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整合藥理學(xué)方法的心可舒片干預(yù)動(dòng)脈粥樣硬化作用網(wǎng)絡(luò)機(jī)制探討

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-02-11

動(dòng)脈粥樣硬化(atherosclerosis,AS)是導(dǎo)致冠狀動(dòng)脈疾病發(fā)病和患者死亡的主要原因,迄今仍未闡明其確切的病因及發(fā)病機(jī)制[1]。其主要治療藥物是調(diào)脂、抗凝及溶栓藥物,治療效果也不夠理想[2]。中醫(yī)無“動(dòng)脈粥樣硬化”的病名,但可歸為“胸痹”

1  材料與方法

1.1  數(shù)據(jù)庫

1.2  方法

1.2.1  化學(xué)成分和疾病的候選靶點(diǎn)預(yù)測  TCM-IP平臺(tái)中藥材數(shù)據(jù)庫中對心可舒片組方中藥丹參、葛根、三七、山楂和木香進(jìn)行化學(xué)成分信息收集,包括CAS號(hào)、中文名稱、英文名稱、分子式、相對分子質(zhì)量、藥理作用,并建立心可舒片的化學(xué)成分信息數(shù)據(jù)庫。利用TCM-IP平臺(tái)開源軟件OpenBabel提取心可舒片化學(xué)成分MACCS分子指紋,通過化學(xué)成分二維結(jié)構(gòu)(.mol)與FDA上市藥物進(jìn)行化學(xué)指紋特征比對,以Tanimoto系數(shù)定義的相似度計(jì)量方法進(jìn)行相似性打分,取打分系數(shù)>0.8所得的藥物靶點(diǎn)為此次研究所需要的作用的潛在靶點(diǎn),建立心可舒片候選靶點(diǎn)信息數(shù)據(jù)庫。在疾病/癥狀靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫,以“atherosclerosis”作為疾病或癥狀關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索,提取心可舒片中干預(yù)AS的藥物名稱、藥物療效、藥物靶點(diǎn)的基因和蛋白質(zhì)相關(guān)信息,作為候選靶點(diǎn)來源。

靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)。通過TCM-IP平臺(tái)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)數(shù)據(jù)庫,獲得心可舒片作用的潛在靶點(diǎn)與“atherosclerosis”疾病靶點(diǎn)之間的PPI信息并構(gòu)建相互作用網(wǎng)絡(luò),以“節(jié)點(diǎn)連接度(degree)≥2倍中位數(shù)”為篩選條件,選取心可舒片靶點(diǎn)-疾病蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點(diǎn)(hubs);接著,以“degree≥中位數(shù)”“緊密度(closeness)和介度(betweenness)均大于等于其中位數(shù)”為條件[11],選取心可舒片干預(yù)AS的候選靶點(diǎn);然后,通過對上述候選靶點(diǎn)所參與的功能和通路進(jìn)行分析,并構(gòu)建“復(fù)方-中藥-成分-靶點(diǎn)-通路”的多層次網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)圖。

1.2.3

2  結(jié)果

2.1  心可舒片所含成分及其預(yù)測靶點(diǎn)信息

絡(luò)中degree值最高的中藥是山楂,degree值排在前10位的成分是棕櫚酸、亞油酸、蔗糖、熊果酸、琥珀酸、花生酸、庚酸、壬酸、二十一碳酸和烏藥酸,見圖1。


2.2  心可舒片預(yù)測靶點(diǎn)生物信息學(xué)分析

2.3  心可舒片干預(yù)AS候選靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

通過TCM-IP平臺(tái)的PPI相互作用數(shù)據(jù)庫,建立心可舒片藥物靶點(diǎn)與AS靶點(diǎn)之間的相互作用網(wǎng)絡(luò),根據(jù)條件篩選出核心靶點(diǎn)461個(gè),其中紅色代表潛在藥物靶點(diǎn)(putative drug target),灰色代表其他。根據(jù)degree排序僅顯示排名前100的靶點(diǎn)得到心可舒片干預(yù)AS的候選靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò),見圖3。節(jié)點(diǎn)的大小與degree呈正比關(guān)系,節(jié)點(diǎn)的degree值越大,說明這個(gè)節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中的作用越大。其中,degree值排在前10位的基因分別是B4GALT4、B4GALT2、PRKCD、GCK、GNB1、ADCY2、CASK、ADCY5、PRKAA2SSTR1。其中網(wǎng)絡(luò)中連接度最高的節(jié)點(diǎn)為B4GALT4基因,表明B4GALT4相對應(yīng)的蛋白在心可舒片干預(yù)AS的發(fā)生發(fā)展中具有重要作用。對前10位的基因進(jìn)行Pathway的通路分析,選取PathwayP0.05為有意義的通路。結(jié)果顯示與鈣調(diào)蛋白、G蛋白、γ-氨基丁酸通路密切相關(guān),見圖4。


