和元皇朝的創(chuàng)建者忽必烈同出自拖雷系，且占據(jù)波斯、呼羅珊、伊拉克等地的、由旭烈兀建立的伊兒汗國，采取清晰而實用的宗教政策，與宗教文化繁雜的元皇朝正好形成對比，這使旭烈兀及其子孫占據(jù)的伊兒汗國社會的經(jīng)濟得以相對穩(wěn)定發(fā)展，統(tǒng)治階級政權(quán)也具有相對穩(wěn)定性。旭烈兀開國之初，宗教政策與元皇朝并無二致。有鑒于蒙古帝國的蒙古族軍力強盛而人口居于少數(shù)地位的現(xiàn)實，他們以基督教的保護者自居，與人口較多的亞美尼亞和格魯吉亞等地的基督徒一起，有效地利用當(dāng)時波斯、敘利亞等地的基督教傳統(tǒng)，專注于對穆斯林等所謂的“異教徒”進(jìn)行打壓；為了支持龐大軍備和征伐所需資金和物資，又把從漢地帶來的畏兀兒佛教徒任用為各占領(lǐng)區(qū)的達(dá)魯花赤，利用他們的管理經(jīng)驗籌集糧秣。在統(tǒng)治的中后期，看到伊斯蘭教在中下層百姓中的影響日益增長，他們及時調(diào)整宗教政策，轉(zhuǎn)而通過伊兒汗國汗室以及其他蒙古貴族與穆斯林上層人士通婚等形式，來鞏固統(tǒng)治基礎(chǔ)。

    黃金家族的窩闊臺系、察合臺系等諸汗國則相對穩(wěn)定，在與拖雷系忽必烈爭奪大蒙古帝國正統(tǒng)的斗爭中，基于各種考慮，一直對伊斯蘭教情有獨鐘，僅東察合臺汗國就曾經(jīng)有一次十六萬人全部皈依了伊斯蘭教的記載，對于后來與為數(shù)眾多的穆斯林相處提供了宗教文化紐帶。

    黃金家族朮赤系創(chuàng)建的欽察汗國，在經(jīng)歷了早期嚴(yán)重的揚基（基督教）抑伊（伊斯蘭教）過程后，很快也被突厥和伊斯蘭文化迅速同化了。

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