今天是第1006期日?qǐng)?bào)。

Nature：腸道免疫細(xì)胞參與食物代謝

Nature[IF:41.577]

① 整合素β7+天然腸上皮內(nèi)T淋巴細(xì)胞（天然IEL）分散在整個(gè)小腸上皮細(xì)胞層，調(diào)節(jié)全身代謝；② 缺乏天然IEL的小鼠代謝極度活躍，在喂食高脂和高糖飲食時(shí)，對(duì)肥胖、高膽固醇血癥、高血壓、糖尿病和動(dòng)脈粥樣硬化具有抗性；③ 天然IEL缺乏對(duì)心血管病的預(yù)防作用，依賴于腸降血糖素GLP-1；④ IEL通過(guò)控制GLP-1受體的表達(dá)，來(lái)調(diào)控GLEL-1的生物利用度；⑤ IEL的調(diào)控作用在食物短缺情況下提供了生存優(yōu)勢(shì)，但當(dāng)今高脂、高糖飲食情況下卻帶來(lái)了健康負(fù)擔(dān)。

Gut intraepithelial T cells calibrate metabolism and accelerate cardiovascular disease
01-31, doi: 10.1038/s41586-018-0849-9

【主編評(píng)語(yǔ)】機(jī)體對(duì)食物的代謝受到精密的調(diào)控。哈佛醫(yī)學(xué)院何順及Swirski作為共同通訊作者在Nature發(fā)表了一項(xiàng)研究，發(fā)現(xiàn)整合素β7+天然腸上皮內(nèi)T淋巴細(xì)胞（天然IEL）可通過(guò)調(diào)節(jié)腸降血糖素GLP-1，影響營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)代謝。該結(jié)果對(duì)闡釋營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)代謝調(diào)控、探究一系列代謝紊亂相關(guān)疾病具有參考價(jià)值。（@小腸）

Nature：IL-22促進(jìn)腸道干細(xì)胞DNA修復(fù)

Nature[IF:41.577]

① 模型小鼠中，缺少白介素（IL）-22信號(hào)的腸道干細(xì)胞（ISC），在致癌物引發(fā)DNA損傷后，無(wú)法有效進(jìn)行DNA損傷修復(fù)（DDR），增加腫瘤易感性；② 穩(wěn)態(tài)下，IL-22促進(jìn)ISC中激酶ATM表達(dá)，以誘導(dǎo)DDR及下游促DNA修復(fù)和細(xì)胞凋亡的效應(yīng)分子p21和Puma等表達(dá)；③ 植物素硫代葡萄糖苷的代謝物（有的有基因毒性）是芳香烴受體配體，能促進(jìn)腸道3型天然淋巴細(xì)胞和γδ T細(xì)胞生成IL-22；④ 吃不含硫代葡萄糖苷食物的小鼠，IL-22生成減少，腸上皮DDR通路受損。

Interleukin-22 protects intestinal stem cells against genotoxic stress
01-30, doi: 10.1038/s41586-019-0899-7

【主編評(píng)語(yǔ)】腸上皮每天都要接受來(lái)自食物和菌群的各種各樣代謝物的“洗禮”，有些代謝物具有基因毒性，能導(dǎo)致DNA損傷和基因突變。為了應(yīng)對(duì)這樣惡劣的環(huán)境，腸上皮中的干細(xì)胞必須活化DNA損傷修復(fù)（DDR）通路，來(lái)維持自身基因組的穩(wěn)定性，并在必要時(shí)誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡，從而減少突變和癌癥發(fā)生。Nature上線的一項(xiàng)最新研究，揭示了腸道中特定免疫細(xì)胞生成的細(xì)胞因子IL-22，在誘導(dǎo)腸道干細(xì)胞DDR通路活化中的關(guān)鍵作用。值得注意的是，十字花科植物富含的植物素硫代葡萄糖苷，其代謝物可激活這些免疫細(xì)胞上的感受器——芳香烴受體，促進(jìn)IL-22生成，從而使腸道干細(xì)胞的DDR通路時(shí)刻處于待命狀態(tài)，限制DNA突變引發(fā)的不良后果。（@李丹宜）

Nature子刊：被忽視的巨大噬菌體

Nature Microbiology[IF:14.174]