2.4  心可舒片干預(yù)AS關(guān)鍵靶點(diǎn)生物信息學(xué)分析及成分-靶點(diǎn)-通路多維網(wǎng)絡(luò)關(guān)系構(gòu)建

對候選靶點(diǎn)進(jìn)行GO富集分析,P值排名前20的候選靶點(diǎn)功能信息主要涉及MAPK級(jí)聯(lián)反應(yīng)、免疫過程、氨基酸代謝等多個(gè)生物學(xué)過程;胞外體、線粒體、髓鞘等多個(gè)細(xì)胞組分蛋白激酶結(jié)合、ATP結(jié)合和藥物應(yīng)答等多個(gè)分子功能(圖5-A);對候選靶點(diǎn)進(jìn)行Pathway富集分析,P值排名前20的候選靶點(diǎn)通路信息主要涉及內(nèi)分泌系統(tǒng)中甲狀腺激素、雌激素,神經(jīng)系統(tǒng)中神經(jīng)傳導(dǎo)、谷氨酸能突觸,免疫系統(tǒng)中趨化因子,循環(huán)系統(tǒng)和細(xì)胞生長和死亡等通路(圖5-B)。通過上述分析,借助TCM-IP平臺(tái)建立心可舒片干預(yù)AS“成分-靶點(diǎn)-通路”多維網(wǎng)絡(luò),見圖6。心可舒片干預(yù)AS的成分共80個(gè),丹參中15個(gè)、三七中37個(gè)、山楂中19個(gè)、葛根中7個(gè)、木香中9個(gè)。研究表明,丹酚酸B可通過抗氧化、抗炎和抑制TLR4-NF-κB-TNF-α通道,而影響AS[13];三七總皂苷、人參皂苷Rb1、人參皂苷Rb1、三七皂苷R1均有抗AS作用[14-16];槲皮素可激活PI3K/Akt/NF-κB信號(hào)通路,起到抗AS作用[17];棕櫚酸能夠升高血漿游離脂肪酸水平,熊果酸可能通過調(diào)節(jié)血脂,抑制炎癥反應(yīng)以及降低氧化應(yīng)激損傷而對AS大鼠表現(xiàn)出一定的保護(hù)作用[21];染料木黃酮可以結(jié)合雌激素受體進(jìn)而抑制血管內(nèi)皮細(xì)胞和平滑肌細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞核因子-κBNF-κB)活性及炎性細(xì)胞因子分泌,減少血管內(nèi)皮細(xì)胞及平滑肌細(xì)胞增殖和轉(zhuǎn)移,抑制AS的形成[22]。


2.5  心可舒片干預(yù)AS網(wǎng)絡(luò)機(jī)制探討

對“成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)中取P值排名前5的通路內(nèi)分泌系統(tǒng)(endocrine system)、甲狀腺激素信號(hào)通路(thyroid hormone signalingpathway)、神經(jīng)系統(tǒng)(nervous system)、雌激素受體信號(hào)傳導(dǎo)通路(estrogen signaling pathway)和趨化因子信號(hào)通路(chemokine signaling pathway)中富集的基因進(jìn)行韋恩分析,見圖7。其中,5條通路的共有基因13個(gè):HRAS、RAF1、PLCB2、MAPK3、PLCB3、KRAS、AKT1PIK3R1、AKT3、PRKACA、PIK3CGMAP2K1、SRC。將這13個(gè)基因帶入KEGG Mapper,分析得到共有機(jī)制,結(jié)果顯示心可舒片干預(yù)AS的機(jī)制與干預(yù)PI3K/Akt/eNOSRaf/MEK/ERK途徑密切相關(guān),見圖8。

3  討論

AS是危害人類健康的主要疾病之一,隨著現(xiàn)代醫(yī)學(xué)治療方法的不斷發(fā)展,其病死率呈現(xiàn)下降趨勢,但死亡總數(shù)仍在不斷增加[23]?,F(xiàn)代醫(yī)學(xué)認(rèn)為“損傷反應(yīng)學(xué)說”是AS發(fā)病的主要機(jī)制。其發(fā)病機(jī)制的主要過程首先是內(nèi)皮損傷,其次是脂質(zhì)積聚[3],而粥樣斑塊的形成是動(dòng)脈對內(nèi)皮損傷反應(yīng)的結(jié)果。AS屬于中醫(yī)“胸痹”“脈痹”“真心痛”等病癥范疇,氣滯血瘀證是其主要證候之一[3]。心可舒片由丹參、葛根、三七、山楂、木香5味藥物組成,具

