南宋的書院已建立起一套比較完備的制度。從辦學宗旨、培養(yǎng)目標、教學內容和方式，以及教師的選聘、學生來源及條件、經費籌集和組織管理等，都有了比較明確的規(guī)定和比較穩(wěn)定的條例。朱熹為白鹿洞書院親手擬訂的《白鹿洞書院揭示》(也稱《白鹿洞書院教條》、《白鹿洞書院學規(guī)》)成為各書院的標準條規(guī)，為書院制度化建設作出了重要貢獻。

　　書院的規(guī)模進一步擴大，設施也漸趨完備，而且形成了較穩(wěn)定的建筑格局。一般書院多由祭祀設施、藏書樓、講堂、齋舍、生活設施五部分組成。講堂多達十余間，齋舍百余間，容納生徒和來訪者數(shù)百人。
　　書院教育的內容和形式日益充實和豐富，教育特色更為突出和顯著。藏書、祭祀、講學都受到充分的重視，并且形成了相應的制度，創(chuàng)設了較好的條件。
　　書院的藏書受到廣泛的重視。除請求朝廷御頒書籍外，還收藏友朋贈書，并遣人四處購書。專建藏書樓和書庫，委派專人掌管。不少書院著手自己編書、刊刻書籍。各書院差不多都成為當?shù)匾粋€藏書最豐富的場所，因此成為一個地區(qū)的文化教育中心。
　　書院的祭祀活動是一項特有的活動內容，也是書院教育的一大特色。祭祀活動似乎帶有某種宗教色彩，實際上，通過書院祭祀的對象可以表明該書院的學術宗旨和特點。書院除一般供祀孔孟等先圣先師之外，特別重視供祀周、程、張等北宋的理學大師，表明書院大都與理學有關，是講理學的書院。不少書院都各有自己特有的供祀對象，多把本學派的創(chuàng)始人，或與該書院有密切關系的代表人物加以供奉，用以提高書院的社會地位，標明或保持該書院的學派特點和學術特色。書院供祀與佛道寺觀的祭祀方式也有所不同，不是祈求某些神靈的保佑，而是為人樹立某種典型形象，是一種生動的教育形式。
　　講學是書院的主要活動內容，也是書院作為教育機構的重要標志。書院的講學有許多新發(fā)展。講學人可慕名聘請，或書院主持人自講，還可臨時請名人講演。不同學派可以互相交流、論辯。如：朱熹曾邀請陸九淵到白鹿洞書院講“君子喻于義，小人喻于利”；黃榦〔gan干〕(朱熹的得意弟子)去廬山訪友，曾應邀在白鹿洞書院講“乾坤二卦”；朱熹曾赴岳麓書院同張栻會講。名師在書院講學，聽講者不限本書院師生，外地士子也可前來聽講，如：黃榦在白鹿洞書院講“乾坤二卦”時，“山南北之士皆來集”。有的書院還曾實行高足弟子代講。如陸九淵在槐堂講學時，令弟子鄧約禮為齋長，有求見問學者，先令其從鄧問學；在應天山精舍講學時，又以從鄧約禮學習的傅子云代講。名師講學常把所講內容整理成講義，學生聽講也如實邊聽邊記。如：陸九淵在白鹿洞書院講學的“書堂講義”，呂祖謙在麗澤書院講學也有“麗澤講義”。學生的聽講筆記也常整理總匯起來，如：《朱子語類》140卷，就是輯錄朱熹99個弟子的多年聽講筆記而成的。后世教學中教師的講義和學生的聽課筆記大概就是由此沿襲而來的。南宋講學的優(yōu)良傳統(tǒng)，到明代書院又有進一步發(fā)展，成為獨具特色的書院講會制度。
　　南宋書院數(shù)量多、規(guī)模大、地位高、影響廣，差不多取代了官學，成為當時許多地區(qū)的主要教育機構。

