小L生信日記

大家好，我是金特達基因新來的實習(xí)生小L，現(xiàn)在正在跟著生信部的小哥哥和小姐姐學(xué)習(xí)生信分析。

作為一個小白，剛開始很是惶恐~但真正接觸之后，發(fā)現(xiàn)其實好像很簡單

我現(xiàn)在想把自己的生信學(xué)習(xí)經(jīng)歷公布出來，希望能幫助“和我一樣的”小白入門生信，或者初步了解一些生信相關(guān)基礎(chǔ)知識。

學(xué)習(xí)生信第一步：linux

在生信學(xué)習(xí)中，linux 是必不可少的存在。

當小L聽到要先學(xué)習(xí)linux系統(tǒng)時，不禁發(fā)出了學(xué)渣的疑問:“啊哈，電腦不都是windows系統(tǒng)嗎？”

當然不是。小L根據(jù)自己的理解簡單說一下，linux系統(tǒng)就像windows系統(tǒng)一樣是連接電腦硬件（電腦本身）和軟件（應(yīng)用程序）的操作系統(tǒng)，就把它當做另外一個windows好了。

小L剛開始主要是熟悉linux操作環(huán)境、學(xué)習(xí)生信人員常用到的命令及命令組合，為以后的學(xué)習(xí)做準備。就是下面這些：

1.下載Xshell客戶端，建立linux操作環(huán)境。

網(wǎng)址：

https://www./download/free_license.html

上面的網(wǎng)址可以免費下載Xshell 客戶端（下圖），按照操作提示進行即可。

2. 打開，登錄服務(wù)器，會出現(xiàn)以下界面

“zhao…@hpc2”：用戶名及服務(wù)器

“~”：是指home 目錄；如果進入其他目錄，符號會發(fā)生改變

“$”： 是指普通用戶；如果是“根用戶”，則是“#”

綠色光標：是指命令輸入位置

3. 學(xué)習(xí)linux常用命令

“mkdir”命令：創(chuàng)建目錄

語法：mkdir [參數(shù)] [目錄名]

范例：為了不影響到公司里其他人的使用，小L要先給自己新建一個目錄“xiaoL-test”，輸入命令：“mkdir xiaoL-test”

“cd”命令:改變當前目錄至指定目錄。

語法：cd [目錄名]

范例：然后，我們從主目錄（~）切換至新建的目錄 “xiaoL-test”，輸入命令：“cd 目錄名/” ，接下來可以看到位置已經(jīng)切換成功：

大家可以根據(jù)情況選擇直接在主目錄中運行或者像小L一樣新建一個目錄。

“l(fā)s”命令：list的簡寫，列出目錄里的文件和下級目錄。

語法：“l(fā)s [參數(shù)] [目錄]”

范例：輸入ls，會發(fā)現(xiàn)沒有任何變化，這是因為目錄“xiaoL-test”中沒有任何內(nèi)容

那么，我們可以用上面學(xué)到的“mkdir”命令新建一個目錄“dir1”，輸入命令：“mkdir dir1”，然后再輸入“l(fā)s”命令，會看到已經(jīng)新建好的目錄“dir1”：

常用參數(shù)：

-l : long (顯示長的完整信息)

-a : all (顯示隱藏文件)

-t : time (按時間順序排序)

-r : 反向排序

范例：輸入命令“l(fā)s –l”，列出所有目錄的詳細信息。

“total 4”是指：該目錄所占的空間大?。ㄈ绻夸浵掠凶幽夸?，只包括其meta 信息的大小，不是真正的文件夾的大?。?/p>

“drwxrwwxr-x”是指：該目錄的權(quán)限信息

其中：d --- 代表是一個目錄

        r ---  代表readable，可讀

        w ---  代表writable，可寫

        x ---  代表 executable，可執(zhí)行

“zhao…”是指：用戶名

“rd”是指：用戶組

“4096”是指：該目錄的meta 信息所需要占的空間大小

“Jan 13 19:41”是指：建立時間

“dir1”是指：子目錄

“l(fā)l”命令：即ls –l，顯示的信息更全。

常用選項為：ll –trh

-h : 更清楚顯示文件大小

-tr : 同ls

“pwd”命令：顯示用戶當前所在路徑（絕對路徑）

語法：pwd [選擇性參數(shù)]

范例：直接輸入命令：“pwd”，可以看到當前所在路徑。

“mkdir”命令：新建目錄

語法：mkdir [參數(shù)] [目錄名]

