中醫(yī)學(xué)的理論體系大約在春秋戰(zhàn)國時期已逐漸形成，反映這一時期的醫(yī)學(xué)并成為基礎(chǔ)的經(jīng)典著作是《內(nèi)經(jīng)》。中醫(yī)學(xué)把人體看成是一個以臟腑經(jīng)絡(luò)為核心的有機(jī)整體，把人和自然一切事物都看成是陰陽對立統(tǒng)一的兩個方面，認(rèn)為疾病的發(fā)展是陰陽失調(diào)，邪正斗爭的過程。重視肌體的內(nèi)因，有“邪之所湊，其氣必虛”、“正氣存內(nèi)，邪不相干”的觀點(diǎn)，所以治病就是調(diào)整陰陽，扶正祛邪，在診斷基礎(chǔ)上形成了以“四診”為診察方法，以“八綱”為辯證綱領(lǐng)，以“臟腑辯證”為基礎(chǔ)進(jìn)行臨床辯證的理論。在疾病的防治上，重視預(yù)防，主張“未病而治”。在具體治療上，強(qiáng)調(diào)“辯證求因”，“審因論治”，“治病求本”，并提出“標(biāo)本緩急”，“虛實補(bǔ)瀉”，因人、因地、因時施治等一系列治療原則。

西方醫(yī)學(xué)是在現(xiàn)代自然科學(xué)的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的?，F(xiàn)代自然科學(xué)不僅為西方醫(yī)學(xué)提供理論基礎(chǔ)，也提供先進(jìn)的技術(shù)和設(shè)備。西方醫(yī)學(xué)的成就和優(yōu)勢是有目共睹的。從發(fā)現(xiàn)血液循環(huán)到心臟手術(shù)與器官移植，它取得了神話般的進(jìn)展;從合成抗生素到大量化學(xué)藥物的出現(xiàn)，它挽救了無數(shù)人的生命;從克隆技術(shù)到藥效、藥理，它不僅知其然，還知其所以然;從最初使用的顯微鏡到目前的CT、核磁共振，西醫(yī)診斷手段更是讓中醫(yī)望塵莫及。

然而，“道高一尺，魔高一丈”，隨著近數(shù)十年來科學(xué)技術(shù)以前所未有的速度向前發(fā)展的同時，生活在地球上的人們卻正面臨著日趨嚴(yán)重的報復(fù):一方面，和人類息息相關(guān)的森林、土壤、水域、空氣等不斷受到污染和破壞，使人類賴以生存的外環(huán)境產(chǎn)生了超出人體生存適應(yīng)允許值的變化;另一方面現(xiàn)代生活中高度緊張的工作節(jié)奏、廣泛而頻繁的人際交往，以及飲食結(jié)構(gòu)的不合理改變，導(dǎo)致人們生理和心理的嚴(yán)重失調(diào)，于是，還未來得及喘口氣，一道道新的難題又?jǐn)[在醫(yī)學(xué)工作者面前:首先是疾病譜不斷翻新，一批批為西方醫(yī)學(xué)所棘手的難治性疾病紛至沓來，正在成為籠罩在人類頭上的巨大陰影，其中有些已排在死因前列，如心腦血管疾病、癌癥等;有些則在迅速蔓延，如愛滋病等，引起全球性恐慌。其次是隨著物質(zhì)生活水平的整體提高，人類對生命質(zhì)量的要求和對健康長壽的向往變得更為強(qiáng)烈，保健養(yǎng)生日益成為醫(yī)學(xué)科學(xué)主題之一。

以生物醫(yī)學(xué)模式為主導(dǎo)的西醫(yī)學(xué)，面對現(xiàn)代難病往往顯得力不從心，這是因為現(xiàn)代難病多屬于整體性疾病，病因復(fù)雜隱匿，疾病的發(fā)生和變化受到多種因素的影響和牽制，病變涉及臟器廣泛，因此，用包括手術(shù)、藥物在內(nèi)的、固定的規(guī)范的生物醫(yī)學(xué)模式的已知診治方法，常難以奏效。同時這種方法本身又往往忽視人體自身的防衛(wèi)抗病能力和自身修復(fù)的主動性，其次，必須著眼于生理、心理、全方位多層次的調(diào)節(jié)才能達(dá)到目的的康復(fù)保健，對長期致力于“對抗”為主的西醫(yī)學(xué)來說也辦法不多。