　　南宋書院的勃興是多方面因素促成的。概括起來，大概有四個方面的原因：
　　第一，官學的衰落。

慶歷以后把發(fā)展教育的重點寄托在興辦官學上，然而三次興學運動均告失敗，所存者也僅有學校的形式，而無教育的實績。
　　紹熙三年(公元1192年)吏部尚書趙汝愚在一份奏折中指出：中興以來，朝廷建太學，行貢舉，造成“奔競之風勝，而忠信之俗微”，學校中“工雕篆之文，無進修之志”，“視庠序如傳舍，目師儒如路人，季考月書，盡成具文”(《《宋史·選舉志》)。
　　朱熹在《學校貢舉私議》中也說：“所謂太學者，但為聲利之場，而掌其教事者不過取其善為科舉之文”，“師生相視漠然如行路之人，間相與言，亦未嘗聞之以德行道藝之實”，學校“又只以促其嗜利茍得，冒昧無恥之心。殊非國家之所以立學教人之本意也”(《朱文公文集》)。
　　兵部侍郎虞儔〔chou愁〕曾上書指出：“近來州郡之學，往往多就廢壞。士子游學，非圖啜[饣甫]以給朝夕，則假衣冠以誑流俗。而鄉(xiāng)里之自好者，過其門而不入，為教授者，則自以為冷官，而不事事。自一郡觀之，若未甚害也，舉天下皆然，則實關事體也?！彼嵉卣f：“朝廷建一官，蓋欲使之治一職，茍以為迂闊于事，無補于時，曷不一舉而廢之！吏祿學糧，猶可省也?！?《續(xù)文獻通考·學?？肌?
　　北宋的興學，提高了官學的社會地位，但是官學學生尤其是太學生成為一股強大的政治勢力，論陳時政，成為了風氣。至南宋時，太學生伏闕上書，干預朝政的聲勢更加強烈，造成相當大的社會影響和政治壓力。如：陳東在欽宗和高宗時曾七次上書，并領導了太學生請愿運動；光宗紹熙五年(公元1194年)太學生汪安仁等200余人上書；寧宗慶元元年(公元1195年)太學生楊宏中等六人上書；理宗淳祐十年(公元1250年)太學生劉黻〔fu伏〕等六人上書。因此，朝廷感到與其發(fā)展官學，不如鼓勵讀書士子在深山寂林創(chuàng)設書院閉門讀書、潛心修養(yǎng)更為可靠，至少可以減少許多麻煩。另一方面還有經濟上的考慮。北宋興辦官學，上自太學，下至州府縣學，一切費用概由官府負擔，需要大批經費，而國家經濟實力又不足以維持數(shù)量眾多的學校。南宋時，國家財政更為困難，盡管高宗曾宣稱：“朕不惜百萬之財以養(yǎng)士”，究竟不免因實際困難而發(fā)生動搖。朱熹在《建寧府崇安縣學田記》中記敘過州縣學經費困難的窘況：“崇安縣故有學而無田，遭大夫之賢而有意于教事者，乃能縮取他費之贏以供養(yǎng)士之費。其或有故而不能繼，則諸生無所仰食，而往往散去，以是殿堂傾圯，齋館荒蕪?！敝祆涓袊@道：“然養(yǎng)士之需，至以天下之力奉之而不足，則亦豈可不謂難哉”，總不能老讓讀書人“歲終裹飯而學于我”吧！因經費困難致使官學時作時輟，難以維持，而自籌經費，置田設學的書院倒有獨特的優(yōu)勢，遂應運而盛。
　　第二，科舉制度的腐敗。