① 兩種非洲狒狒以及丹麥豬的腸道菌群中，普遍存在>540kb的巨大噬菌體 ——Lak噬菌體；② Lak噬菌體感染普雷沃菌屬;③ Lak噬菌體使用特殊的密碼子，編碼基因之間的間距大，可表達(dá)多達(dá)35種tRNA，其中有一些含有功能未知的內(nèi)含子；④ 噬菌體基因型具有個(gè)體特異性，腸道中噬菌體類群結(jié)構(gòu)會(huì)不斷變化；⑤ 通過(guò)同源重組，9株狒狒Lak噬菌體基因具有高度混合性；⑥ Lak噬菌體廣泛分布于含有普雷沃菌屬的腸道環(huán)境，可能是常見(jiàn)但被忽視的人類和動(dòng)物腸道微生物。

Megaphages infect Prevotella and variants are widespread in gut microbiomes
01-28, doi: 10.1038/s41564-018-0338-9

【主編評(píng)語(yǔ)】噬菌體對(duì)腸道細(xì)菌結(jié)構(gòu)、營(yíng)養(yǎng)分配、細(xì)菌進(jìn)化等具有重要影響。本研究在哺乳動(dòng)物腸道中發(fā)現(xiàn)了一種巨大噬菌體，該噬菌體的基因結(jié)構(gòu)較特殊，可能擁有尚未被闡釋的特殊生物特征，值得參考。（@小腸）

病毒、宿主和菌群在感染過(guò)程中復(fù)雜的三角關(guān)系（綜述）

Trends in Microbiology[IF:11.776]

① 在哺乳動(dòng)物中，致病性病毒感染更易發(fā)生在皮膚和粘膜表面等多細(xì)菌環(huán)境；② 微生物群能誘發(fā)并維持宿主對(duì)病毒感染的先天性及獲得性免疫；③ 某些病毒能夠利用共生菌及其代謝產(chǎn)物，從而促進(jìn)病毒感染，在腸道環(huán)境中尤其顯著；④ 急性或慢性的病毒感染改變了共生菌群的組成和豐度，并對(duì)宿主造成短期或長(zhǎng)期的影響；⑤ 確立菌株或腸/肺型與病毒感染的聯(lián)系是當(dāng)前的首要目標(biāo)，共生菌既是免疫防御的重要因素，也是診斷和治療病毒感染的靶點(diǎn)。

Ménage à trois: Virus, Host, and Microbiota in Experimental Infection Models
01-08, doi: 10.1016/j.tim.2018.12.004

【主編評(píng)語(yǔ)】病毒、共生菌群和宿主的互作對(duì)病毒感染、菌群結(jié)構(gòu)變化具有重要影響。本綜述回顧了近年來(lái)在實(shí)驗(yàn)感染條件下，病毒、共生菌群和宿主的互作的研究進(jìn)展，值得參考。（@小腸）

泌尿生殖系統(tǒng)腫瘤中菌群的作用（綜述）

European Urology[IF:17.581]

① 泌尿生殖系統(tǒng)的惡性腫瘤（GC）與其菌群關(guān)系密切；② 膀胱癌、腎癌和前列腺癌患者的菌群或是直接致病因素，亦或通過(guò)菌群產(chǎn)生的促炎因子引發(fā)慢性炎癥，是GC發(fā)生的輔因；③ 藥物和化放療可改變胃腸道菌群，菌群參與調(diào)節(jié)免疫反應(yīng)及藥物代謝，進(jìn)而影響藥物的生物利用度和活性，影響治療效果；④ 通過(guò)檢測(cè)泌尿系統(tǒng)和生殖系統(tǒng)不同部位的菌群有助于GC的預(yù)測(cè)和預(yù)后；⑤ 菌群影響腫瘤免疫治療療效，糞菌移植或可在GC患者的免疫治療中發(fā)揮重要作用。

The Microbiome and Genitourinary Cancer: A Collaborative Review
01-14, doi: 10.1016/j.eururo.2018.12.043

【主編評(píng)語(yǔ)】European Urology上發(fā)表的一篇綜述文章，詳細(xì)介紹了泌尿生殖系統(tǒng)腫瘤中，泌尿生殖系統(tǒng)菌群及胃腸道菌群的直接或間接致病作用，以及菌群對(duì)腫瘤治療的影響。（@沈志勛）

運(yùn)用多組學(xué)分析評(píng)估飲食對(duì)運(yùn)動(dòng)員免疫系統(tǒng)的影響（綜述）

Annual Review of Food Science and Technology[IF:9.523]