西方醫(yī)學(xué)之短，恰恰為中醫(yī)學(xué)所長。中醫(yī)學(xué)立足于自然過程和生命過程，并在此基礎(chǔ)上所形成的理論和多種藥物與非藥物防治之法，無論是現(xiàn)代難治病，還是康復(fù)保健都有著明顯的優(yōu)勢，就現(xiàn)代難治病而言，中醫(yī)頗適于對它的診療，如中醫(yī)學(xué)的整體動態(tài)觀察的基本特點(diǎn)，有助于深入認(rèn)識現(xiàn)代難病的本質(zhì)，而依據(jù)中醫(yī)學(xué)逆向思維的方式，審證求因，則可從疾病所顯現(xiàn)的征候去探求現(xiàn)代難病的病因病機(jī);尤其是中醫(yī)學(xué)的辯證論治，不僅根據(jù)其出現(xiàn)的證候進(jìn)行細(xì)致的整體分析，而且可在不同階段作動態(tài)處理，這對于具有個體醫(yī)學(xué)特征的現(xiàn)代難病有著重要意義。值得一提的是，中草藥及其西方，它們經(jīng)過了最長時間和最大人群的人體實驗，對其潛在力進(jìn)一步挖掘，對其向調(diào)節(jié)作用的進(jìn)一步發(fā)揮，將為現(xiàn)代難治病的攻克提供重要的物質(zhì)基礎(chǔ)。其次，由于受道家文化延年益壽思想的直接滲透，保健養(yǎng)生一直是中醫(yī)學(xué)的核心內(nèi)容之一，幾乎和這門學(xué)科同時誕生。它由整體觀出發(fā)，重視身心交互影響，注意生活調(diào)理和體質(zhì)鍛煉，強(qiáng)調(diào)對時令地域的順應(yīng)，已經(jīng)總結(jié)出一系列保健養(yǎng)生之法，包括精神養(yǎng)護(hù)、環(huán)境攝生、飲食調(diào)節(jié)、藥物調(diào)養(yǎng)、氣功按摩、醫(yī)療體育，和剛剛開始對這方面進(jìn)行嘗試和實踐的西方醫(yī)學(xué)相比，中醫(yī)學(xué)有著無可爭議的優(yōu)勢。

中醫(yī)學(xué)之所以具有這些優(yōu)勢，與它獨(dú)特的方法論是分不開的。西方現(xiàn)代醫(yī)學(xué)主體模式是:把人體視為一個孤立的封閉系統(tǒng)與其生存環(huán)境中的致病因子相抗衡，對外采取化學(xué)殺菌、抑菌方法，對內(nèi)用手術(shù)刀剝離清除病灶，簡稱對抗醫(yī)學(xué)。這一簡單醫(yī)學(xué)模式往往行之有效，它曾給人類帶來光輝的一頁，使諸多危害人類的瘟疫瀕臨滅絕，平均壽命大大延長。但是，直至二十世紀(jì)末，人們才開始意識到:僅僅用醫(yī)用化學(xué)“武器”和手術(shù)刀并不能使人類徹底擺脫疾病的困擾，也不可能大幅度地提高生命存活質(zhì)量。

