高通量技術測序與生物信息學的飛速發(fā)展，各種類型的RNA都像浩瀚海洋中的一條條魚被發(fā)現(xiàn)并打撈上岸，而后不同類型的魚或因珍貴程度、或因營養(yǎng)價值、或因研究需求等受到人們不同的處理方式，或被食用、或被保護、或被研究、或被觀賞......LncRNA是目前研究的熱點與難點，如何更好地研究它呢，往下看，或許能帶來些許幫助。

我是誰？

我（LncRNA）就是長鏈非編碼RNA，目前的大明星，雖然是一類不編碼蛋白，轉錄本長度超過200nt（nucleotide，核苷酸）的RNA分子。我主要是住在叫細胞核的房子里，我們的個性很強（不同物種間保守性較差），完全順應了時代發(fā)展的潮流，數量上遠遠超過我們的姐妹（mRNA），有時候我們很像，如果不小心辨認，我們會被錯認。關于我的故事有很多很多，想多了解我一點，就趕緊行動起來，高通量測序是就是認識我最強大的一個武器哦。

我本領？

我不能像mRNA那樣，赤裸祼地表達著自己的喜怒哀樂，我會以一種含蓄而神秘的方式來展現(xiàn)自己，時而扮演特定信號的角色，代表新生活的開始（時空特異性表達）；時而扮演大學導師的角色，指導學生們的課題方向（指導蛋白復合物定位到特定調控位點）；時而扮演學生干部的角色，組織各組成員管理班級（與蛋白和/或RNA形成各種復合物）；時而扮演嫵媚女子的角色，吸引著許多已婚或者未婚人未婚人（引誘其它調控RNA或蛋白與之結合）......不管何種方式，最終目的是調控靶基因。

我靶標？

我存在的目的是調控靶基因的表達，那么怎么樣來尋找我的靶基因呢？信息時代，只要你上網搜索，會有很多結果。

• 如果你知道我的大名（已知gene symbol 的LncRNA），可以直接通過軟件數據庫進行查看。比如：

starBase：http://starbase./index.php

ChIPBase：http://rna./chipbase/index.php

NONCODE：http://www./index.php

• 如果我是新發(fā)現(xiàn)的呢？如何查找？可以從我作用模式來研究。我對基因的調控要么順式（cis）作用，要么是反式（trans）作用，根據這兩種方式分別進行預測。

順式作用靶基因預測認為LncRNA的功能與其坐標臨近的蛋白編碼基因相關，位于編碼蛋白上下游的LncRNA可能與啟動子或者共表達基因的其他順式作用元件有交集，從而在轉錄或者轉錄后水平對基因的表達進行調控。確定一個LncRNA具有順式調控作用通常要滿足3個條件：1是它與附近的基因表達情況保持一致；2是它失活后會影響周圍基因的表達；3是它會影響附近同一位點的基因表達。方法在于首先要找出位于LncRNA上游或者下游附近（10K）的編碼蛋白基因，通過對編碼蛋白的功能富集分析，從而預測LncRNA的主要功能，為后續(xù)順式作用分析打下基礎。 

反式作用靶基因預測認為LncRNA的功能跟編碼基因的位置關系沒有關系，而與其共表達的蛋白編碼基因相關。當它與一些距離較遠的基因在表達量上存在正相關或負相關的情況時，就可以通過樣本間LncRNA與蛋白編碼基因的表達量相關性分析或基因共表達網絡分析來預測其靶基因。LncRNA的反式作用靶基因預測只適合于樣本量大的情況，如果樣本量太少（如6個以下），分析將不可靠

• LncRNA 除了順式與反式作用調控后，還可參與轉錄后調控，這里主要是針對miRNA等這樣的小RNA，通過堿基互補的方式發(fā)生關系。反義LncRNA可與正義鏈的mRNA結合調控基因沉默與轉錄進程，可以利用RNAplex等軟件預測LncRNA與mRNA之間的互補配對關系，計算最小自由能來預測最佳堿基配對關系。

核實我？

根據預測與生物學意義，選定LncRNA，后續(xù)我們還可以做的驗證實驗：

最常用的方法：

①　qPCR的方法驗證LncRNA與mRNA的關系；

②　ceRNA調控機制研究；

③　功能研究（基因敲除或者過表達，查看相關基因的表達或者細胞表型變化）；

④　免疫共沉淀研究：RNA pull down、RNA-RIP、ChIP-seq等方法檢測與LncRNA結合的DNA、RNA、蛋白質；

⑤　LncRNA表觀調控研究；

⑥　......

參考資料：

https://sanwen8.cn/p/2abSAHX.html