多圖&多視頻預(yù)警，輕點(diǎn)可看詳細(xì)內(nèi)容

在干貨預(yù)警：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析（2）文章的結(jié)尾，我們得到了一個(gè)基因列表的功能富集結(jié)果（如下圖所示）。但如果想把結(jié)果最展示在文章中（箭頭所指），還需要一些繪圖的操作。今天，我們就重點(diǎn)來講解 如何將DAVID中的功能富集的結(jié)果轉(zhuǎn)換成正式的Figure。

閱讀文獻(xiàn)時(shí)，大家遇到最多的就是柱狀圖（一般是水平柱狀圖），柱子的高低與p-value相關(guān)，柱子越高則越顯著。我也問過很多人，喜歡哪種圖片來展示功能富集的結(jié)果，曾經(jīng)有人跟我說，特別喜歡那種大大小小的彩點(diǎn)圖……

我想了一下，覺得這位耿直的同學(xué)說的應(yīng)該是高級(jí)氣泡圖，想必有不少人見過氣泡圖，卻不知道應(yīng)該怎么做，連現(xiàn)成的工具也找不到。那么，今天的繪圖操作，我們就來給大家詳細(xì)講講如何通過氣泡圖來展現(xiàn)GO/KEGG功能富集的結(jié)果。（由于微信公眾平臺(tái)對(duì)視頻數(shù)目的限制，無奈把柱狀圖和氣泡圖分為兩篇講解，需要柱狀圖教程的同學(xué)請(qǐng)關(guān)注“科研貓”公眾號(hào)查看）。

氣泡圖的制作相當(dāng)復(fù)雜，如果手上有現(xiàn)成的文獻(xiàn)使用了氣泡圖來表征功能富集分析的結(jié)果，也可以拿出來看一下。首先我們看x軸是Gene Ratio，對(duì)應(yīng)的就是DAVID結(jié)果表格中的“%”一列；y軸是富集出來的通路或者GO Term；點(diǎn)的大小表示Gene數(shù)；點(diǎn)的顏色最為重要，代表P值的高低。

所以，圖確實(shí)很好看，但是做起來實(shí)屬不易，目前還沒有遇到有現(xiàn)成的繪圖軟件可以幫我們做這樣的圖片。那怎么辦呢？嘿嘿，讓小獵豹來教教大家吧。前面的推文中，我們也講解過R語言，R語言可以說是目前最為流行、最為強(qiáng)大的統(tǒng)計(jì)繪圖工具，相信我們大家都聽說過。即使你對(duì)R語言了解不深，不要緊，我們幫大家把代碼都寫好了，直接運(yùn)行即可。如果你還沒有安裝R語言，請(qǐng)參考我們前面的推文（生物信息系列課程-R語言入門）。在運(yùn)行這個(gè)R代碼之前呢，需要安裝兩個(gè)R包ggplot2和Hmisc，然后直接運(yùn)行bubblePlot.R即可。具體運(yùn)行過程可見下面短視頻，可謂一氣呵成，無需數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換等繁瑣步驟，而且最終生成的圖極其細(xì)致，把首字母大寫，字段截取，數(shù)字下標(biāo)等細(xì)節(jié)都做好了。

相信有不少同學(xué)對(duì)R語言還是不太熟悉，在運(yùn)行代碼的過程當(dāng)中可能還會(huì)遇到不同的問題，可以在文末的留言板中留言哦，小獵豹會(huì)及時(shí)幫大家解決的。再次強(qiáng)調(diào)，操作所需的代碼（話說這個(gè)代碼曾經(jīng)買到幾百塊哦）和測試數(shù)據(jù)可免費(fèi)獲取，識(shí)別文末二維碼，聯(lián)系折耳貓小姐姐即可。

到現(xiàn)在為止，關(guān)于GO/KEGG功能富集分析就講完了。我啰哩啰嗦地分了三篇文章來給大家講解，主要目的是為了讓大家徹底搞懂功能富集分析的含義，并掌握具體的操作步驟。當(dāng)大家真正熟悉了以后，實(shí)際操作大概在幾分鐘時(shí)間就可以完成。為了讓大家把前面的操作都串聯(lián)起來，方便學(xué)習(xí)記憶，在這里我把功能富集分析的一整套操作錄制成視頻，希望大家能夠真正掌握這一實(shí)用分析。