與西醫(yī)的主體模式不同，中醫(yī)把人體看作是一個與外在世界變化對立統(tǒng)一的開放系統(tǒng)，在這個系統(tǒng)中，內(nèi)在各個部分之間的不平衡被認(rèn)為是人體疾病產(chǎn)生的根本原因，因為這種不平衡造成了人體與外在世界變化之間矛盾的激化。與中醫(yī)這種病因病機(jī)的認(rèn)識相對應(yīng)，中醫(yī)的治療原則就是調(diào)節(jié)人體各部分之間的平衡，從而避免人與自然變化之間矛盾的激化。如:“削有余補(bǔ)不足”?！跋饔杏唷笔侵府?dāng)生病時，五臟不平衡，必有一臟臟氣亢進(jìn)，一臟臟氣虛弱，需要把亢進(jìn)的臟氣削弱，“補(bǔ)不足”是指把虛弱的臟氣補(bǔ)足。削與補(bǔ)的依據(jù)是五臟達(dá)到平衡，中醫(yī)師通過切脈來把握人體臟氣的平衡與否，根據(jù)臟氣的虛實進(jìn)行削補(bǔ)、用藥。此外，在施治過程中，中醫(yī)中藥是可以掌握知變應(yīng)變原則的，則不會出現(xiàn)削過了頭、補(bǔ)過了量的新的不平衡現(xiàn)象出現(xiàn)。中西醫(yī)的區(qū)別就在于此，即中醫(yī)用藥是全面地調(diào)整人體五臟功能的，西醫(yī)用藥則是以殺菌、鎮(zhèn)靜為主的，不可混為一談。

哲學(xué)是一切理論產(chǎn)生的源泉，中醫(yī)產(chǎn)生于有著深厚哲學(xué)基礎(chǔ)的古中國，自然在醫(yī)學(xué)理論方面有著得天獨(dú)厚之處。事實上正是這樣，中醫(yī)理論與中國古代哲學(xué)思想是相通的，“醫(yī)易同源”就是對這種相通性的一種客觀認(rèn)識。我們只要從宏觀深入微觀，從醫(yī)易有關(guān)系入手于中醫(yī)理論循序漸進(jìn)地研究，就可以發(fā)現(xiàn)中醫(yī)理論中的各個學(xué)說，均是以易為本源的，并且全部具體應(yīng)用到人體生理、中藥藥性、辯證施治以及病因病機(jī)等方向。中醫(yī)理論中的陰陽五行學(xué)說、氣化學(xué)說、經(jīng)絡(luò)學(xué)說、臟象學(xué)說、藥物歸經(jīng)、藥的升降沉浮、四氣五味，五運(yùn)六氣學(xué)說、子午流注學(xué)說等等，都與《易經(jīng)》有著淵源。特別是陰陽五行學(xué)說，它直接來源于《易經(jīng)》，并在中醫(yī)理論中得到了祥盡的發(fā)揮，如天人相應(yīng)原理，五行相生相克、相乘相侮的平衡原理等等均得到中醫(yī)理論的補(bǔ)充和完善。這一學(xué)說直接指導(dǎo)了中醫(yī)學(xué)理論的創(chuàng)立，這是不容否定的一個重大原則。

對現(xiàn)代的國人看來，一提到《易經(jīng)》，人們就相當(dāng)然地想到封建迷信，似乎它是封建迷信的總源頭。而在過去的幾千年來，國人一直把它作為中國傳統(tǒng)文化的源頭活水。自從西方科學(xué)傳入中國，它就以明晰、易懂、可證偽性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)得到絕大多數(shù)中國人的信任，而中國傳統(tǒng)哲學(xué)則由于僅僅描述的是一種深藏在自然表象背后的“理”遭到懷疑甚至否定。沒有了基礎(chǔ)理論的支撐，中醫(yī)的不可理解是必然的。

至今還有不少人把中國傳統(tǒng)哲學(xué)看作是古人臆想及主觀的產(chǎn)物，這顯然是受了西方科學(xué)的影響所至，因為西方科學(xué)一直不承認(rèn)不可觀察的基礎(chǔ)物質(zhì)存在，而傳統(tǒng)哲學(xué)所描述的正是這種基礎(chǔ)物質(zhì)最基本的運(yùn)動規(guī)則。中國傳統(tǒng)文化的基礎(chǔ)學(xué)說是“氣一元論”，它所揭示的就是連續(xù)在宇宙空間的一種最基礎(chǔ)的物質(zhì)，是這種物質(zhì)不對稱的周期組織與離散形成了豐富多樣的物質(zhì)世界。由于這種在不斷轉(zhuǎn)化中的物質(zhì)是不可觀察的，因此中國的哲學(xué)家一直潛心于研究萬物運(yùn)動最基本的原理，陰陽五行學(xué)說就是對這種統(tǒng)一在萬物之中的自然之“理”的一種客觀描述。盡管它抽象了自然界中的幾種實際物質(zhì)，但它所揭示的卻是普遍存在于自然之中的“規(guī)則”。

