到天亮，才發(fā)現(xiàn)還在原地，而永歷的貴人、宮女已失去多半。永歷帝看到將吏士兵紛紛離叛，已無路可走，決意投向緬甸，暫時安身。二月二十八日，永歷帝趕到中緬邊境的銅壁關(guān)，護從將領(lǐng)孫崇雅叛變，大肆劫掠永歷君臣的輜重而去。在將要出關(guān)進入緬甸時，護從大將靳統(tǒng)武也放棄了對永歷帝的保護，率其部屬出走。永歷帝無法約束他們，任其去留、離叛，率余眾進入緬甸。

磨盤山血戰(zhàn)打擊了清軍的士氣，該戰(zhàn)之后，清多羅信郡王多尼罰銀五千兩，多羅平郡王羅可鐸罰銀四千兩，多羅貝勒杜蘭罰銀二千兩，都統(tǒng)濟席哈革一拜他喇布勒哈番并所加級，副都統(tǒng)莽古圖、傅喀、克星格也受到處分，征南將軍卓布泰革職為民。南明軍方面，由于戰(zhàn)前出現(xiàn)叛徒導致機密泄露，計劃中的伏殲戰(zhàn)被迫打成了阻擊戰(zhàn)，南明軍最后的精銳在血戰(zhàn)中傷亡殆盡，李定國也無力再發(fā)動大規(guī)模戰(zhàn)役，南明滅亡成為定居 。

綜合各方面記載，這次戰(zhàn)斗酷烈空前，傷亡最大。未出戰(zhàn)前，明伏兵被槍炮與箭擊死在溝的有三分之一，激戰(zhàn)死在戰(zhàn)場上的也有三分之一，這就是說，伏兵6000已失去三分之二。將領(lǐng)竇民望、王璽等戰(zhàn)死。

清軍方面，損失也相當慘重。吳三桂部屬，自都統(tǒng)下，固山額真沙里布、祖澤潤等18名將官及輔國公干圖、扎喀納等戰(zhàn)死，凡已上山的清軍無一生還，損失精銳近萬人。 清官方實錄載吳三桂的報捷書中，對清軍的損失只字不提。

磨盤山戰(zhàn)役中，李定國設(shè)伏三道，可謂天衣無縫，永昌境內(nèi)的磨盤山“內(nèi)箐深屈曲，僅容單馬”，“定國筑柵數(shù)道，左右設(shè)伏，大營屯山后四十里橄欖坡，炊食餉伏，令毋見煙火”。李定國估計吳三桂必無戒備，便以竇民望為初伏，高文貴為二伏，王國璽為三伏，清軍進入三伏，“首尾橫擊之，片甲不令其逃也”。但因叛徒泄密功敗垂成，經(jīng)此一戰(zhàn)，南明的軍隊再也無力對抗吳三桂的大軍。但李定國卓越的指揮才能和頑強果敢的斗志，使清軍再不敢驕橫窮追。李定國在兵勢已如強弩之末時，仍然能夠組織和指揮這樣一場勇猛的阻擊戰(zhàn)，證明他不愧是明清之際最杰出的軍事家之一。

磨盤山戰(zhàn)役是李定國統(tǒng)率明軍給予占有明顯優(yōu)勢的清軍最后一次沉重的打擊。清廷因損兵折將，大為惱怒，經(jīng)諸王、大臣會議后于順治十七年六月懲罰統(tǒng)兵將領(lǐng)；多羅信郡王多尼罰銀五千兩，多羅平郡王羅可鐸罰銀四千兩，多羅貝勒杜蘭罰銀二千兩，都統(tǒng)濟席哈革一拜他喇布勒哈番并所加級，副都統(tǒng)莽古圖、傅喀、克星格也受到處分，征南將軍趙布泰革職為民。 從清廷對三軍主帥的處分情況來看，磨盤山之役戰(zhàn)斗十分激烈，清軍的傷亡肯定相當大。

南明遺民劉彬詩曰：“凜凜孤忠志獨堅，手持一木欲撐天，磨盤戰(zhàn)地人猶識，磷火常同日色鮮”。