為了學(xué)習(xí)后面的命令，我們現(xiàn)在重新使用一遍“mkdir”命令，新建幾個目錄

范例1：輸入命令“mkdir dir1/dir1.1”，會在已有的目錄“dir1”下新建一個子目錄“dir1.1”，命令完成之后，點擊“l(fā)s”命令進行查看

范例2：輸入命令“mkdir –p dir2/dir2.1”,會新建一個目錄“dir2”，并在“dir2”下新建一個子目錄“dir2.1”，輸入“l(fā)s”命令查看（注意其與范例1的區(qū)別）：

“rm”命令：刪除文件/目錄

語法：rm [參數(shù)] [文件/目錄]

參數(shù)：-r：逐級遞歸的將目錄和子目錄下內(nèi)容刪除

    -f：忽略不存在的文件，強制執(zhí)行

范例：輸入命令：“rm –rf dir2”，會強制刪除dir2目錄及其所有內(nèi)容；輸入“l(fā)s”命令進行查看：

（警告：linux里面一定謹慎使用rm, 尤其盡量不要使用-rf 參數(shù)。Linux里面沒有回收箱，刪除的文件一般很難恢復(fù)，所以建議謹慎使用。）

“cp”命令：即Ctrl C，將指定文件/目錄復(fù)制到另一文件/目錄中

語法：cp [參數(shù)] [源文件] [目標文件]

參數(shù)：-r：遞歸復(fù)制目錄下的子目錄

范例：輸入命令“cp –r dir1 dir3/”，將目錄“dir1”及其下的子目錄一并復(fù)制到目錄“dir3”中 ；輸入“l(fā)s dir3/dir1”進行查看：

（小L這里又新建了一個目錄“dir3”，就不展示過程了，你肯定能做到，自己試一試）

“mv”命令：目錄/文件的移動

語法：mv [參數(shù)] [源文件] [目標文件]

范例：操作和“cp”命令類似，不重復(fù)講解。這里介紹一個應(yīng)用，“mv”命令還可用于改名，輸入命令：“mv dir3 dir2/”,就將目錄“dir3”的名字改成了“dir2”；同樣，輸入“l(fā)s”命令查看：

目錄與文件

上面的命令大多是目錄相關(guān)的命令，接下來是文件相關(guān)的命令。

注意！此處需要分清目錄（directory， dir）與文件（file）。小L起初就是沒分清兩者的區(qū)別，才一直出現(xiàn)錯誤?。?！

“vi”命令：文本編輯器，可在命令行界面下編輯文字。

語法：vi [參數(shù)] [文件名]

vi有3種命令模式：

Command（命令）模式，用于輸入命令；

Insert（插入）模式，用于插入文本；

Visual（可視）模式，用于視化的的高亮并選定正文

范例：輸入命令“vi file1”，會自動跳入編輯文本頁面，輸入文本；此時在“INSERT（插入）”模式，需按“ESC”切換過來；

切換過來之后，輸入“：”，光標會自動跳轉(zhuǎn)到末尾，接著輸入命令：“wq！”或者“：wq”，即可將文本保存至“file1”

輸入“l(fā)l”命令，可以看到已經(jīng)新建了文件“file1”

“cat”命令：查看文件（file）內(nèi)容

語法：cat [參數(shù)] [文件]

（注意，不能用來查看“dir”內(nèi)容）

范例：接下來，我們可以查看上一步驟中編輯的文本，輸入命令：“cat file1”，即可查看：

也可以輸入命令：“cat –n file1“，可以查看文件”file1“并顯示行號：

“more“命令：按屏顯示文本文件

語法：more [參數(shù)] [文件]

該命令適用于文本內(nèi)容較多的文件，可以按回車鍵逐行向下翻，按空格鍵直接翻下一頁，按“b“上翻一頁，按“q“退出。

“head/tail”命令：只查看文件的開頭/最后幾行

語法：head/tail –n [文件]

范例：該命令適用于比較大的文件，輸入命令：“head/tail –3 file1”,查看文件“file1”的前/后3行：

linux常見命令就寫到這里，相信大家都已經(jīng)熟悉了linux操作環(huán)境，也學(xué)會了生信人員常用到的命令及命令組合。

更多l(xiāng)inux命令見下面網(wǎng)址：

https://bioinformatics./unix-basics/

想對linux有更深學(xué)習(xí)的同學(xué)，要自己多花時間學(xué)習(xí)哦~

接下來就是生信學(xué)習(xí)第二步，要學(xué)習(xí)什么呢？

我們下期見！

小L