有活血化瘀、行氣止痛的功效。2017年發(fā)布的《動(dòng)脈粥樣硬化中西醫(yī)結(jié)合診療專家共識(shí)》中明確了心丹參、山楂和丹參、葛根藥對于大鼠AS的發(fā)生發(fā)展具有良好的干預(yù)作用,作用與調(diào)節(jié)血脂水平、強(qiáng)抗氧化作用以及增強(qiáng)內(nèi)皮功能有關(guān)[25];臣藥葛根中黃酮類有效成分降低了AS病變內(nèi)巨噬細(xì)胞凋亡,抑制AS斑塊的進(jìn)展[26]。但國內(nèi)外對心可舒干預(yù)AS的研究尚不足。因此,探究心可舒片用于AS的藥效和機(jī)制研究對于心可舒片的進(jìn)一步開發(fā)和應(yīng)用具有十分重要意義。

和內(nèi)皮型一氧化氮合酶(endothelial nitric oxide synthaseeNOS)等多個(gè)靶點(diǎn)。Akt磷酸化后可以促進(jìn)eNOS活化,使內(nèi)皮細(xì)胞產(chǎn)生NO增多,NO具有抑制血小板聚/ eNOS途徑在AS的發(fā)生發(fā)展中起著至關(guān)重要的作用,抑制該途徑,可延緩AS的形成及進(jìn)展。研究表明,其中丹酚酸B可通過PI3K-Akt信號(hào)通路干預(yù)大鼠心肌缺血再灌注損傷[34];人參皂苷Rg1通過PI3K/Akt/eNOS信號(hào)通路調(diào)控異丙腎上腺素致急性心肌缺血大鼠心肌的抗氧化作用[35],但對于AS中信號(hào)通路的影響尚未見報(bào)道。

絲裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases,MAPKs)是細(xì)胞內(nèi)的一類絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶。MAPKs可將細(xì)胞外刺激信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)至細(xì)胞內(nèi)及核內(nèi),而引起細(xì)胞的增殖、分化、轉(zhuǎn)化及調(diào)亡等各種生物學(xué)反應(yīng)[36]。ERKMAPKs中的重要成員之一,可被炎性刺激激活,通過相應(yīng)的下游信號(hào)分子調(diào)節(jié)多種內(nèi)皮細(xì)胞的遷移、分化和增殖。Raf以級(jí)聯(lián)反應(yīng)的方式調(diào)節(jié)相關(guān)靶蛋白,形成經(jīng)典Raf/MEK/ERK途徑。Raf/MEK/ERK途徑可由活性氧(ROS)、Ca2+、蛋白激酶Cprotein kinase C,PKC)等激活,并參與體內(nèi)多種生理生化功能,對細(xì)胞生長、增殖、分化、凋亡均有影響[37]。Raf/MEK/ERK途徑目前在腫瘤治療、神經(jīng)保護(hù)方面研究較多,對抑制Raf/MEK/ERK途徑來抑制腫瘤的發(fā)展己經(jīng)成為腫瘤開發(fā)藥物的新方向,但鮮有其在AS方面的研究。

PI3K/Akt/eNOSRaf/MEK/ERK途徑廣泛存在于體內(nèi)各種細(xì)胞,在血管內(nèi)皮細(xì)胞的多種功能中起重要作用[38]。本研究結(jié)果首次提示心可舒片通過對PI3K/Akt/eNOSRaf/MEK/ERK途徑的共同調(diào)節(jié),保護(hù)血管內(nèi)皮細(xì)胞,從而達(dá)到干預(yù)AS的效果,對于心可舒片的開發(fā)和應(yīng)用具有十分重要意義。心可舒片干預(yù)AS的藥效作用網(wǎng)絡(luò)、方劑配伍關(guān)系仍需在病證背景下做進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

參考文獻(xiàn)(略) 


來  源:李曉宇,徐  男,黃娜娜,吳成勝,劉閏平,郭文鶴,李曉驕陽,孫  蓉. 整合藥理學(xué)方法的心可舒片干預(yù)動(dòng)脈粥樣硬化作用網(wǎng)絡(luò)機(jī)制探討 [J]. 中草藥, 2018, 49(15):3463-3470.

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