聽說(shuō)看到這個(gè)標(biāo)題你是一臉懵逼的狀態(tài)！那就讓omicsPie的老司機(jī)們帶你飛吧！點(diǎn)贊關(guān)注打賞組學(xué)派的小伙伴們?cè)缇妥呱先松鷰p峰了，你還在等什么？仔細(xì)閱讀文章哦，文中有彩蛋，看你有沒(méi)有發(fā)現(xiàn)！

在組學(xué)研究課題中，如果提起數(shù)據(jù)庫(kù)，你會(huì)想到什么？小編敢肯定，KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因與基因組百科全書）必將位列前幾位。作為系統(tǒng)生物學(xué)的重要工具，KEGG系統(tǒng)地包含了基因組、酶促反應(yīng)以及生物化學(xué)物質(zhì)等等，為基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、代謝組等組學(xué)研究的數(shù)據(jù)挖掘提供了重要的支撐。

雖然KEGG可以在線訪問(wèn)，但對(duì)組學(xué)研究的童鞋們來(lái)說(shuō)，能夠批量訪問(wèn)和使用才是王道。今天，小編給介紹KEGG中為批量訪問(wèn)而提供的一個(gè)重要工具，KEGG API接口。通過(guò)它，大家就可以方便地將KEGG整合到大家的工作當(dāng)中。KEGG API是一個(gè)連接KEGG各類數(shù)據(jù)庫(kù)的應(yīng)用程序，主要以URL形式進(jìn)行訪問(wèn)：http://rest./<operation>/<argument>[/<argument2[/<argument3> ...]]<operation> = info | list | find | get | conv | link | ddi

1. 總體的調(diào)用形式：

URL 形式：

http://rest./<operation>/<argument>[/<argument2[/<argument3> ...]]

<operation> = info | list | find | get | conv | link | ddi

總共7種操作可以選擇，包括info, list, find, get, conv, link, ddi。后面會(huì)具體介紹。

Database 名稱

KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)包括了三大類的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括 KEGG database; KEGG MEDICUS extension database; Outside database (主要用于ID的變換)。

Database entry identifier（標(biāo)識(shí)符）

命名規(guī)則：

KEGG自身帶有17個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，除了“genes”, 'enzyme', 'variant'均使用KEGG 標(biāo)識(shí)符<kid>。

<kid>: 數(shù)據(jù)庫(kù)前綴 5位數(shù)字組成，比如K number (kegg orthology), C number (kegg compound), D number (kegg drug)。例：ADP的kid為C00008

genes: <org>:<gene>, <org>為KEGG organism code或T number genome identifier，<gene>是基因編號(hào)，通常來(lái)自NCBI GeneID或INSDC Locus_tag。 例如hsa:10458為human的BAP2基因（NCBI-GeneID :1045）

enzyme & variant: <database>:<entry>, <database>為database縮寫，<entry>是名稱或編號(hào)。

KEGG database

Output: 純文本格式

操作list, find，conv, link：Tab分隔的文本

操作get：數(shù)據(jù)庫(kù)形式（flat file database format）

操作info：文本消息

HTTP狀態(tài)：

狀態(tài)代碼 200： 成功

狀態(tài)代碼 400： 請(qǐng)求失敗 （比如語(yǔ)法錯(cuò)誤）

狀態(tài)代碼 404： 未找到

舉個(gè)簡(jiǎn)單的離子：

在瀏覽器中輸入http://rest./info/kegg，可以得到整個(gè)KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的統(tǒng)計(jì)信息

累了吧，送你一張實(shí)拍美圖，休息一下

KEGG API操作

1. Info: 呈現(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)的統(tǒng)計(jì)信息

使用方法：

例：http://rest./info/kegg：所有KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)目統(tǒng)計(jì)信息

2. List: 獲取每個(gè)條目的編號(hào)和定義

使用規(guī)范：

例： http://rest./list/pathway/hsa: 可以得到人類所有的代謝通路

也可以具體到某個(gè)或幾個(gè)基因：http://rest./list/hsa:10458 ece:Z5100

3. Find: 通過(guò)關(guān)鍵詞檢索數(shù)據(jù)

使用方法：

例：

搜索含有NAD的compound: http://rest./find/compound/NAD

所有分子式為C7H10O5的compound: http://rest./find/compound/C7H10O5/formula

平均分子量為300-310的compound: http://rest./find/compound/300-310/mol_weight

4. Get: 得到數(shù)據(jù)庫(kù)中的具體條目

使用方法：

例： 檢索編號(hào)為C01290的compound: http://rest./get/cpd:C01290

檢索人類編號(hào)為05130的pathway圖：http://rest./get/hsa05130/image

5. Conv: 把KEGG的標(biāo)識(shí)符轉(zhuǎn)化為其他標(biāo)識(shí)符

使用方法：

例：

把將KEGGID 轉(zhuǎn)化為NCBI Protein ID: http://rest./conv/ncbi-proteinid/hsa:10458 ece:Z5100

把編號(hào)為C00003的compound轉(zhuǎn)化為pubchem ID: http://rest./conv/pubchem/C00002

6. Link: 在不同數(shù)據(jù)庫(kù)之間進(jìn)行檢索，把KEGG的各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)連接在一起

使用方法：