明白了中國傳統(tǒng)哲學(xué)的內(nèi)涵我們就知道，中醫(yī)學(xué)原理并不是僅僅是“直觀的、自然的、樸素的”哲學(xué)系統(tǒng)，而是有著堅實的自然科學(xué)基礎(chǔ)，這種基礎(chǔ)就是內(nèi)在于自然的統(tǒng)一性，中國的先哲們早已認(rèn)識到這一點(diǎn)，并具體應(yīng)用到實踐之中了。與中國傳統(tǒng)哲學(xué)不同，西方科學(xué)由于“原子論”實踐的成功，就走向了一條還原論的道路，它的特點(diǎn)就是只承認(rèn)自然本質(zhì)上的泛統(tǒng)一性，而拒絕承認(rèn)一切現(xiàn)象內(nèi)在本質(zhì)上統(tǒng)一性，這樣的特點(diǎn)決定了它只相信可觀察的物質(zhì)現(xiàn)象，而對那些支配這些現(xiàn)象的內(nèi)在原理的“熟視無睹”。

由于歐洲科學(xué)技術(shù)的迅猛發(fā)展，為醫(yī)學(xué)的發(fā)展提供了現(xiàn)代化的科學(xué)手段，從此西醫(yī)走上了一條實驗醫(yī)學(xué)的道路，結(jié)構(gòu)、靜態(tài)、分析，其理論的證偽性較強(qiáng)，在科研方法上主要是還原論方法，即是將較復(fù)雜的、高層次的分解為較簡單的層次，因此，西醫(yī)強(qiáng)調(diào)在醫(yī)學(xué)中就是把有機(jī)體分解為物理化學(xué)機(jī)械的過程，并以這些方面對機(jī)體及其疾病作出解釋。這種還原論方法對機(jī)體各層次規(guī)律的揭示顯然具有不可替代的重要性，通過分析還原方法使我們對人體的認(rèn)識從器官、組織、細(xì)胞、亞細(xì)胞的層次，達(dá)到目前的分子甚至更高的層次。

不可否認(rèn)，面對分子生物學(xué)的發(fā)展、基因工程的開拓，西方生物醫(yī)學(xué)的前景還會有一番精彩紛呈的表現(xiàn)，繼續(xù)為人類作更大的貢獻(xiàn)。但是，由于它的理論框架的局限性是不可逾越的，如它不承認(rèn)顯微鏡下看不到的連續(xù)物質(zhì)，結(jié)果使人體與外在世界之間及整體各個部分之間的普遍聯(lián)系成為虛妄。應(yīng)該說，西方醫(yī)學(xué)只是一個建立在形而下空間的理論，只能在“器”這個層面上認(rèn)識生命體，遇到一系列形而上空間的問題時，那將出現(xiàn)十分尷尬的局面。

第一個向經(jīng)典生物學(xué)挑戰(zhàn)的還是別人，正是西醫(yī)本身，那就是精神病學(xué)的挑戰(zhàn)，面對腦解剖學(xué)的局限，精神、心身病學(xué)失去了它的解剖學(xué)的支撐，接著便是免疫學(xué)的興起，對解剖學(xué)提出了再次挑戰(zhàn)。20世紀(jì)中葉以后，西方生物醫(yī)學(xué)，開始了對自身還原論的批判，他們開始意識到生命整體大于部分之和，但是，無法擺脫機(jī)械還原論的羈絆，而沒能及時找到新的理論基石。盡管20世紀(jì)初，現(xiàn)代物理學(xué)的相對論與量子力學(xué)的崛起，從根本上沖垮了牛頓力學(xué)的機(jī)械還原論。但在20世紀(jì)40年代后，系統(tǒng)科學(xué)、信息科學(xué)的崛起，以及70年代前后，非線性科學(xué)、混沌、分形理論等一系列跨學(xué)科的興起，都是對西方經(jīng)典生物學(xué)理論基石的重大挑戰(zhàn)。