① 飲食在提高高強(qiáng)度和長(zhǎng)時(shí)間鍛煉后的免疫代謝恢復(fù)率方面發(fā)揮重要的作用；② 從糖飲料或水果（如香蕉）中急性攝入碳水化合物可減少運(yùn)動(dòng)引起的代謝紊亂和炎癥；③ 水果的攝入提供的不僅僅是糖分，水果代謝物及其酚類物質(zhì)具有抗炎和抗病毒作用；④ 建議運(yùn)動(dòng)員多吃水果，以促進(jìn)長(zhǎng)期健康，如降低上呼吸道感染的幾率和慢性疾病的發(fā)病率；⑤ 全系統(tǒng)、代謝組學(xué)、脂質(zhì)組學(xué)和蛋白組學(xué)方法可評(píng)估各種飲食干預(yù)措施的有效性，應(yīng)揭示針對(duì)運(yùn)動(dòng)員的最佳劑量方案。

Immunometabolism: A Multi-Omics Approach to Interpreting the Influence of Exercise and Diet on the Immune System
01-11, doi: 10.1146/annurev-food-032818-121316

【主編評(píng)語(yǔ)】Annual Review of Food Science and Technology上發(fā)表的一篇綜述文章，詳細(xì)介紹了利用多組學(xué)分析方法揭示的不同食物組分對(duì)運(yùn)動(dòng)員免疫系統(tǒng)的影響。（@沈志勛）

靶向腸道菌群治療酒精性肝病（綜述）

Journal of Hepatology[IF:14.911]

① 酒精性肝病與腸道菌群密切相關(guān)；② 腸道屏障通透性的增加介導(dǎo)了腸道菌群對(duì)酒精性肝病進(jìn)展的影響；③ 腸道細(xì)菌及菌群代謝產(chǎn)物轉(zhuǎn)移到肝臟，誘導(dǎo)和促進(jìn)炎癥，并導(dǎo)致肝細(xì)胞死亡和纖維化反應(yīng)；④ 菌群失調(diào)可改變菌群代謝功能及膽汁酸的組成與循環(huán)，并引起與酒精相關(guān)性肝病發(fā)病和進(jìn)展相關(guān)的免疫失調(diào)；⑤ 飲食干預(yù)、益生菌/益生元、抗生素、糞菌移植等菌群干預(yù)手段或可用于治療或緩解酒精性肝病，糞菌移植可提升嚴(yán)重酒精性肝病患者的生存率。

Microbiome as a therapeutic target in alcohol-related liver disease
02-01, doi: 10.1016/j.jhep.2018.10.019

【主編評(píng)語(yǔ)】Journal of Hepatology上發(fā)表的一篇綜述文章，詳細(xì)介紹了在酒精性肝病中，腸道菌群所起的重要作用，并討論了以腸道菌群為靶點(diǎn)治療酒精性肝病的潛在可能。（@沈志勛）

腸道菌群進(jìn)化靠常駐細(xì)菌基因突變，還是外來(lái)細(xì)菌入侵？

PLoS Biology[IF:9.163]

① 利用新的進(jìn)化信號(hào)分析方法和模型，可分析腸道細(xì)菌進(jìn)化與人類群體遺傳學(xué)的關(guān)聯(lián)；② 腸道菌群在短時(shí)間內(nèi)積累的基因差異，主要來(lái)源于常駐細(xì)菌的基因變化，而并非遠(yuǎn)親菌株的入侵；③ 常駐菌群的基因變化不僅來(lái)自于新突變的產(chǎn)生，也來(lái)源于基因重組；④ 長(zhǎng)時(shí)間尺度下，腸道菌群基因變化主要源于遠(yuǎn)親菌株的入侵；⑤ 腸道細(xì)菌可以在與人類相關(guān)的時(shí)間尺度上進(jìn)化；⑥ 腸道菌群有助于研究復(fù)雜環(huán)境中微生物進(jìn)化動(dòng)力學(xué)，類似方法可用于描述其他環(huán)境中菌群演化。

Evolutionary dynamics of bacteria in the gut microbiome within and across hosts
01-23, doi: 10.1371/journal.pbio.3000102

【主編評(píng)語(yǔ)】腸道共生細(xì)菌也處于不斷演化的過(guò)程中。本研究開(kāi)發(fā)了一種可分析腸道細(xì)菌進(jìn)化動(dòng)力學(xué)與人類群體遺傳學(xué)的關(guān)聯(lián)的方法，利用該方法發(fā)現(xiàn)腸道菌群短程、長(zhǎng)程基因變化分別來(lái)源于常駐細(xì)菌突變和外來(lái)細(xì)菌入侵，基因差異能匹配人類相關(guān)的時(shí)間變化。（@小腸）