云南行政組織即云南地方政府的設(shè)置可謂是清朝對(duì)云南社會(huì)治理中非常重要的一環(huán)，其中尤以云南總督一職最為關(guān)鍵 。清朝入主中原伊始 ，尚未進(jìn)入云南， 便設(shè)云貴總督 ，由趙廷臣擔(dān)任，于兩省互駐 ，此后云南總督與貴州總督時(shí)有分設(shè) 與合置之事?？滴踉?(1644 ），清圣祖裁撤云貴總督 ，專設(shè)云南總督一人 ，駐曲 靖府：康熙三年 ，又裁撤貴州總督 ，并入云南 ，駐貴陽(yáng)府 ?？滴跏?，清圣祖諭'云南地屬遠(yuǎn)疆 ，應(yīng)專設(shè)云南總督一員 。' 因此任命鄂善為云南總督 。

然而至 康熙十三年正月 ，又改授鄂善為云貴總督 ?？滴醵?，云貴總督自貴陽(yáng)府移 駐云南府。雍正七年1729 ），清世宗又再次更改 ，命云貴總督兼轄廣西，設(shè)云貴 廣西總督 。雍正十二年 ，因朝廷內(nèi)外大臣奏稱 '廣西距云南路遠(yuǎn) ，廣東路近 ，不 若就近為妥便'，遂停止云貴總督兼廣西總督之責(zé) 。乾隆元年 (1736 ） ，清高宗將 尹繼善著為云南總督 ，專辦云南事務(wù) ，再次與貴州分設(shè) 。乾隆十二年又諭 ：'云貴二省，原系總督一人管轄 ，著仍照舊制，即以張?jiān)孰S授為云貴總督 ，圖爾炳阿著 授為云南巡撫 ，孫紹武著授為貴州 巡撫。' 后再諭：'貴州省苗蠻錯(cuò)處，軍務(wù)關(guān)系 秦重，巡撫文員 ，與通省營(yíng)卉不相統(tǒng)轄 ，從前撫、提各持意見(jiàn) ，公事遂致掣肘 。 總督駐扎云南 ，相隔遼遠(yuǎn) ，貴州巡撫著提督軍務(wù) ，節(jié)制通省兵馬。' 至此 ，云貴總督一職才固定下來(lái) ，兼管云貴兩省 。

云南巡撫為僅次于云南總督之職務(wù) ，對(duì)云南社會(huì)的治理所起作用至關(guān)重要 。 順治初年 ，設(shè)云南巡撫一人 ，駐云南府 。此次設(shè)置之后 ，云南巡撫幾乎未發(fā)生過(guò) 變動(dòng) ，只是在乾隆時(shí)期 ，由于官場(chǎng)缺員現(xiàn)象嚴(yán)重 ，多有云南總督兼任云南巡撫之 職。

布政使又稱藩臺(tái) ，專司財(cái)賦及人事 。康熙六年 0649 ） ，制定各省布政使員額 ， 裁各省布政使一人 ，僅留一人為全省布政使 ，云南則設(shè)布政使一人 。參政、參議 無(wú)定員 ，皆裁去左、右名目 ，視何項(xiàng)官推升者 ，即為何項(xiàng)道，名曰守道 。布政使 司所屬各宮 ，理問(wèn)一人 ，經(jīng)歷一人 ，都事一人 ，照磨一人 ，檢校一人 ，副理問(wèn)一 人，庫(kù)大使云南一人 ，副使一人 。寶泉局大使、副使各一人 。康熙三十九年 ，云 南裁布政司照磨一人 。乾隆十六年 (1751) ，云南、浙江二省 ，事同一例 ，庫(kù)副使 一并裁汰 。乾隆三十年 ，云南又裁布政司理問(wèn)一人 。

按察便又稱桌臺(tái) ，掌管可法 、監(jiān)察、郵驛等事?？滴趿?（ 1649 ） ，亦制定各 省按察使員額 ，云南設(shè)按察使一人 。副使、金事無(wú)定員 ，視何項(xiàng)官職推升者 ，即 為何項(xiàng)道 ，皆名之曰巡道。按察司所屬官 、經(jīng)歷一人 ，照磨二人 ，司獄一人 ?？?熙三十九年 ，云南裁按察司照磨一人 。

云南主要兵制為綠營(yíng) ，設(shè)提督一人 。康雍乾三朝多有將營(yíng) 、協(xié)裁撤改并之事 。民治十六年 (1629 ） ，云南設(shè)云貴總督標(biāo)中 、左、右、前四營(yíng) ，中營(yíng)則設(shè)副將以下 等官 ，左、右、前三營(yíng)各設(shè)游擊以下等官 ?？滴踉?（ 1662 ） ，又設(shè)提督標(biāo)中 、左、 右三營(yíng)各游擊以下等宮 。