南宋官學的衰落和科舉制度的腐敗是互為因果的，在一定意義上說，正是科舉制度的腐敗，進一步加劇了官學的衰落。因此，南宋許多有志之士對官學的批評多從抨擊科舉制度的弊病著眼的。
　　南宋的書院都標榜反對科舉。朱熹在復興白鹿洞書院時，就反復勖勉學生不要參加科舉，不要只想做官，不要追求利祿，應當牢記古代圣賢教人為學之意，講明義理，以修身心，然后推己及人。要像顏淵那樣，居陋巷而不改其樂，鉆研賢圣經傳，只求明誠兩進，德業(yè)雙修，道藝并進。朱熹的許多詩句都貫穿這種精神。
　　一首稱：
　　曰明誠其兩進，抑敬義其偕立。
　　允莘摯之所懷，謹巷顏之攸執(zhí)。
　　彼青紫之勢勞，亦何心于俯拾。
　　(《朱文公文集》卷一)
　　另一首稱：
　　青云白石聊同趣，霽月風光更別傳。
　　珍重個中無限樂，諸郎莫若羨騰騫。
　　(《朱文公文集》卷七)
　　還有一首稱：
　　深源定自閑中得，妙用元從樂處生。
　　莫問無窮庵外事，此心聊與此山盟。
　　(《朱文公文集》卷七)
　　都是提倡和鼓勵學生向顏淵學習，追求一種“孔顏樂處”的精神境界。
　　值得注意的是，南宋學者創(chuàng)書院講學，讀書士子熱心于求學書院，不同于唐末五代的士人隱居山林，以避戰(zhàn)亂的消極心態(tài)。朱熹等人也并非真的超俗出世，而是希望造就具有“德行道藝之實”的人才，以匡正天下，挽救世風世俗。
　　第三，理學的發(fā)展和成熟。
　　理學的發(fā)展和成熟，促進了南宋書院的勃興。南宋的書院多是宣講理學的書院，理學成為南宋書院的基本教育內容；南宋的理學主要通過書院進行傳播，南宋書院成為研究和傳播理學的重要基地。著名學者楊時說：“學而不聞道，猶不學也?！比粲挂舱f：“創(chuàng)書院而不講明此道，與無書院等?！彼^“道”，即道學之道，也就是理學之道。表明理學與書院的關系是極為密切的。
　　理學奠基于北宋時期。周敦頤、二程、張載、邵雍等人，反對漢唐經學教育只重章句訓詁、箋注，主張為學要講究明心養(yǎng)性，講明義理，認為仁、義、忠、信不離乎心，本源于理，正心、誠意、修身為為學之本，必須以《易》為宗，以《大學》、《中庸》為體，以孔、孟為法，構建起理學的基本體系和框架。朱熹以畢生精力完成對《大學》、《中庸》、《論語》、《孟子》的注釋工作，合稱為《四書集注》，并推崇為“經”的權威神圣地位，標志著理學已進入成熟階段，朱熹也成為理學的集大成者。
　　隨著理學體系的成熟，也就步入傳播階段，以便廣泛擴大理學的影響。書院講學是傳播理學的最好方式和最佳途徑，因為書院具有教學與學術研究相結合的特點，書院大都不受或較少受科舉考試的制約，便于自由講授，自由研討。因此，書院成為研究和傳播理學的最理想的場所，成為發(fā)展理學的學術教育基地。
　　理學形成了不同的學派，每一學派都創(chuàng)辦了一批各具特色的書院。如：朱熹復興白鹿洞書院，張栻主講岳麓書院，陸九淵講學于應天山精舍和象山精舍，呂祖謙主講麗澤書院等。他們各以書院為基地傳播自己學派的學術思想，實現(xiàn)自己學派理想的教育目標。特別是他們的弟子門人又各創(chuàng)書院，以擴大影響，造成了書院繁盛的局面。
　　第四，印刷業(yè)的發(fā)達。

書院以藏書豐富為特征。自學讀書是書院教學的一大特色。藏書是書院教育活動的重要內容之一，也是書院教育的悠久的優(yōu)良傳統(tǒng)。
　　中國的印刷術是世界聞名的重大發(fā)明，長期處于世界領先的地位。印刷術的發(fā)明，印刷條件的改善，是書院發(fā)展的重要條件。王應麟在其所著《玉?！分薪忉寱簳r稱：“院者，取名于周垣也?！本褪钦f，書院就是指有圍墻院落的藏書、校書、讀書的場所。書院與書籍是不可分的。
　　南宋時期，印刷術又有了新的進步，刻版印刷的發(fā)展，大大提高了刊印圖書的效率和質量。除了官方的刊書機構，大量出現(xiàn)私家書坊，為私人藏書提供了方便。書院藏書的條件得到了保障和改善，并且開創(chuàng)了書院刊印圖書的歷史。后世圖書館藏書中的珍本書、善本書，一部分就是“書院本”。如：婺源麗澤書院在理宗紹定三年(公元1230年)重刻司馬光的《切韻指掌圖》二卷；龍溪書院于淳祐八年(公元1248年)刻《陳北溪集》50卷；象山書院于紹定四年(公元1231年)刻袁燮的《家塾書抄》12卷；建安書院于咸淳元年(公元1265年)刻《朱文公文集》100卷，《續(xù)集》10卷，《別集》11卷。
　　圖書的大量刊印，有利于圖書收藏，也為書院的發(fā)展提供了有利的條件。特別是書院刻書業(yè)的發(fā)展，擴大了書院的社會影響，提高了書院的社會地位，也方便了書院的教學和研究工作的開展和提高，對書院的勃興起了重要的推動作用。