為了更有效地利用pull down技術，可以將待純化的蛋白以融合蛋白的形式表達，即將“誘餌”蛋白與一種易于純化的配體蛋白相融合。1988年Smith等利用谷胱甘肽-S-轉移酶（GST）融合標簽從細菌中一步純化出GST融合蛋白。從此GST融合蛋白在蛋白質相互作用研究領域里得到了極大的推廣。GST融合蛋白在經(jīng)過固定有谷胱甘肽（GSH）的色譜柱時，就可以通過GST與GSH的相互作用而被吸附。當再有細胞抽提物過柱，就可以得到能夠與“誘餌”蛋白相互作用的興趣蛋白。

一般來說，GST融合蛋白pull down方法用于兩個方面：一是鑒定能與已知融合蛋白相互作用的未知蛋白質；二是鑒定兩個已知蛋白質之間是否存在相互作用。為排除假陽性所設的一組對照實驗是在沒有誘餌蛋白存在的條件下，將樣品結合到GST上。該對照可以是表達有GST（非誘餌融合蛋白）的分別轉化細胞裂解物，也可以是將GST加到非轉化細胞的裂解物中。設計合適的對照實驗非常重要。該方法比較簡便，避免了使用同位素等危險物質，在蛋白質相互作用研究中有很廣泛的應用。

除了GST以外，類似的融合蛋白很多，如與葡萄球菌蛋白A融合的“誘餌”蛋白可以通過固定有IgG的色譜柱進行純化；與寡聚組氨酸肽段融合的“誘餌”蛋白可以通過結合Ni²⁺ 的色譜柱進行純化；與二氫葉酸還原酶融合的“誘餌”蛋白可以通過固定有氨甲蝶呤的色譜柱進行純化等等。

Pull down實驗一般用于體外轉錄或翻譯體系，如酵母雙雜交系統(tǒng)中檢測蛋白質之間的相互作用。但并不能真實的反應蛋白質之間的相互作用，因為在體內(nèi)它們不一定空間上有碰到，所以并不意味著在生理條件下一定結合。

免疫共沉淀技術的基本原理是：在非變性條件下裂解細胞，蛋白質之間的相互作用還可以保持。在細胞裂解液中加入抗興趣蛋白的抗體，孵育后再加入與抗體特異結合的結合于Agarose微珠上的金黃色葡萄球菌蛋白A（SPA），若細胞中有與興趣蛋白結合的目的蛋白，就可以形成這樣的一種復合物：目的蛋白-興趣蛋白-抗興趣蛋白抗體-SPA/Agarose，因為SPA/Agarose比較大，這樣復合物在離心時就被分離出來。經(jīng)蛋白上樣緩沖液變性煮沸，復合物四組分又被分開。然后經(jīng)WB試驗，用抗體檢測目的蛋白是什么，是否為預測蛋白。這種方法得到的目的蛋白是在細胞內(nèi)天然與興趣蛋白結合的，符合體內(nèi)實際情況，得到的蛋白可信度高。

免疫共沉淀既可以用于檢測已知的兩個蛋白質在體內(nèi)的相互作用，也可以找出未知的蛋白質相互作用，不管是兩者的哪個，其原則都是一樣的，都需要用特異性的抗體與其中的一種蛋白質結合，之后通過蛋白質A或蛋白質G-瓊脂糖微珠將復合物沉淀下來，然后用WB鑒定。

免疫共沉淀中設置正確的對照非常重要，因為該方法可能出現(xiàn)假陽性的概率比較高，設置的對照包括：在對照組中使用對照抗體，以缺失目的蛋白的細胞系作為陰性對照等等。但這種方法也有兩個缺陷：一是兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；二是必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇最后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結果，方法本身具有冒險性。