1 創(chuàng)建一個(gè)項(xiàng)目

地址：http://genome./

首先點(diǎn)擊My Data中的My Sessions進(jìn)入頁(yè)面。

新建一個(gè)項(xiàng)目。

點(diǎn)擊新建的項(xiàng)目進(jìn)入可視化的頁(yè)面，在圖片的下方點(diǎn)擊add custom tracks就是上傳自己的數(shù)據(jù)了。

也可以設(shè)置數(shù)據(jù)類型的物種，基因組和參考基因組的信息，參考基因組信息如果需要轉(zhuǎn)換，可以通過(guò)LiftOver來(lái)實(shí)現(xiàn)（hg19與hg38的相互轉(zhuǎn)換）。

1 數(shù)據(jù)的上傳

瀏覽器支持bigBed, bigChain, bigGenePred, bigMaf, bigPsl, bigWig, barChart,bigBarChart, BAM, VCF, BED, BED detail, bedGraph, broadPeak, CRAM, GFF, GTF,MAF, narrowPeak, Personal Genome SNP, PSL, 或 WIG等文件格式的上傳，主要分為通過(guò)網(wǎng)頁(yè)直接提交和服務(wù)器的URL鏈接上傳。

由于數(shù)據(jù)類型較多，通過(guò)可以直接上傳的BED文件為例介紹：

BED文件由3列必需的信息和9個(gè)額外可選擇的信息組成，三列必須信息就是：染色體，起始位置，終止位置。其他9個(gè)額外的信息如下：

BED文件的第一行是對(duì)這個(gè)條目的設(shè)置，包括名字、描述和顏色等，Color的選擇按照RGB顏色的參數(shù)可以選擇不同的顏色。上傳BED文件的數(shù)據(jù)是不能體現(xiàn)出數(shù)據(jù)的變化、高低等現(xiàn)象，只能顯示數(shù)據(jù)的區(qū)域信息，因此需要更高級(jí)的設(shè)置，即設(shè)置區(qū)域的顏色來(lái)區(qū)別數(shù)據(jù)的大小等。這個(gè)功能就是BED文件的第9列itemRgb選項(xiàng)，需要注意的是，如果要使用第9列的信息則前面的幾列信息也要存在不能空缺。

保存后點(diǎn)擊go進(jìn)行在基因組上的可視化，可以尋找感興趣區(qū)域的數(shù)據(jù)，根據(jù)顏色的深淺判斷甲基化值的大小。

而最簡(jiǎn)單的格式只需要前三列就能上傳查看，并且其他格式的數(shù)據(jù)也能很方面的轉(zhuǎn)換成BED格式進(jìn)行上傳。

當(dāng)文件大小超過(guò)50M時(shí)，則不推薦通過(guò)網(wǎng)頁(yè)上傳數(shù)據(jù)，這時(shí)候需要一個(gè)URL鏈接，通常是bigBed, bigWig, bigGenePred, BAM 和VCF格式的數(shù)據(jù)，我們以bigWig格式為例。

bigWig是通過(guò)wig格式的文件轉(zhuǎn)換的二進(jìn)制壓縮文件，而wig文件也是和BED文件類似的包含區(qū)域信息的文件，一般使用MACS峰值探測(cè)后可以產(chǎn)生wig格式的文件。wig格式是可以直接上傳的但超過(guò)50m就推薦轉(zhuǎn)換成bigWig文件上傳。轉(zhuǎn)換命令如下：

wigToBigWig input.wig chrom.sizes myBigWig.bw（若出現(xiàn)超出染色體長(zhǎng)度的錯(cuò)誤，需編輯染色體信息使其長(zhǎng)度增加）

wigToBigWig程序下載地址：http://hgdownload.soe./admin/exe/linux.x86_64/wigToBigWig

chrom.sizes染色體信息下載地址：http://hgdownload.soe./admin/exe/

上傳的例子如下，需要在bigDataUrl后增加數(shù)據(jù)的在服務(wù)器中的鏈接。

wig和bigWig文件的優(yōu)勢(shì)在于可以體現(xiàn)出數(shù)據(jù)大小的變化和高低，例如組蛋白修飾的峰值等。

1 圖像的設(shè)置

首先是最上方的設(shè)置，對(duì)圖中的區(qū)域進(jìn)行放大和縮小（基于堿基數(shù)目），下方的輸入框可以輸入具體基因組的位置（tab分隔）或一個(gè)條目的名字跳轉(zhuǎn)到該處，也可以點(diǎn)擊圖像左右拖拽進(jìn)行微調(diào)。

圖中的每個(gè)track可以點(diǎn)擊左側(cè)灰色條框拖拽進(jìn)行上下移動(dòng)。

對(duì)于每一個(gè)上傳后的track在圖中都可以右鍵灰色條框設(shè)置其顯示效果。如果上傳的文件對(duì)每段區(qū)域有定義的名字，則會(huì)多出pack和squish的選項(xiàng)。

例如以瀏覽器中自帶的CpG島為例，選擇了pack后則會(huì)在每個(gè)CpG島前顯示其名字，這是比較合適顯示效果。用戶可以根據(jù)自己上傳的數(shù)據(jù)選擇不同的設(shè)置進(jìn)行調(diào)整。

對(duì)于有峰值顯示的數(shù)據(jù)，可以左鍵灰色條框設(shè)置其顯示的高度。

圖像下方的一行設(shè)置中tracksearch可以搜索感興趣的條目，manage custom tracks即是上傳文件，configure是設(shè)置圖像的寬度，resize是調(diào)整圖像的寬度和瀏覽器寬度一致。

關(guān)于最下方的設(shè)置，是瀏覽器自帶的基因組中的參考信息，可以對(duì)沒(méi)有幫助的進(jìn)行隱藏，如果沒(méi)有顯示出感興趣的信息，可以使用track search進(jìn)行搜索添加。

圖像的保存可以點(diǎn)擊上方的PDF/PS進(jìn)行保存。

最后則是這個(gè)項(xiàng)目的保存，網(wǎng)頁(yè)中沒(méi)有保存的選項(xiàng)，因此需要重復(fù)項(xiàng)目創(chuàng)建的過(guò)程，在界面上方點(diǎn)擊My Data中的My Sessions，使用當(dāng)前項(xiàng)目的名字進(jìn)行保存覆蓋即可。

小結(jié)：本文僅提供了最簡(jiǎn)單直接的可視化實(shí)現(xiàn)方法，更詳細(xì)的介紹在UCSC官網(wǎng)：http://genome./FAQ/FAQformat.html#format1。Genome Browser的可視化更多的是方面自己對(duì)數(shù)據(jù)的理解，更直觀的查看識(shí)別出的差異區(qū)域是否顯著，或是感興趣的例如CpG島、啟動(dòng)子等區(qū)域的信息，有助于更進(jìn)一步的分析。